PDB-4u5d: Crystal structure of GluA2, con-ikot-ikot snail toxin, partial ag...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4u5d

タイトル

Crystal structure of GluA2, con-ikot-ikot snail toxin, partial agonist KA and postitive modulator (R,R)-2b complex

要素

Con-ikot-ikot
Glutamate receptor 2

キーワード

Transport protein/toxin / AMPA receptor / Transport protein-toxin complex

機能・相同性

機能・相同性情報

host cell postsynaptic membrane / ion channel regulator activity / spine synapse / dendritic spine neck / dendritic spine head / Activation of AMPA receptors / perisynaptic space / AMPA glutamate receptor activity / ligand-gated monoatomic cation channel activity / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors ...host cell postsynaptic membrane / ion channel regulator activity / spine synapse / dendritic spine neck / dendritic spine head / Activation of AMPA receptors / perisynaptic space / AMPA glutamate receptor activity / ligand-gated monoatomic cation channel activity / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / response to lithium ion / immunoglobulin binding / AMPA glutamate receptor complex / kainate selective glutamate receptor activity / ionotropic glutamate receptor complex / cellular response to glycine / extracellularly glutamate-gated ion channel activity / asymmetric synapse / regulation of receptor recycling / Unblocking of NMDA receptors, glutamate binding and activation / positive regulation of synaptic transmission / glutamate receptor binding / glutamate-gated receptor activity / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / response to fungicide / cytoskeletal protein binding / ionotropic glutamate receptor binding / presynaptic active zone membrane / extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / somatodendritic compartment / glutamate-gated calcium ion channel activity / cellular response to brain-derived neurotrophic factor stimulus / ligand-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / dendrite membrane / dendrite cytoplasm / ionotropic glutamate receptor signaling pathway / SNARE binding / dendritic shaft / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / synaptic transmission, glutamatergic / PDZ domain binding / protein tetramerization / establishment of protein localization / synaptic membrane / modulation of chemical synaptic transmission / postsynaptic density membrane / terminal bouton / Schaffer collateral - CA1 synapse / cerebral cortex development / receptor internalization / synaptic vesicle membrane / synaptic vesicle / presynapse / signaling receptor activity / amyloid-beta binding / presynaptic membrane / growth cone / toxin activity / scaffold protein binding / chemical synaptic transmission / dendritic spine / perikaryon / postsynaptic membrane / neuron projection / postsynaptic density / axon / neuronal cell body / synapse / dendrite / protein-containing complex binding / protein kinase binding / glutamatergic synapse / cell surface / endoplasmic reticulum / protein-containing complex / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

Conus striatus (ニシキミナシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 3.5757 Å

データ登録者

Chen, L. / Gouaux, E.

引用

ジャーナル: Science / 年: 2014
タイトル: X-ray structures of AMPA receptor-cone snail toxin complexes illuminate activation mechanism.
著者: Chen, L. / Durr, K.L. / Gouaux, E.

履歴

登録	2014年7月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年8月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年8月27日	Group: Database references
改定 1.2	2014年10月1日	Group: Database references
改定 1.3	2017年11月22日	Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: citation / entity ...citation / entity / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_oper_list / software Item: _citation.journal_id_CSD / _entity.pdbx_description ..._citation.journal_id_CSD / _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.4	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / refine_hist / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.5	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.6	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4u5d.cif.gz	1.2 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4u5d.ent.gz	1019.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4u5d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u5/4u5d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u5/4u5d	HTTPS FTP

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関連構造データ

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類似構造データ	4u5b-d 4u5f-d 4u5e-d 4u4f-d 4u5c-d 5l1b-d 5l1f-d 4u4g-d 3kg2-d 5l1g-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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登録構造単位

A: Glutamate receptor 2

B: Glutamate receptor 2

C: Glutamate receptor 2

D: Glutamate receptor 2

E: Con-ikot-ikot

F: Con-ikot-ikot

ヘテロ分子

388 kDa, 6 ポリマー
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1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	161.510, 367.580, 109.380
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質

Glutamate receptor 2 / GluR-2 / AMPA-selective glutamate receptor 2 / GluR-B / GluR-K2 / Glutamate receptor ionotropic / ...

分子量: 91385.320 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Gria2, Glur2 / 細胞株 (発現宿主): HEK293S GNTI- / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P19491

#2: タンパク質

Con-ikot-ikot

分子量: 9753.155 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Conus striatus (ニシキミナシ) / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0CB20

#3: 化合物

ChemComp-KAI / 3-(CARBOXYMETHYL)-4-ISOPROPENYLPROLINE / KAINATE / カイニン酸

分子量: 213.230 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅NO₄ / コメント: 神経伝達物質, アゴニスト*YM

#4: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#5: 化合物

ChemComp-FWF / N,N'-[biphenyl-4,4'-diyldi(2R)propane-2,1-diyl]dipropane-2-sulfonamide

分子量: 480.684 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₃₆N₂O₄S₂

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 70.83 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M MES pH 5.8-6.3, 0.1 M NaCl, 5%-6% PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年8月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.52→97.62 Å / Num. obs: 77844 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 3.2 % / B_iso Wilson estimate: 128.68 Å² / Net I/σ(I): 5.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.2_1309)	精密化
XDS		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.14	データ抽出

精密化

解像度: 3.5757→19.995 Å / SU ML: 0.54 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 33.04 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2972	3028	5.03 %
R_work	0.2558	-	-
obs	0.2579	60144	77.69 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.5757→19.995 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	23540	0	180	0	23720

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	24228
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.753	32915
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.75	8389
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.03	3802
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	4176

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.5757-3.6313	0.5221	3	0.3568	40	X-RAY DIFFRACTION	1
3.6313-3.6904	0.7852	4	0.5704	154	X-RAY DIFFRACTION	5
3.6904-3.7537	0.3889	22	0.4349	443	X-RAY DIFFRACTION	13
3.7537-3.8214	0.4497	39	0.3693	850	X-RAY DIFFRACTION	26
3.8214-3.8944	0.4276	77	0.405	1232	X-RAY DIFFRACTION	38
3.8944-3.9733	0.4732	84	0.4369	1840	X-RAY DIFFRACTION	55
3.9733-4.059	0.3199	148	0.3528	2783	X-RAY DIFFRACTION	83
4.059-4.1526	0.3376	193	0.331	3179	X-RAY DIFFRACTION	97
4.1526-4.2555	0.356	157	0.3287	3233	X-RAY DIFFRACTION	97
4.2555-4.3694	0.3365	169	0.31	3216	X-RAY DIFFRACTION	97
4.3694-4.4965	0.3108	191	0.2961	3252	X-RAY DIFFRACTION	99
4.4965-4.6399	0.2984	183	0.2912	3288	X-RAY DIFFRACTION	99
4.6399-4.8036	0.3143	183	0.2711	3305	X-RAY DIFFRACTION	99
4.8036-4.993	0.3312	167	0.2525	3343	X-RAY DIFFRACTION	100
4.993-5.2164	0.2609	175	0.2471	3337	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2164-5.4861	0.3016	190	0.2424	3320	X-RAY DIFFRACTION	100
5.4861-5.8218	0.3043	182	0.2573	3331	X-RAY DIFFRACTION	100
5.8218-6.2585	0.3218	147	0.2597	3383	X-RAY DIFFRACTION	100
6.2585-6.8651	0.2618	177	0.2427	3365	X-RAY DIFFRACTION	99
6.8651-7.8062	0.2722	186	0.2287	3387	X-RAY DIFFRACTION	99
7.8062-9.6476	0.2579	181	0.2016	3381	X-RAY DIFFRACTION	99
9.6476-19.9954	0.2691	170	0.2103	3454	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.9285	1.3197	-0.3028	7.8711	-3.0975	2.7211	-0.1204	0.5233	0.3293	-0.6371	0.4493	0.1205	0.0313	-0.036	-0.2478	0.7014	0.0079	0.1427	0.9345	0.0246	0.8505	-60.1532	34.2995	-18.6479
2	1.9197	-0.2066	0.3132	2.1951	1.3479	3.4299	-0.1122	0.6462	0.3526	-1.0395	-0.0885	-0.183	-0.3218	-0.2246	0.1815	1.2571	0.1766	-0.0992	1.0437	-0.0672	1.0137	-54.3768	-25.1528	-11.641
3	0.1384	-1.1363	0.7906	2.8229	-1.3366	-1.1288	0.4673	0.9243	-0.2087	1.3326	-0.6666	-0.1849	-0.236	0.8479	0.1625	2.5968	0.5041	-0.0312	1.3614	0.0534	1.9805	-33.9894	-76.9882	20.6053
4	3.2118	-0.8631	-0.6152	0.5303	0.5634	1.496	0.0832	0.0171	-0.2873	-0.2085	0.122	-0.2899	0.2923	0.418	-0.154	1.0876	0.2731	-0.2123	1.0235	-0.1221	1.1804	-48.1062	-34.3289	0.9686
5	-0.2469	-0.1166	0.8751	0.0642	0.2956	0.2103	0.5721	0.77	0.3809	0.2762	0.4633	0.2089	1.9224	-0.9682	-0.465	4.2794	-0.0695	-0.6362	0.4572	-0.3561	2.0408	-41.8377	-85.7017	4.2967
6	1.3957	0.6036	-0.7994	1.8365	-1.6392	5.012	0.0068	-0.0154	0.1347	-0.0527	0.127	-0.2745	-0.1902	0.4701	-0.1003	1.0334	-0.0429	0.2067	1.2365	-0.2476	0.9192	-28.4893	39.3131	-2.8246
7	0.2424	0.0102	0.8246	3.2928	-1.4724	3.4875	-0.1439	0.1409	0.2309	0.0769	-0.1231	-1.0242	-0.2941	0.7378	0.1946	0.8865	0.0726	-0.2832	1.1597	0.0894	1.8772	-12.8489	-19.327	25.9765
8	0.6172	-1.1631	1.4476	1.5186	-1.5706	-0.9525	0.8395	-0.4619	0.3974	-0.0689	0.2251	2.5249	-0.1756	0.2142	-0.9408	2.3401	-0.2656	-0.0922	1.2057	0.316	2.0357	-36.535	-75.6363	38.1751
9	2.179	-0.6603	0.6898	2.1008	-0.6759	0.3	0.1606	0.0311	-0.5521	-0.2709	-0.3388	0.2195	0.1711	0.325	0.1701	1.1892	0.1853	-0.2984	1.3521	0.0615	1.4127	-12.86	-35.2104	32.8867
10	0.4629	-0.1883	-0.6728	0.0779	-0.003	-0.0032	-0.7061	-0.346	-0.9281	0.9153	0.5362	0.0219	-0.5201	0.1788	-0.0263	1.5645	-0.0525	-0.1369	1.2998	0.1147	2.6088	-22.6938	-83.6479	30.2491
11	2.1471	-1.3195	-0.6515	5.3004	2.0843	3.2948	0.0227	-0.4696	0.1265	-0.1499	0.1276	-0.4564	0.1187	0.1865	-0.1156	0.9131	0.0443	0.3436	1.1536	-0.0879	0.9679	-13.341	36.3883	65.3479
12	1.3168	1.0396	0.0499	2.0434	1.4686	2.7876	-0.0652	-0.1639	0.505	0.519	-0.4162	0.3712	-0.1819	0.1642	0.4905	1.4864	0.3069	-0.4472	1.2896	-0.1048	1.129	-31.4117	-20.172	55.1831
13	1.2802	4.2722	0.0323	6.3513	-0.1469	-0.7553	0.4987	-1.4931	-0.5336	-1.4243	-1.816	-0.5986	-1.0675	-0.3063	1.4668	2.4124	-0.1591	-0.1492	1.3219	0.0018	2.0012	-54.4188	-75.553	32.4776
14	1.2556	0.504	-0.2015	0.1718	0.4024	0.336	-0.0223	-0.6421	-0.3992	0.0745	-0.2367	-0.063	-0.0718	-0.0944	0.1949	1.3701	-0.0096	-0.3065	1.4942	0.1221	1.4368	-37.8338	-30.9187	44.4807
15	2.5293	-1.7689	-0.179	0.6479	0.2867	1.5803	-0.2246	-0.7437	0.131	1.1662	1.1403	-0.0943	-0.4271	0.1679	-0.8735	2.4074	-0.0532	-0.1802	1.4616	-0.0324	1.8732	-43.235	-75.1025	48.8404
16	2.2115	-0.3055	-0.2508	1.4914	1.9711	3.1462	0.0738	-0.3166	0.4158	0.0507	0.0463	0.2466	-0.4009	-0.3639	-0.1294	1.4135	0.128	0.2588	1.2409	0.063	0.9237	-45.2103	42.7306	50.1355
17	1.8409	-0.5346	-1.3648	3.1016	0.0452	1.5728	-0.1045	-0.3721	0.305	0.2119	0.1784	0.6191	-0.1938	-0.0815	-0.1054	0.8786	0.0729	-0.1736	0.8616	-0.0773	1.1449	-72.9872	-19.1237	16.7146
18	0.1027	-0.226	-1.6448	0.2233	1.0616	0.9522	1.6112	0.7868	0.6133	0.0075	-0.57	-1.2218	-0.4426	-0.7571	-1.1221	2.782	0.277	-0.3123	1.0073	-0.1653	2.8004	-51.5089	-77.9498	14.9466
19	2.6641	-0.3768	0.9441	1.7288	0.6651	1.8573	0.2636	-0.1552	-0.9805	-0.148	-0.0343	0.4092	0.2977	-0.2186	-0.2067	0.9888	0.1058	-0.1866	0.8939	-0.0475	1.1682	-73.8076	-35.6901	12.6949
20	-0.5298	0.0881	0.2038	0.4228	0.0158	1.636	0.1894	0.4178	-0.9007	-0.947	-0.9077	0.5908	-0.0956	-0.6367	0.6595	1.6369	0.2462	0.0533	1.4942	-0.3257	2.8956	-64.5384	-80.2173	25.5426
21	1.7147	-0.3874	-1.5242	2.8169	0.8531	2.1316	0.0931	0.4491	-0.0559	-0.1778	-0.3164	0.3468	-0.0809	0.3714	0.296	0.9325	0.1754	-0.1563	1.0031	0.0204	1.41	-49.4002	-2.4499	7.4772
22	2.5492	-0.9464	0.2532	3.4212	-0.0106	1.4377	0.0126	-0.375	0.1376	0.2703	-0.05	-0.3615	-0.3312	-0.0817	0.0693	1.4294	0.0683	-0.4368	1.0925	-0.1172	1.604	-35.7821	-0.4487	32.5113

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 1:382)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 383:507)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 508:635)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 636:771)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 772:817)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain B and resid 1:382)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain B and resid 383:507)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resid 508:635)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain B and resid 636:771)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain B and resid 772:817)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain C and resid 1:382)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain C and resid 383:507)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain C and resid 508:635)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain C and resid 636:771)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain C and resid 772:817)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain D and resid 1:382)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain D and resid 383:507)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(chain D and resid 508:635)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(chain D and resid 636:771)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(chain D and resid 772:817)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	(chain E)
22	X-RAY DIFFRACTION	22	(chain F)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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