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万見
- PDB-4u28: Crystal structure of apo Phosphoribosyl isomerase A from Streptom... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4u28
タイトルCrystal structure of apo Phosphoribosyl isomerase A from Streptomyces sviceus ATCC 29083
要素Phosphoribosyl isomerase A
キーワードISOMERASE / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphoribosylanthranilate isomerase / 1-(5-phosphoribosyl)-5-[(5-phosphoribosylamino)methylideneamino]imidazole-4-carboxamide isomerase / 1-(5-phosphoribosyl)-5-[(5-phosphoribosylamino)methylideneamino]imidazole-4-carboxamide isomerase activity / phosphoribosylanthranilate isomerase activity / L-histidine biosynthetic process / tryptophan biosynthetic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
HisA/PriA, Actinobacteria / Histidine biosynthesis, HisA-like / HisA/PriA, bacterial-type / Histidine biosynthesis protein / Histidine biosynthesis protein / Ribulose-phosphate binding barrel / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Phosphoribosyl isomerase A
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces sviceus ATCC 29083 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.33 Å
データ登録者Chang, C. / Verduzco-Castro, E.A. / Endres, M. / Barona-Gomez, F. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: Biochem. J. / 年: 2016
タイトル: Co-occurrence of analogous enzymes determines evolution of a novel ( beta alpha )8-isomerase sub-family after non-conserved mutations in flexible loop.
著者: Verduzco-Castro, E.A. / Michalska, K. / Endres, M. / Juarez-Vazquez, A.L. / Noda-Garcia, L. / Chang, C. / Henry, C.S. / Babnigg, G. / Joachimiak, A. / Barona-Gomez, F.
履歴
登録2014年7月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年2月4日Group: Derived calculations
改定 1.22015年2月11日Group: Other
改定 1.32017年11月8日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphoribosyl isomerase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,1303
ポリマ－25,9401
非ポリマー1902
水6,323351
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.111, 69.111, 175.036
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-515-

HOH

21A-529-

HOH

詳細biological unit is the same as asym.

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要素

#1: タンパク質 Phosphoribosyl isomerase A / 1-(5-phosphoribosyl)-5-[(5-phosphoribosylamino)methylideneamino] imidazole-4-carboxamide isomerase ...1-(5-phosphoribosyl)-5-[(5-phosphoribosylamino)methylideneamino] imidazole-4-carboxamide isomerase / N-(5'-phosphoribosyl)anthranilate isomerase / Phosphoribosylformimino-5-aminoimidazole carboxamide ribotide isomerase


分子量: 25939.881 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces sviceus ATCC 29083 (バクテリア)
遺伝子: priA, hisA, SSEG_10012 / プラスミド: pMCSG68 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) pGrow7-K / 参照: UniProt: B5I4P8
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 351 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.31 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.2 / 詳細: 1.8M Na/K phosphate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97927 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月2日
放射モノクロメーター: Si(111) double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97927 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.33→50 Å / Num. all: 60963 / Num. obs: 57655 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.1 % / Rmerge(I) obs: 0.071 / Χ2: 0.965 / Net I/av σ(I): 26.535 / Net I/σ(I): 10.9 / Num. measured all: 526343
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.33-1.356.70.8341.8227550.76597.9
1.35-1.387.50.74228380.78699.4
1.38-1.48.20.67928340.78599.6
1.4-1.438.40.57628580.7899.8
1.43-1.468.40.46728370.79899.9
1.46-1.58.40.38528630.79899.9
1.5-1.548.30.29328720.81599.9
1.54-1.588.20.25228750.82399.9
1.58-1.628.20.20728450.8399.9
1.62-1.688.20.18128590.81599.8
1.68-1.748.30.1529060.84199.8
1.74-1.818.50.1228510.8799.7
1.81-1.898.70.128870.91199.5
1.89-1.999.10.08228870.95799.4
1.99-2.119.60.07629001.10499.3
2.11-2.2710.20.07728841.34999
2.27-2.5110.07829301.49198.6
2.5-2.8711.90.06329341.30198.2
2.87-3.6112.20.0529481.08897.5
3.61-5011.90.04430920.81694.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.8.0071精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.33→26.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.98 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.976 / SU B: 1.412 / SU ML: 0.026 / Data cutoff low absF: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.046 / ESU R Free: 0.043
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.151 2793 5.1 %RANDOM
Rwork0.1271 52240 --
obs0.1283 55033 94.71 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 78.37 Å2 / Biso mean: 16.247 Å2 / Biso min: 8.23 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å2-0.01 Å2-0 Å2
2---0.01 Å2-0 Å2
3---0.04 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.33→26.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1716 0 10 351 2077
Biso mean--20.51 29.89 -
残基数----234
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0191904
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021831
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2471.9872607
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.74734207
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1365263
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.97424.07481
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.76815309
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.431518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.070.2306
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022254
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02402
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3051.3451019
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.2381.341018
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.5512.0151293
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.16633735
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free30.031558
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded8.22153998
LS精密化 シェル解像度: 1.33→1.361 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.241 143 -
Rwork0.225 2428 -
all-2571 -
obs--61.16 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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