PDB-4u5h: crystal structure of con-ikot-ikot toxin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4u5h

タイトル

crystal structure of con-ikot-ikot toxin

要素

Con-ikot-ikot

キーワード

TOXIN

機能・相同性

機能・相同性情報

host cell postsynaptic membrane / ion channel regulator activity / toxin activity / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Conus striatus (ニシキミナシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.58 Å

データ登録者

Chen, L. / Gouaux, E.

引用

ジャーナル: Science / 年: 2014
タイトル: X-ray structures of AMPA receptor-cone snail toxin complexes illuminate activation mechanism.
著者: Chen, L. / Durr, K.L. / Gouaux, E.

履歴

登録	2014年7月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年8月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年8月27日	Group: Database references
改定 1.2	2014年10月1日	Group: Database references
改定 1.3	2017年11月22日	Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_oper_list / software Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.4	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / refine_hist / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.5	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4u5h.cif.gz	151.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4u5h.ent.gz	120.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4u5h.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4u5h_validation.pdf.gz	470.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4u5h_full_validation.pdf.gz	472.4 KB	表示
XML形式データ	4u5h_validation.xml.gz	31.3 KB	表示
CIF形式データ	4u5h_validation.cif.gz	45.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u5/4u5h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u5/4u5h	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4u5bC 4u5cC 4u5dC 4u5eC 4u5fC 4u5gC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1qj8-d 3hra-d 1sj7-3 3gxe-1 1ihr-d 446d-d 3v5x-2 5cea-5 2r1q-1 1sj7-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#235 - 2019年7月 AMPA受容体 (AMPA Receptor) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Con-ikot-ikot

B: Con-ikot-ikot

C: Con-ikot-ikot

D: Con-ikot-ikot

E: Con-ikot-ikot

F: Con-ikot-ikot

G: Con-ikot-ikot

H: Con-ikot-ikot

78 kDa, 8 ポリマー
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1

C: Con-ikot-ikot

D: Con-ikot-ikot

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
19.5 kDa, 2 ポリマー
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2

E: Con-ikot-ikot

F: Con-ikot-ikot

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
19.5 kDa, 2 ポリマー
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3

G: Con-ikot-ikot

H: Con-ikot-ikot

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
19.5 kDa, 2 ポリマー
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4

A: Con-ikot-ikot

B: Con-ikot-ikot

ソフトウェアが定義した集合体
19.5 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	42.910, 144.860, 48.600
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 94.630, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	chain A
2	1	chain B
3	1	chain C
4	1	chain D
5	1	chain E
6	1	chain F
7	1	chain G
8	1	chain H

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA

Dom-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	GLY	GLY	chain A	A	A	2 - 86	6 - 90
2	SER	SER	chain B	B	B	0 - 86	4 - 90
3	PRO	PRO	chain C	C	C	3 - 86	7 - 90
4	GLY	GLY	chain D	D	D	2 - 86	6 - 90
5	GLY	GLY	chain E	E	E	2 - 86	6 - 90
6	GLY	GLY	chain F	F	F	2 - 86	6 - 90
7	GLY	GLY	chain G	G	G	-3 - 86	1 - 90
8	SER	SER	chain H	H	H	1 - 86	5 - 90

#1: タンパク質	Con-ikot-ikot 分子量: 9753.155 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Conus striatus (ニシキミナシ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0CB20
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 630 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.93 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.25 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Tris pH 8.5, 35% methanol, 16% PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.58→42.77 Å / Num. obs: 80044 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 13.03 Å² / Net I/σ(I): 9.3
反射シェル	解像度: 1.58→1.62 Å / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.59 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.14	データ抽出
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.2_1309)	精密化

精密化

解像度: 1.58→19.903 Å / FOM work R set: 0.8603 / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.65 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2112	4010	5.02 %
R_work	0.1937	75945	-
obs	0.1946	79955	99.26 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 70.08 Å² / B_iso mean: 15.71 Å² / B_iso min: 4.35 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.58→19.903 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5169	0	0	630	5799
B_iso mean	-	-	-	24.77	-
残基数	-	-	-	-	687

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	5302
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.066	7056
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	750
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	943
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.24	1959

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	3189	X-RAY DIFFRACTION	13.936	TORSIONAL
1	2	B	3189	X-RAY DIFFRACTION	13.936	TORSIONAL
1	3	C	3189	X-RAY DIFFRACTION	13.936	TORSIONAL
1	4	D	3189	X-RAY DIFFRACTION	13.936	TORSIONAL
1	5	E	3189	X-RAY DIFFRACTION	13.936	TORSIONAL
1	6	F	3189	X-RAY DIFFRACTION	13.936	TORSIONAL
1	7	G	3189	X-RAY DIFFRACTION	13.936	TORSIONAL
1	8	H	3189	X-RAY DIFFRACTION	13.936	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 29

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.58-1.5986	0.2863	143	0.2557	2594	2737	100
1.5986-1.6181	0.2688	146	0.2357	2637	2783	99
1.6181-1.6386	0.2401	142	0.2295	2600	2742	99
1.6386-1.6601	0.2611	152	0.2204	2609	2761	99
1.6601-1.6828	0.2855	132	0.2341	2628	2760	99
1.6828-1.7069	0.2681	120	0.2215	2585	2705	100
1.7069-1.7323	0.2774	138	0.2318	2689	2827	99
1.7323-1.7594	0.2644	126	0.2285	2562	2688	99
1.7594-1.7882	0.2477	130	0.2196	2676	2806	99
1.7882-1.819	0.2001	134	0.2173	2579	2713	99
1.819-1.8521	0.2462	135	0.2144	2636	2771	100
1.8521-1.8877	0.2471	125	0.2112	2638	2763	99
1.8877-1.9262	0.2658	136	0.2039	2613	2749	99
1.9262-1.968	0.2206	140	0.1962	2621	2761	99
1.968-2.0138	0.245	144	0.2027	2616	2760	99
2.0138-2.0641	0.2483	125	0.1993	2648	2773	100
2.0641-2.1198	0.2085	135	0.1903	2601	2736	99
2.1198-2.1821	0.2086	146	0.1838	2593	2739	99
2.1821-2.2525	0.1926	148	0.1806	2619	2767	99
2.2525-2.3328	0.2121	153	0.1791	2602	2755	99
2.3328-2.4261	0.1939	135	0.1823	2627	2762	99
2.4261-2.5363	0.1932	132	0.1836	2618	2750	99
2.5363-2.6697	0.1927	157	0.1842	2622	2779	100
2.6697-2.8365	0.2095	154	0.186	2597	2751	99
2.8365-3.0548	0.2127	126	0.183	2655	2781	99
3.0548-3.3609	0.1855	144	0.1901	2598	2742	99
3.3609-3.8442	0.1935	128	0.1745	2621	2749	99
3.8442-4.8318	0.1761	142	0.1772	2630	2772	98
4.8318-19.905	0.1853	142	0.1972	2631	2773	99

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関連情報:EMDBヘッダ

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