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- PDB-6p41: Yeast cytochrome c peroxidase (W191Y:L232E) in complex with iso-1... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6p41
タイトルYeast cytochrome c peroxidase (W191Y:L232E) in complex with iso-1 cytochrome c
要素
  • Cytochrome c iso-1
  • Cytochrome c peroxidase, mitochondrial
キーワードElectron transport/Oxidoreductase / heme proteins / electron hopping / multi-step tunneling / electron transport-oxidoreductase complex / ELECTRON TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


Release of apoptotic factors from the mitochondria / Pyroptosis / Detoxification of Reactive Oxygen Species / Respiratory electron transport / cytochrome-c peroxidase / cardiolipin binding / cytochrome-c peroxidase activity / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / response to reactive oxygen species ...Release of apoptotic factors from the mitochondria / Pyroptosis / Detoxification of Reactive Oxygen Species / Respiratory electron transport / cytochrome-c peroxidase / cardiolipin binding / cytochrome-c peroxidase activity / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / response to reactive oxygen species / hydrogen peroxide catabolic process / peroxidase activity / mitochondrial intermembrane space / cellular response to oxidative stress / electron transfer activity / mitochondrial matrix / heme binding / mitochondrion / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c, class IA/ IB / Class I peroxidase / Heme-binding peroxidase Ccp1-like / Cytochrome c / Peroxidase; domain 2 / Peroxidase, domain 2 / Peroxidase; domain 1 - #10 / Peroxidases heam-ligand binding site / Peroxidase, active site / Peroxidases active site signature. ...Cytochrome c, class IA/ IB / Class I peroxidase / Heme-binding peroxidase Ccp1-like / Cytochrome c / Peroxidase; domain 2 / Peroxidase, domain 2 / Peroxidase; domain 1 - #10 / Peroxidases heam-ligand binding site / Peroxidase, active site / Peroxidases active site signature. / Plant heme peroxidase family profile. / Haem peroxidase / Peroxidase / Peroxidase; domain 1 / Peroxidases proximal heme-ligand signature. / Haem peroxidase superfamily / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Cytochrome c isoform 1 / Cytochrome c peroxidase, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Yee, E.F. / Crane, B.R.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2019
タイトル: Tuning Radical Relay Residues by Proton Management Rescues Protein Electron Hopping.
著者: Yee, E.F. / Dzikovski, B. / Crane, B.R.
履歴
登録2019年5月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年10月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月20日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn_type.id
改定 1.32024年12月25日Group: Advisory / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature ...pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_validate_close_contact / struct_conn

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome c peroxidase, mitochondrial
B: Cytochrome c iso-1
C: Cytochrome c peroxidase, mitochondrial
D: Cytochrome c iso-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,4638
ポリマ－89,9974
非ポリマー2,4664
水00
1
A: Cytochrome c peroxidase, mitochondrial
B: Cytochrome c iso-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,2314
ポリマ－44,9982
非ポリマー1,2332
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Cytochrome c peroxidase, mitochondrial
D: Cytochrome c iso-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,2314
ポリマ－44,9982
非ポリマー1,2332
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)45.803, 112.070, 88.327
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 104.640, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Cytochrome c peroxidase, mitochondrial / CCP


分子量: 33518.180 Da / 分子数: 2 / 変異: W191Y, L232E / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: CCP1, CCP, CPO, YKR066C / プラスミド: ppSUMO / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P00431, cytochrome-c peroxidase
#2: タンパク質 Cytochrome c iso-1


分子量: 11480.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: CYC1, YJR048W, J1653 / プラスミド: PBTR-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P00044
#3: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.19 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 100 mM sodium acetate,175 mM NaCl, 5 mM n-octyl-B-D-glucoside, polyethylene glycol 3350 18%-20%
PH範囲: 5.4-6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 18648 / % possible obs: 96.2 % / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.175 / Rpim(I) all: 0.076 / Rrim(I) all: 0.191 / Χ2: 1.128 / Net I/σ(I): 3.9 / Num. measured all: 109662
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.9-2.953.51.1747370.5620.6251.3410.53476.6
2.95-33.81.457860.3730.7371.6370.46483.9
3-3.0641.3728950.4340.6951.5470.48189.1
3.06-3.1241.2348540.4710.6411.40.50591.3
3.12-3.194.40.949020.7590.4721.0570.55993.6
3.19-3.275.50.979640.6820.4391.0680.53398.5
3.27-3.355.90.8489460.8030.370.9280.54699.5
3.35-3.446.30.6679520.9080.2850.7270.61399.7
3.44-3.546.40.5759880.9060.2440.6260.69999.7
3.54-3.656.40.4889480.9140.2060.5310.748100
3.65-3.786.50.399740.9390.1640.4240.80899.7
3.78-3.946.40.3019420.9680.1280.3270.99498.8
3.94-4.1160.2639560.9640.1150.2881.13998.5
4.11-4.336.60.2079720.9860.0870.2251.36499.4
4.33-4.670.1779690.9850.0720.1911.44599.7
4.6-4.9670.169580.9840.0650.1731.56599.5
4.96-5.466.80.1449660.9880.0590.1561.38499.9
5.46-6.246.20.1239600.9890.0530.1351.44298.2
6.24-7.8670.0959870.9940.0390.1031.72899.7
7.86-506.40.0799920.9920.0350.0872.99598.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACTデータ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5CIH

5cih


解像度: 2.9→44.317 Å / SU ML: 0.54 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 34.53
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2726 1837 9.98 %
Rwork0.2372 --
obs0.2409 18407 95.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 156.33 Å2 / Biso mean: 89.4655 Å2 / Biso min: 48.03 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.9→44.317 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6350 0 172 0 6522
Biso mean--94.83 --
残基数----794
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0026716
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5429128
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.0193888
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.037890
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041184
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.9-2.97840.45191190.39731000111977
2.9784-3.0660.4051310.38411162129387
3.066-3.1650.3921320.32021189132190
3.165-3.27810.33741430.32281323146698
3.2781-3.40930.37621480.30311298144699
3.4093-3.56440.3611460.282313371483100
3.5644-3.75220.30581440.257713041448100
3.7522-3.98710.30761460.22471294144099
3.9871-4.29470.28871460.22141317146399
4.2947-4.72650.21791420.209213321474100
4.7265-5.40940.29621450.224613191464100
5.4094-6.81130.24281510.24971347149899
6.8113-44.32210.19421440.18291348149299

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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