PDB-4u5g: Crystal structure of con-ikot-ikot toxin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4u5g

タイトル

Crystal structure of con-ikot-ikot toxin

要素

Con-ikot-ikot

キーワード

TOXIN

機能・相同性

機能・相同性情報

host cell postsynaptic membrane / ion channel regulator activity / toxin activity / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Conus striatus (ニシキミナシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.1997 Å

データ登録者

Chen, L. / Gouaux, E.

引用

ジャーナル: Science / 年: 2014
タイトル: X-ray structures of AMPA receptor-cone snail toxin complexes illuminate activation mechanism.
著者: Chen, L. / Durr, K.L. / Gouaux, E.

履歴

登録	2014年7月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年8月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年8月27日	Group: Database references
改定 1.2	2014年10月1日	Group: Database references
改定 1.3	2017年11月22日	Group: Advisory / Database references ...Advisory / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_symm_contact / software Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_validate_symm_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.dist / _pdbx_validate_symm_contact.site_symmetry_2 / _software.classification
改定 1.4	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / refine_hist / struct_conn / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.5	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4u5g.cif.gz	79.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4u5g.ent.gz	59.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4u5g.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4u5g_validation.pdf.gz	430.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4u5g_full_validation.pdf.gz	431.2 KB	表示
XML形式データ	4u5g_validation.xml.gz	8.4 KB	表示
CIF形式データ	4u5g_validation.cif.gz	10.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u5/4u5g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u5/4u5g	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4u5bC 4u5cC 4u5dC 4u5eC 4u5fC 4u5hC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3v4g-d 2h27-1 3fk2-1 2y4v-d 2kvq-d 4txp-1 2c8g-2 1xjt-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#235 - 2019年7月 AMPA受容体 (AMPA Receptor) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Con-ikot-ikot

B: Con-ikot-ikot

ヘテロ分子

19.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Con-ikot-ikot

ヘテロ分子

B: Con-ikot-ikot

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
19.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.499, 56.499, 86.782
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	chain A
2	1	chain B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Auth seq-ID: 4 - 86 / Label seq-ID: 8 - 90

Dom-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	chain A	A	A
2	chain B	B	B

#1: タンパク質	Con-ikot-ikot 分子量: 9753.155 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Conus striatus (ニシキミナシ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0CB20
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.99 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1M MES pH 6.0, 0.2 M ZnAc2, 15% ethanol, 35% glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 1.75 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年2月11日
放射	プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.75 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1997→50 Å / Num. obs: 8570 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 35 % / B_iso Wilson estimate: 38.06 Å² / Net I/σ(I): 30.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.14	データ抽出
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.2_1309)	精密化

精密化

解像度: 2.1997→19.833 Å / FOM work R set: 0.7642 / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 28.98 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2385	403	4.73 %
R_work	0.202	8115	-
obs	0.2037	8518	99.73 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 99.41 Å² / B_iso mean: 44.58 Å² / B_iso min: 23.87 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.1997→19.833 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1260	0	2	25	1287
B_iso mean	-	-	35.84	43.72	-
残基数	-	-	-	-	166

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	1294
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.325	1716
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.069	184
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	228
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.444	476

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	721	X-RAY DIFFRACTION	10.812	TORSIONAL
1	2	B	721	X-RAY DIFFRACTION	10.812	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 3 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
2.1997-2.5174	0.3405	154	0.2346	2625	2779
2.5174-3.1696	0.266	121	0.223	2686	2807
3.1696-19.8341	0.2072	128	0.1871	2804	2932

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.012	3.4697	2.0081	1.9985	6.3675	2.0155	-0.5329	0.395	0.8852	0.3174	-0.4791	0.3376	0.4148	-0.0597	1.0765	0.3762	0.0198	0.0098	0.4375	-0.0188	0.3696	16.2787	37.9506	1.7297
2	3.9094	0.7488	-0.7003	3.1075	0.9739	4.1475	0.032	-0.1678	0.0161	0.442	0.6139	1.1365	0.4816	-0.902	-0.5467	0.3765	-0.196	0.0038	0.5854	0.2068	0.4255	9.1446	36.8401	-8.9024
3	5.3775	0.5489	1.3992	3.9176	1.5717	4.4845	-0.1334	-0.1017	-0.3769	-0.3041	0.7268	0.6954	0.4045	-1.1756	-0.7689	0.3466	-0.1121	-0.027	0.6297	0.1597	0.4835	6.3456	41.4718	-20.32
4	1.8114	-1.493	-1.2794	2.4667	2.1047	6.1806	0.1853	0.3045	0.3172	-0.185	0.0785	-0.047	-0.2924	-0.2174	-0.2771	0.2526	-0.0222	0.0173	0.3039	0.0853	0.2987	16.4863	42.2445	-11.0146
5	3.5568	-0.8898	1.2877	1.6285	-0.5668	4.373	-0.2468	0.4884	0.1899	-0.6544	0.1856	0.2757	0.0944	-0.4017	0.146	0.3501	-0.126	-0.0175	0.4806	0.0781	0.3482	16.0809	33.7829	-13.8539
6	2.011	2.0547	3.4577	2.0222	6.2168	4.6633	0.2857	0.0731	-0.5726	0.51	0.1648	-0.5125	0.02	0.2767	-0.3084	0.4792	0.0138	-0.0103	0.4364	0.0448	0.467	38.4064	31.7218	-24.2743
7	6.3817	2.6806	-1.9785	5.9844	-1.6045	5.6047	0.1964	-0.7468	-0.7562	0.7078	-0.2782	-0.2236	0.5028	-0.2514	0.1359	0.4941	0.0641	0.0511	0.5369	0.1199	0.422	25.5509	20.6714	-16.157
8	2.8874	0.0101	-0.2288	1.452	0.6796	2.6315	-0.0156	-0.0889	0.0321	0.1577	0.0008	0.1977	0.1041	-0.1535	0.0184	0.2609	-0.0246	0.03	0.399	0.0222	0.328	25.9122	27.0476	-23.5594

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 4:9)	A	4 - 9
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 10:21)	A	10 - 21
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 22:35)	A	22 - 35
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 36:64)	A	36 - 64
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 65:86)	A	65 - 86
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain B and resid 4:11)	B	4 - 11
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain B and resid 12:30)	B	12 - 30
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resid 31:86)	B	31 - 86

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関連情報:EMDBヘッダ

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