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- PDB-4u5d: Crystal structure of GluA2, con-ikot-ikot snail toxin, partial ag... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4u5d | ||||||
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Title | Crystal structure of GluA2, con-ikot-ikot snail toxin, partial agonist KA and postitive modulator (R,R)-2b complex | ||||||
![]() |
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![]() | Transport protein/toxin / AMPA receptor / Transport protein-toxin complex | ||||||
Function / homology | ![]() host cell postsynaptic membrane / ion channel regulator activity / spine synapse / dendritic spine neck / dendritic spine head / Activation of AMPA receptors / perisynaptic space / AMPA glutamate receptor activity / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / response to lithium ion ...host cell postsynaptic membrane / ion channel regulator activity / spine synapse / dendritic spine neck / dendritic spine head / Activation of AMPA receptors / perisynaptic space / AMPA glutamate receptor activity / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / response to lithium ion / immunoglobulin binding / AMPA glutamate receptor complex / kainate selective glutamate receptor activity / ionotropic glutamate receptor complex / extracellularly glutamate-gated ion channel activity / cellular response to glycine / asymmetric synapse / regulation of receptor recycling / Unblocking of NMDA receptors, glutamate binding and activation / glutamate receptor binding / positive regulation of synaptic transmission / glutamate-gated receptor activity / presynaptic active zone membrane / response to fungicide / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / somatodendritic compartment / cellular response to brain-derived neurotrophic factor stimulus / dendrite membrane / ligand-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / cytoskeletal protein binding / ionotropic glutamate receptor signaling pathway / dendrite cytoplasm / SNARE binding / dendritic shaft / synaptic membrane / synaptic transmission, glutamatergic / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / PDZ domain binding / protein tetramerization / postsynaptic density membrane / ionotropic glutamate receptor binding / Schaffer collateral - CA1 synapse / modulation of chemical synaptic transmission / establishment of protein localization / terminal bouton / receptor internalization / cerebral cortex development / synaptic vesicle membrane / synaptic vesicle / presynapse / presynaptic membrane / signaling receptor activity / amyloid-beta binding / toxin activity / growth cone / scaffold protein binding / chemical synaptic transmission / postsynaptic membrane / perikaryon / dendritic spine / postsynaptic density / neuron projection / axon / neuronal cell body / glutamatergic synapse / synapse / dendrite / protein-containing complex binding / endoplasmic reticulum membrane / protein kinase binding / cell surface / endoplasmic reticulum / protein-containing complex / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Chen, L. / Gouaux, E. | ||||||
![]() | ![]() Title: X-ray structures of AMPA receptor-cone snail toxin complexes illuminate activation mechanism. Authors: Chen, L. / Durr, K.L. / Gouaux, E. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
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Data in XML | ![]() | 102.3 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 136.2 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4u5bC ![]() 4u5cC ![]() 4u5eC ![]() 4u5fC ![]() 4u5gC ![]() 4u5hC C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 91385.320 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Protein | Mass: 9753.155 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #3: Chemical | ChemComp-KAI / #4: Sugar | ChemComp-NAG / #5: Chemical | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 4.22 Å3/Da / Density % sol: 70.83 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 0.1 M MES pH 5.8-6.3, 0.1 M NaCl, 5%-6% PEG3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Aug 2, 2013 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.52→97.62 Å / Num. obs: 77844 / % possible obs: 96 % / Redundancy: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 128.68 Å2 / Net I/σ(I): 5.1 |
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Processing
Software |
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Refinement | Resolution: 3.5757→19.995 Å / SU ML: 0.54 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 33.04 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.5757→19.995 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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