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万見
- PDB-2rfm: Structure of a Thermophilic Ankyrin Repeat Protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2rfm
タイトルStructure of a Thermophilic Ankyrin Repeat Protein
要素Putative ankyrin repeat protein TV1425
キーワードPROTEIN BINDING / Ankyrin Repeat / ANK repeat
機能・相同性
機能・相同性情報


Ankyrin repeats (many copies) / Ankyrin repeat-containing domain / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
TRIS-HYDROXYMETHYL-METHYL-AMMONIUM / 1,3-BUTANEDIOL / Putative ankyrin repeat protein TV1425
類似検索 - 構成要素
生物種Thermoplasma volcanium (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Loew, C. / Weininger, U. / Neumann, P. / Stubbs, M.T. / Balbach, J.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2008
タイトル: Structural insights into an equilibrium folding intermediate of an archaeal ankyrin repeat protein
著者: Loew, C. / Weininger, U. / Neumann, P. / Klepsch, M. / Lilie, H. / Stubbs, M.T. / Balbach, J.
履歴
登録2007年10月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年3月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative ankyrin repeat protein TV1425
B: Putative ankyrin repeat protein TV1425
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,15524
ポリマ－43,2452
非ポリマー1,91022
水8,629479
1
A: Putative ankyrin repeat protein TV1425
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,58611
ポリマ－21,6231
非ポリマー96310
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Putative ankyrin repeat protein TV1425
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,57013
ポリマ－21,6231
非ポリマー94712
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Putative ankyrin repeat protein TV1425
B: Putative ankyrin repeat protein TV1425
ヘテロ分子

A: Putative ankyrin repeat protein TV1425
B: Putative ankyrin repeat protein TV1425
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,31148
ポリマ－86,4914
非ポリマー3,82044
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation11_655-x+y+1,y,-z1
Buried area12960 Å2
ΔGint-208.6 kcal/mol
Surface area31270 Å2
手法PISA
4
A: Putative ankyrin repeat protein TV1425
ヘテロ分子

B: Putative ankyrin repeat protein TV1425
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,15524
ポリマ－43,2452
非ポリマー1,91022
水362
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation11_655-x+y+1,y,-z1
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4120 Å2
ΔGint-99.3 kcal/mol
Surface area18000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.002, 101.002, 174.483
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number181
Space group name H-MP6422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-426-

HOH

21B-415-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Putative ankyrin repeat protein TV1425


分子量: 21622.680 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermoplasma volcanium (古細菌) / 遺伝子: TVG1472127 / プラスミド: pet28c / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q978J0

-
非ポリマー , 6種, 501分子

#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-144 / TRIS-HYDROXYMETHYL-METHYL-AMMONIUM / メチルトリス(ヒドロキシメチル)アミニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3
#4: 化合物
ChemComp-BU2 / 1,3-BUTANEDIOL / (S)-1,3-ブタンジオ-ル


分子量: 90.121 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 479 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.59 %
結晶化温度: 286 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 20% Glycerol, 2M Ammoniumsulfate, 1% 1,3-butanediole, 20mM HEPES, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 286K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11801
21801
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長 (Å)
シンクロトロンBESSY 14.210.9238
回転陽極RIGAKU21.5418
検出器
タイプID検出器日付
MARMOSAIC 225 mm CCD1CCD2006年7月12日
RIGAKU2IMAGE PLATE2006年2月12日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1GRAPHITESINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2GRAPHITESINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.92381
21.54181
Reflection冗長度: 15.4 % / Av σ(I) over netI: 5.4 / 数: 715122 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Rsym value: 0.089 / D res high: 1.83 Å / D res low: 174.483 Å / Num. obs: 46388 / % possible obs: 98.5
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsRsym valueRedundancy
5.7930.9299.410.0710.07115.9
4.095.7910010.0710.07117.3
3.344.0910010.0660.06617.6
2.893.3410010.0730.07317.7
2.592.8910010.0880.08817.6
2.362.5910010.1040.10417.7
2.192.3610010.130.1317.6
2.052.1910010.1650.16517.5
1.932.0599.810.2110.21112
1.831.9389.910.3120.3127.2
反射解像度: 1.65→48.472 Å / Num. obs: 58965 / % possible obs: 93 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 9.9 % / Biso Wilson estimate: 19.96 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Rsym value: 0.055 / Net I/σ(I): 7.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1,2

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
1.65-1.746.20.3232.43742460520.35366.9
1.74-1.847.50.2223.45441272730.22285.2
1.84-1.9710.20.1593.38245680840.15999.5
1.97-2.13110.0937.78340175480.09399.7
2.13-2.33110.06310.47719769920.06399.8
2.33-2.61110.05212.87025963800.05299.9
2.61-3.0110.90.03916.36199256660.039100
3.01-3.6910.90.04511.85268248550.045100
3.69-5.2210.60.0559.64085138450.055100
5.22-61.669.80.02719.92218222700.02799.5

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALAデータスケーリング
SHELX位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3データ抽出
CrystalClearデータ収集
MOSFLMデータ削減
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.65→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 2.349 / SU ML: 0.043 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.081 / ESU R Free: 0.079 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: TLS refinement - 1 group for every molecule.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.178 3022 5.1 %RANDOM
Rwork0.156 ---
all0.15695 ---
obs0.157 58909 92.76 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 45.827 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.24 Å2-0.12 Å20 Å2
2---0.24 Å20 Å2
3---0.35 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.079 Å0.081 Å
Luzzati d res low-8 Å
Luzzati sigma a0.043 Å0 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2909 0 111 479 3499
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0223285
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3731.9994438
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.5925419
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.34524.932146
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.03415619
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.5911522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.10.2488
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022416
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2450.31863
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3220.52351
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2040.5712
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2890.363
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2380.559
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1722045
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.75433223
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.60521381
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.34231215
LS精密化 シェル解像度: 1.65→1.693 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.207 148 -
Rwork0.156 2737 -
all-2885 -
obs--62.83 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.94050.0322-0.31630.9245-0.02810.68470.0028-0.01080.05670.00730.0009-0.0084-0.00710.0176-0.0036-0.35590.02050.0041-0.2802-0.0044-0.379538.27642.74815.737
21.52340.0736-0.03290.9276-0.03760.5035-0.0187-0.1193-0.21720.0614-0.0238-0.08490.08030.08080.0425-0.34070.0140.0171-0.20960.012-0.345863.0634.22413.468
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA7 - 18810 - 191
2X-RAY DIFFRACTION2BB6 - 1899 - 192

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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