+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5zqi | ||||||
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Title | Alginate lyase AlgAT5 from Polysaccharide Lyase family 7 | ||||||
Components | Alginate lyase AlgAT5 | ||||||
Keywords | LYASE / Alginate lyase / PL7 / b-sandwich fold | ||||||
Function / homology | Lyases; Carbon-oxygen lyases; Acting on polysaccharides / Alginate lyase 2 / Alginate lyase / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta / Alginate lyase AlgAT5 Function and homology information | ||||||
Biological species | Defluviitalea (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.5 Å | ||||||
Authors | Su, H. / Dong, S. / Feng, Y.G. / Ji, S.Q. / Lu, M. / Li, F.L. | ||||||
Citation | Journal: To Be Published Title: Alginate lyase AlgAT5 from Polysaccharide Lyase family 7 Authors: Su, H. / Dong, S. / Feng, Y.G. / Ji, S.Q. / Lu, M. / Li, F.L. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5zqi.cif.gz | 148.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5zqi.ent.gz | 115.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5zqi.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zq/5zqi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zq/5zqi | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 1uaiS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 30944.848 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Defluviitalea (bacteria) / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) References: UniProt: A0A4V8GZK9*PLUS, Lyases; Carbon-oxygen lyases; Acting on polysaccharides |
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#2: Chemical | ChemComp-SO4 / |
#3: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.07 Å3/Da / Density % sol: 40.64 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.8 / Details: 0.2M potassium nitrate, 20% PEG3350, pH6.8 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL17U1 / Wavelength: 0.979 Å | ||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Apr 3, 2017 | ||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.5→41.95 Å / Num. obs: 40624 / % possible obs: 97 % / Redundancy: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 10.85 Å2 / CC1/2: 0.968 / Rmerge(I) obs: 0.181 / Rpim(I) all: 0.085 / Rrim(I) all: 0.201 / Net I/σ(I): 6.7 | ||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1UAI Resolution: 1.5→20.228 Å / SU ML: 0.13 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 15.51
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 64.29 Å2 / Biso mean: 16.7292 Å2 / Biso min: 5.12 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.5→20.228 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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