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- PDB-3u9m: Structure of reduced human FBXL5 hemerythrin like domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3u9m
タイトルStructure of reduced human FBXL5 hemerythrin like domain
要素F-box/LRR-repeat protein 5
キーワードPROTEIN BINDING / F-box / LRR / E3 / Iron sensor
機能・相同性
機能・相同性情報


SCF ubiquitin ligase complex / SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / Association of TriC/CCT with target proteins during biosynthesis / ubiquitin ligase complex / Iron uptake and transport / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / positive regulation of protein catabolic process / ubiquitin-protein transferase activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation ...SCF ubiquitin ligase complex / SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / Association of TriC/CCT with target proteins during biosynthesis / ubiquitin ligase complex / Iron uptake and transport / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / positive regulation of protein catabolic process / ubiquitin-protein transferase activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / Neddylation / intracellular iron ion homeostasis / protein ubiquitination / iron ion binding / perinuclear region of cytoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
nmb1532 protein domain like / FBXL5-like, hemerythrin-like domain / Hemerythrin-like / Hemerythrin HHE cation binding domain / Leucine-rich repeat, cysteine-containing subtype / Leucine-rich repeat - CC (cysteine-containing) subfamily / A Receptor for Ubiquitination Targets / F-box domain profile. / F-box-like domain superfamily / F-box-like ...nmb1532 protein domain like / FBXL5-like, hemerythrin-like domain / Hemerythrin-like / Hemerythrin HHE cation binding domain / Leucine-rich repeat, cysteine-containing subtype / Leucine-rich repeat - CC (cysteine-containing) subfamily / A Receptor for Ubiquitination Targets / F-box domain profile. / F-box-like domain superfamily / F-box-like / F-box domain / Leucine Rich repeat / Leucine-rich repeat / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Leucine-rich repeat domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / F-box/LRR-repeat protein 5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Li, P.
引用ジャーナル: Chembiochem / 年: 2012
タイトル: The Structural Basis of Iron Sensing by the Human F-box Protein FBXL5.
著者: Shu, C. / Sung, M.W. / Stewart, M.D. / Igumenova, T.I. / Tan, X. / Li, P.
履歴
登録2011年10月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年4月25日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: F-box/LRR-repeat protein 5
C: F-box/LRR-repeat protein 5
E: F-box/LRR-repeat protein 5
G: F-box/LRR-repeat protein 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,36712
ポリマ－76,9204
非ポリマー4478
水5,332296
1
A: F-box/LRR-repeat protein 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,3423
ポリマ－19,2301
非ポリマー1122
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
C: F-box/LRR-repeat protein 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,3423
ポリマ－19,2301
非ポリマー1122
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
E: F-box/LRR-repeat protein 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,3423
ポリマ－19,2301
非ポリマー1122
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
G: F-box/LRR-repeat protein 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,3423
ポリマ－19,2301
非ポリマー1122
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.086, 77.538, 73.641
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.55, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
F-box/LRR-repeat protein 5 / F-box and leucine-rich repeat protein 5 / F-box protein FBL4/FBL5 / p45SKP2-like protein


分子量: 19230.006 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FBXL5, FBL4, FBL5, FLR1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UKA1
#2: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 296 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.07 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 15% PEG 3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年8月31日 / 詳細: Osmic
放射モノクロメーター: Osmic / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→29 Å / Num. all: 44730 / Num. obs: 43657 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 1.95→2.02 Å / % possible all: 90.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7_650)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.95→29 Å / SU ML: 0.26 / σ(F): 0 / 位相誤差: 29.22 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2476 1927 4.6 %Random
Rwork0.2036 ---
all0.206 44730 --
obs0.2056 41903 93.34 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.056 Å2 / ksol: 0.312 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.4858 Å20 Å2-14.4412 Å2
2---9.7427 Å2-0 Å2
3---3.2568 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5320 0 8 296 5624
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0045436
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8227296
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.8972092
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.069764
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003940
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9467-1.99530.316980.26622145X-RAY DIFFRACTION70
1.9953-2.04930.34621220.26172662X-RAY DIFFRACTION88
2.0493-2.10960.31271390.24122734X-RAY DIFFRACTION90
2.1096-2.17760.28111440.21822846X-RAY DIFFRACTION94
2.1776-2.25540.25991270.222882X-RAY DIFFRACTION94
2.2554-2.34570.26631370.21012872X-RAY DIFFRACTION95
2.3457-2.45240.27851430.21072948X-RAY DIFFRACTION96
2.4524-2.58160.28261400.21142945X-RAY DIFFRACTION97
2.5816-2.74320.30071520.21222973X-RAY DIFFRACTION97
2.7432-2.95490.27131400.21813009X-RAY DIFFRACTION98
2.9549-3.25190.26151580.2163017X-RAY DIFFRACTION98
3.2519-3.72160.23621410.18662977X-RAY DIFFRACTION97
3.7216-4.68560.20271480.172942X-RAY DIFFRACTION96
4.6856-29.0150.21331380.20763024X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.46760.33290.43721.09010.15740.7918-0.1280.08190.0855-0.20790.05180.0534-0.20570.06390.02510.2330.01920.02920.2770.01680.2677-26.20715.6346.6091
22.5594-0.88340.16940.4547-0.45671.0893-0.2339-0.8395-0.83770.47010.5740.38360.37770.0733-0.25510.5027-0.01950.04140.33740.09210.4149-37.8156-16.79013.4516
32.290.1555-2.24841.45220.38392.55870.5943-0.45820.05030.12760.26620.0026-0.13090.28150.76670.4471-0.1269-0.22280.26460.15080.3678-29.7553-14.792610.6919
40.76030.59080.3321.5890.85570.59880.17380.005-0.17610.29070.0194-0.19210.3510.1276-0.06640.33120.0077-0.02130.30170.01190.3158-26.4884-0.96769.2156
50.4121-0.25230.41331.378-0.04580.90170.0428-0.126-0.0114-0.0102-0.14420.003-0.0556-0.17780.0580.26630.05310.02170.3237-0.02280.2579-17.6884-17.642329.478
60.13760.01960.06560.13450.06010.41580.4165-0.1383-0.0283-0.06830.00060.00880.25630.20920.53831.26810.2667-0.4990.55750.3558-0.0841-20.27810.215426.8893
70.27310.44080.25992.09250.53061.071-0.170.11290.1247-0.5163-0.02330.1888-0.48710.13530.09740.34840.0498-0.02840.3318-0.02810.291-18.6793-14.181926.2977
80.95050.02440.64481.02870.5571.0838-0.0109-0.0620.1761-0.11530.0262-0.09360.0806-0.0166-0.00390.1930.0030.05580.28-0.02340.2673-0.82945.3484-6.8788
90.31390.0954-0.23140.30860.31120.7152-0.1433-0.17580.1139-0.2554-0.5039-0.01970.3335-0.43980.14010.6982-0.06710.01570.5404-0.16460.6436-1.0097-12.4103-10.3484
100.4295-0.25320.3791.3889-0.44480.99040.1642-0.092-0.1832-0.16170.07340.31690.183-0.3205-0.1040.1901-0.0187-0.01740.26590.01910.3132-2.87761.8527-9.5572
110.5965-0.64941.12192.0791-1.10071.25610.23010.2242-0.0857-0.7345-0.10660.46890.56720.3493-0.06380.35780.0127-0.04430.36930.05350.3294-38.4993-15.358539.8828
120.5508-0.05420.21740.17240.0630.11880.1526-0.1475-0.512-0.15860.0463-0.06880.03410.12220.02620.8492-0.0723-0.40110.423-0.12250.7465-34.34933.401940.5903
13-0.2020.14790.44372.7472-1.52561.2358-0.0310.08140.05030.3496-0.16220.0561-0.55510.31250.04630.37240.04290.03050.38280.04120.3322-36.9243-11.286942.5145
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 4:64)
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 65:73)
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resseq 74:84)
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resseq 85:160)
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'C' and (resseq 4:73)
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resseq 74:84)
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resseq 85:160)
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'E' and (resseq 4:73)
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'E' and (resseq 74:84)
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'E' and (resseq 85:160)
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'G' and (resseq 4:72)
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'G' and (resseq 73:84)
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'G' and (resseq 85:160)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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