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- PDB-3u9j: Crystal structure of oxidized human FBXL5 hemerythrin like domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3u9j
タイトルCrystal structure of oxidized human FBXL5 hemerythrin like domain
要素F-box/LRR-repeat protein 5
キーワードPROTEIN BINDING / FBOX / LRR / Ubiquitin ligase E3 / iron sensor
機能・相同性
機能・相同性情報


SCF ubiquitin ligase complex / SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / Association of TriC/CCT with target proteins during biosynthesis / ubiquitin ligase complex / Iron uptake and transport / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / positive regulation of protein catabolic process / ubiquitin-protein transferase activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation ...SCF ubiquitin ligase complex / SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / Association of TriC/CCT with target proteins during biosynthesis / ubiquitin ligase complex / Iron uptake and transport / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / positive regulation of protein catabolic process / ubiquitin-protein transferase activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / Neddylation / intracellular iron ion homeostasis / protein ubiquitination / iron ion binding / perinuclear region of cytoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
nmb1532 protein domain like / FBXL5-like, hemerythrin-like domain / Hemerythrin-like / Hemerythrin HHE cation binding domain / Leucine-rich repeat, cysteine-containing subtype / Leucine-rich repeat - CC (cysteine-containing) subfamily / A Receptor for Ubiquitination Targets / F-box domain profile. / F-box-like domain superfamily / F-box-like ...nmb1532 protein domain like / FBXL5-like, hemerythrin-like domain / Hemerythrin-like / Hemerythrin HHE cation binding domain / Leucine-rich repeat, cysteine-containing subtype / Leucine-rich repeat - CC (cysteine-containing) subfamily / A Receptor for Ubiquitination Targets / F-box domain profile. / F-box-like domain superfamily / F-box-like / F-box domain / Leucine Rich repeat / Leucine-rich repeat / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Leucine-rich repeat domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / F-box/LRR-repeat protein 5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.603 Å
データ登録者Li, P.
引用ジャーナル: Chembiochem / 年: 2012
タイトル: The Structural Basis of Iron Sensing by the Human F-box Protein FBXL5.
著者: Shu, C. / Sung, M.W. / Stewart, M.D. / Igumenova, T.I. / Tan, X. / Li, P.
履歴
登録2011年10月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年4月25日Group: Database references
改定 1.22024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: F-box/LRR-repeat protein 5
B: F-box/LRR-repeat protein 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,3406
ポリマ－39,1172
非ポリマー2234
水7,080393
1
A: F-box/LRR-repeat protein 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,6703
ポリマ－19,5581
非ポリマー1122
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: F-box/LRR-repeat protein 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,6703
ポリマ－19,5581
非ポリマー1122
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.082, 77.343, 78.190
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-312-

HOH

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要素

#1: タンパク質 F-box/LRR-repeat protein 5 / F-box and leucine-rich repeat protein 5 / F-box protein FBL4/FBL5 / p45SKP2-like protein


分子量: 19558.268 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FBXL5, FBL4, FBL5, FLR1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UKA1
#2: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 393 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.22 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 15% PEG 3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年5月13日
放射モノクロメーター: Si-Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→32 Å / Num. all: 44592 / Num. obs: 44325 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 1.6→1.63 Å / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHENIX1.7_650モデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.7_650)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.7_650位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.603→31.881 Å / SU ML: 0.18 / σ(F): 0 / 位相誤差: 27.49 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2174 3485 4.5 %random
Rwork0.1666 ---
all0.1689 84753 --
obs0.1689 -91.28 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 60.531 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.4021 Å2-0 Å2-0 Å2
2---4.2199 Å20 Å2
3----2.1822 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.603→31.881 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2660 0 4 393 3057
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0032718
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7543648
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.5221046
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061382
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003470
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.603-1.62470.29831150.23832568X-RAY DIFFRACTION79
1.6247-1.64790.3371150.22612659X-RAY DIFFRACTION83
1.6479-1.67250.28541250.23492681X-RAY DIFFRACTION83
1.6725-1.69870.31451330.21012740X-RAY DIFFRACTION85
1.6987-1.72650.26981200.18992736X-RAY DIFFRACTION84
1.7265-1.75630.27351470.17752750X-RAY DIFFRACTION85
1.7563-1.78820.22131170.18162764X-RAY DIFFRACTION85
1.7882-1.82260.24381350.16582731X-RAY DIFFRACTION85
1.8226-1.85980.22041220.15262771X-RAY DIFFRACTION85
1.8598-1.90020.22991340.14932752X-RAY DIFFRACTION85
1.9002-1.94440.20181470.14953085X-RAY DIFFRACTION96
1.9444-1.9930.24051340.14852987X-RAY DIFFRACTION92
1.993-2.04690.23191600.15473033X-RAY DIFFRACTION94
2.0469-2.10710.22391410.15153109X-RAY DIFFRACTION96
2.1071-2.17510.23261440.14593062X-RAY DIFFRACTION96
2.1751-2.25290.22051510.153155X-RAY DIFFRACTION98
2.2529-2.3430.18321410.14453115X-RAY DIFFRACTION96
2.343-2.44960.24621500.13993108X-RAY DIFFRACTION96
2.4496-2.57870.17011580.14373131X-RAY DIFFRACTION97
2.5787-2.74020.18441420.14963160X-RAY DIFFRACTION98
2.7402-2.95170.21881600.16033151X-RAY DIFFRACTION98
2.9517-3.24840.22831560.16663227X-RAY DIFFRACTION99
3.2484-3.71790.17811510.15453190X-RAY DIFFRACTION99
3.7179-4.68180.18271480.1623179X-RAY DIFFRACTION98
4.6818-31.88730.25241390.23473034X-RAY DIFFRACTION93

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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