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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3gxe | ||||||
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タイトル | Complex of a Low Affinity Collagen Site with the Fibronectin 8-9FnI Domain Pair | ||||||
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![]() | CELL ADHESION / protein-peptide complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() collagen type I trimer / cellular response to vitamin E / tooth mineralization / cellular response to fluoride / Anchoring fibril formation / intramembranous ossification / Crosslinking of collagen fibrils / collagen biosynthetic process / Collagen chain trimerization / extracellular matrix structural constituent conferring tensile strength ...collagen type I trimer / cellular response to vitamin E / tooth mineralization / cellular response to fluoride / Anchoring fibril formation / intramembranous ossification / Crosslinking of collagen fibrils / collagen biosynthetic process / Collagen chain trimerization / extracellular matrix structural constituent conferring tensile strength / negative regulation of monocyte activation / Defective VWF binding to collagen type I / platelet-derived growth factor binding / Enhanced cleavage of VWF variant by ADAMTS13 / Defective VWF cleavage by ADAMTS13 variant / bone trabecula formation / negative regulation of transforming growth factor beta production / Enhanced binding of GP1BA variant to VWF multimer:collagen / Defective binding of VWF variant to GPIb:IX:V / Extracellular matrix organization / positive regulation of substrate-dependent cell migration, cell attachment to substrate / Fibronectin matrix formation / calcium-independent cell-matrix adhesion / embryonic skeletal system development / neural crest cell migration involved in autonomic nervous system development / cartilage development involved in endochondral bone morphogenesis / peptidase activator activity / Collagen biosynthesis and modifying enzymes / skin morphogenesis / fibrinogen complex / peptide cross-linking / collagen-activated tyrosine kinase receptor signaling pathway / endochondral ossification / integrin activation / Platelet Adhesion to exposed collagen / ALK mutants bind TKIs / cell-substrate junction assembly / collagen fibril organization / proteoglycan binding / response to steroid hormone / face morphogenesis / biological process involved in interaction with symbiont / Assembly of collagen fibrils and other multimeric structures / extracellular matrix structural constituent / Molecules associated with elastic fibres / MET activates PTK2 signaling / Scavenging by Class A Receptors / GP1b-IX-V activation signalling / Syndecan interactions / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / blood vessel development / response to muscle activity / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / endodermal cell differentiation / RUNX2 regulates osteoblast differentiation / Platelet Aggregation (Plug Formation) / regulation of protein phosphorylation / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / Collagen degradation / basement membrane / Non-integrin membrane-ECM interactions / negative regulation of cell-substrate adhesion / response to hyperoxia / protein localization to nucleus / ECM proteoglycans / Integrin cell surface interactions / endothelial cell migration / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / positive regulation of axon extension / response to cAMP / GPVI-mediated activation cascade / collagen binding / cellular response to fibroblast growth factor stimulus / cellular response to retinoic acid / Degradation of the extracellular matrix / Integrin signaling / visual perception / extracellular matrix / substrate adhesion-dependent cell spreading / secretory granule / cellular response to epidermal growth factor stimulus / platelet alpha granule lumen / cell-matrix adhesion / Turbulent (oscillatory, disturbed) flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and integrins in endothelial cells / skeletal system development / integrin-mediated signaling pathway / acute-phase response / Cell surface interactions at the vascular wall / cellular response to amino acid stimulus / Post-translational protein phosphorylation / cellular response to glucose stimulus / response to hydrogen peroxide / wound healing / sensory perception of sound / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / response to insulin / MAP2K and MAPK activation / response to wounding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Sladek, B. / Campbell, I.D. / Vakonakis, I. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural analysis of collagen type I interactions with human fibronectin reveals a cooperative binding mode 著者: Erat, M.C. / Sladek, B. / Campbell, I.D. / Vakonakis, I. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 103.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 78.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 479.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 481.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 10.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 13.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3ejhS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1
NCSアンサンブル:
NCS oper:
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要素
-Collagen alpha-1(I) ... , 2種, 2分子 FE
#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2280.543 Da / 分子数: 1 / 断片: ColI.260, UNP residues 254-275 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Standard peptide synthesis / 参照: UniProt: P02452 |
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#3: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2280.543 Da / 分子数: 1 / 断片: ColI.260, UNP residues 254-275 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Standard peptide synthesis / 参照: UniProt: P02452 |
-タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 BA

#1: タンパク質 | 分子量: 10891.985 Da / 分子数: 2 / 断片: 8-9FnI, UNP residues 516-608 / 変異: N528Q, R534K / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Gene fragment integrated in the AOX1 locus / 由来: (組換発現) ![]() ![]() #4: 糖 | |
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-非ポリマー , 2種, 45分子 


#5: 化合物 | ChemComp-GOL / |
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#6: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.05 % / Mosaicity: 0.841 ° |
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結晶化 | 温度: 293.1 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1M HEPES pH 7.5, 4.3M NaCl, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.1K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月15日 / 詳細: cylindrical grazing incidence mirror |
放射 | モノクロメーター: silicon monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9762 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.558→46.676 Å / Num. all: 16850 / Num. obs: 16804 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rsym value: 0.074 / Net I/σ(I): 14.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.74 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.442 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. measured all: 8589 / Num. unique all: 2462 / Rsym value: 0.442 / % possible all: 100 |
-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() | |||||||||
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Phasing MR | Rfactor: 39.27 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB Entry 3EJH, Chain A and part of chain E 解像度: 2.6→46.648 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.43 / FOM work R set: 0.798 / SU ML: 0.99 / Isotropic thermal model: TLS / σ(F): 0.19 / 立体化学のターゲット値: ML 詳細: The SF file contains Friedel pairs under I/F_plus and I/F_minus column.
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 59.82 Å2 / ksol: 0.381 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 176.72 Å2 / Biso mean: 57.63 Å2 / Biso min: 19.9 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→46.648 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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