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- PDB-1sj7: Crystal Structure of Talin Rod 482-655 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1sj7
タイトルCrystal Structure of Talin Rod 482-655
要素Talin 1
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / Integrin signaling / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / SEMA3A-Plexin repulsion signaling by inhibiting Integrin adhesion / MAP2K and MAPK activation / LIM domain binding / Smooth Muscle Contraction / Platelet degranulation / cortical microtubule organization / vinculin binding ...GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / Integrin signaling / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / SEMA3A-Plexin repulsion signaling by inhibiting Integrin adhesion / MAP2K and MAPK activation / LIM domain binding / Smooth Muscle Contraction / Platelet degranulation / cortical microtubule organization / vinculin binding / integrin activation / cell-substrate junction assembly / cortical actin cytoskeleton organization / phosphatidylserine binding / ruffle / phosphatidylinositol binding / integrin-mediated signaling pathway / adherens junction / structural constituent of cytoskeleton / ruffle membrane / integrin binding / actin filament binding / cytoskeleton / cell adhesion / focal adhesion / cell surface / cytosol
類似検索 - 分子機能
Talin, central domain / A middle domain of Talin 1 / Talin VBS2 domain / Vinculin-binding site-containing domain / Talin, central / Talin, central domain superfamily / Talin-1/2, rod-segment / : / : / Vinculin Binding Site ...Talin, central domain / A middle domain of Talin 1 / Talin VBS2 domain / Vinculin-binding site-containing domain / Talin, central / Talin, central domain superfamily / Talin-1/2, rod-segment / : / : / Vinculin Binding Site / Talin, middle domain / Talin, R4 domain / Talin 1-like, rod segment domain / Talin, N-terminal F0 domain / : / N-terminal or F0 domain of Talin-head FERM / Talin IBS2B domain / I/LWEQ domain / I/LWEQ domain superfamily / I/LWEQ domain / I/LWEQ domain profile. / I/LWEQ domain / Phosphotyrosine-binding domain / IRS-type PTB domain / PTB domain (IRS-1 type) / Alpha-catenin/vinculin-like superfamily / FERM domain signature 1. / FERM conserved site / FERM domain signature 2. / FERM central domain / FERM/acyl-CoA-binding protein superfamily / FERM central domain / FERM superfamily, second domain / FERM domain / FERM domain profile. / Band 4.1 domain / Band 4.1 homologues / PH-like domain superfamily / Ubiquitin-like domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Papagrigoriou, E. / Gingras, A.R. / Barsukov, I.L. / Critchley, D.R. / Emsley, J.
引用ジャーナル: EMBO J. / 年: 2004
タイトル: Activation of a vinculin-binding site in the talin rod involves rearrangement of a five-helix bundle
著者: Papagrigoriou, E. / Gingras, A.R. / Barsukov, I.L. / Bate, N. / Fillingham, I.J. / Patel, B. / Frank, R. / Ziegler, W.H. / Roberts, G.C. / Critchley, D.R. / Emsley, J.
履歴
登録2004年3月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年8月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Talin 1
B: Talin 1
C: Talin 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,23710
ポリマ－53,8713
非ポリマー1,3667
水2,342130
1
A: Talin 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,3473
ポリマ－17,9571
非ポリマー3902
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Talin 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,5424
ポリマ－17,9571
非ポリマー5853
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Talin 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,3473
ポリマ－17,9571
非ポリマー3902
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
C: Talin 1
ヘテロ分子

C: Talin 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,6946
ポリマ－35,9142
非ポリマー7804
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_676x-y+1,-y+2,-z+4/31
Buried area2100 Å2
ΔGint-71 kcal/mol
Surface area15920 Å2
手法PISA
5
A: Talin 1
B: Talin 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,8897
ポリマ－35,9142
非ポリマー9755
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2650 Å2
ΔGint-90 kcal/mol
Surface area15480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.662, 95.662, 115.215
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Talin 1


分子量: 17956.994 Da / 分子数: 3 / 断片: Residues 482-655 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: TLN1, TLN / プラスミド: pET15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P26039
#2: 化合物
ChemComp-PT / PLATINUM (II) ION


分子量: 195.078 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Pt
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 130 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.44 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 30% PEG 2000 MME, 0.1M Ammonium Acetate, 0.2M Ammonium Sulfate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD
放射モノクロメーター: 0.9 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→30 Å / Num. all: 21554 / Num. obs: 21513 / % possible obs: 99.8 % / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 28.05
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / Rmerge(I) obs: 0.312 / Mean I/σ(I) obs: 3.576 / Num. unique all: 2120 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.5→28.163 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.928 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / SU B: 10.699 / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.514 / ESU R Free: 0.313 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28619 1122 5.2 %RANDOM
Rwork0.24113 ---
all0.24336 21561 --
obs-20414 99.88 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 38.414 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.9 Å20.95 Å20 Å2
2--1.9 Å20 Å2
3----2.85 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→28.163 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3594 0 7 142 3743
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0260.0213647
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.5521.9654962
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.7593503
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg27.03915617
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1620.2601
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.022758
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.3360.32084
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2460.5271
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.5270.51
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2680.365
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3640.57
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0151.52508
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.84723961
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.47731139
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.3274.51001
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.564 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.427 93
Rwork0.321 1457

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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