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- PDB-5zqi: Alginate lyase AlgAT5 from Polysaccharide Lyase family 7 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zqi
タイトルAlginate lyase AlgAT5 from Polysaccharide Lyase family 7
要素Alginate lyase AlgAT5
キーワードLYASE / Alginate lyase / PL7 / b-sandwich fold
機能・相同性付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; 多糖に作用する / Alginate lyase 2 / Alginate lyase / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta / Alginate lyase AlgAT5
機能・相同性情報
生物種Defluviitalea (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Su, H. / Dong, S. / Feng, Y.G. / Ji, S.Q. / Lu, M. / Li, F.L.
引用
ジャーナル: To Be Published
タイトル: Alginate lyase AlgAT5 from Polysaccharide Lyase family 7
著者: Su, H. / Dong, S. / Feng, Y.G. / Ji, S.Q. / Lu, M. / Li, F.L.
#1: ジャーナル: Appl. Environ. Microbiol. / 年: 2016
タイトル: Defluviitalea phaphyphila sp. nov., a Novel Thermophilic Bacterium That Degrades Brown Algae.
著者: Ji, S.Q. / Wang, B. / Lu, M. / Li, F.L.
履歴
登録2018年4月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alginate lyase AlgAT5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,0412
ポリマ－30,9451
非ポリマー961
水10,323573
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area160 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area9370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.020, 76.380, 83.910
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Alginate lyase AlgAT5


分子量: 30944.848 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Defluviitalea (バクテリア) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: A0A4V8GZK9*PLUS, 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; 多糖に作用する
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 573 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.64 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.8 / 詳細: 0.2M potassium nitrate, 20% PEG3350, pH6.8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年4月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→41.95 Å / Num. obs: 40624 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 10.85 Å2 / CC1/2: 0.968 / Rmerge(I) obs: 0.181 / Rpim(I) all: 0.085 / Rrim(I) all: 0.201 / Net I/σ(I): 6.7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.5-1.535.50.31620160.8720.1490.3598.6
8.22-41.953.40.27870.8070.1390.30523.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.15データスケーリング
PHENIX1.13-2998_1496精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
MOSFLMデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1UAI

1uai


解像度: 1.5→20.228 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 15.51
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1878 2000 4.93 %
Rwork0.1671 --
obs0.1682 40560 96.65 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 64.29 Å2 / Biso mean: 16.7292 Å2 / Biso min: 5.12 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.5→20.228 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1689 0 5 573 2267
Biso mean--32.99 33.11 -
残基数----216
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.5-1.53750.20491440.16572772291699
1.5375-1.57910.16971430.15242764290799
1.5791-1.62550.17421450.1492795294099
1.6255-1.67790.16541450.14252779292499
1.6779-1.73790.18031450.14762818296399
1.7379-1.80740.17461450.157627852930100
1.8074-1.88960.19151460.15612812295899
1.8896-1.98920.2251460.2022818296499
1.9892-2.11370.19071470.154528382985100
2.1137-2.27670.22251470.183328292976100
2.2767-2.50540.16651480.152828492997100
2.5054-2.86710.1591490.155728813030100
2.8671-3.60890.18151430.15862769291295
3.6089-20.23020.20591070.21432051215867
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.0462-0.46160.07233.3136-0.52922.49060.0553-0.1630.07450.15390.02120.0511-0.1004-0.0487-0.05760.0796-0.010.03030.0662-0.00810.048110.821441.13432.3617
21.5648-0.0069-0.64163.455-0.22712.39060.0807-0.0607-0.14430.072-0.0492-0.03420.0894-0-0.03490.04490.0083-0.010.05160.00530.056616.953633.504929.8528
31.4536-0.34780.48661.3734-0.43191.42950.03010.0864-0.09850.00670.02540.06250.01710.0081-0.04810.0452-0.00890.00580.0519-0.01430.070413.803936.654117.8075
41.7545-0.5791-1.31146.2961-1.50274.98890.02220.2289-0.2202-0.33380.0343-0.02950.26010.2478-0.05480.09280.03680.00040.111-0.04290.130624.001129.948610.4667
51.24360.01410.47120.769-0.30611.7371-0.01450.1598-0.0594-0.07170.0201-0.0740.00450.1837-0.00760.0591-0.00370.00820.0794-0.0260.072620.081239.154111.3517
61.1809-0.79140.72544.6308-0.97321.42960.03-0.0261-0.11260.19090.0215-0.13230.05780.0411-0.04340.05950.0090.02410.0648-0.01630.051419.326632.799425.054
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 29 through 66 )A29 - 66
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 67 through 93 )A67 - 93
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 94 through 153 )A94 - 153
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 154 through 170 )A154 - 170
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 171 through 216 )A171 - 216
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 217 through 243 )A217 - 243

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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