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Yorodumi- PDB-4ge1: Structure of the tryptamine complex of the amine binding protein ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4ge1 | ||||||
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Title | Structure of the tryptamine complex of the amine binding protein of Rhodnius prolixus | ||||||
Components | Biogenic amine-binding protein | ||||||
Keywords | Amine-binding protein / Lipocalin Binding protein / Serotonin / norepinephrine / Salivary gland | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Rhodnius prolixus (insect) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / FOURIER SYNTHESIS / Resolution: 2.15 Å | ||||||
Authors | Andersen, J.F. / Chang, B.W. / Xu, X. / Mans, B.J. / Ribeiro, J.M. | ||||||
Citation | Journal: Acta Crystallogr.,Sect.D / Year: 2013 Title: Structure and ligand-binding properties of the biogenic amine-binding protein from the saliva of a blood-feeding insect vector of Trypanosoma cruzi. Authors: Xu, X. / Chang, B.W. / Mans, B.J. / Ribeiro, J.M. / Andersen, J.F. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4ge1.cif.gz | 328.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4ge1.ent.gz | 271.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4ge1.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4ge1_validation.pdf.gz | 472.1 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4ge1_full_validation.pdf.gz | 480 KB | Display | |
Data in XML | 4ge1_validation.xml.gz | 35.5 KB | Display | |
Data in CIF | 4ge1_validation.cif.gz | 45.7 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ge/4ge1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ge/4ge1 | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 22243.807 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Rhodnius prolixus (insect) / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3)pLysS / References: UniProt: Q86PT9 #2: Chemical | ChemComp-TSS / #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has protein modification | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.3 Å3/Da / Density % sol: 46.55 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion / pH: 8.2 Details: 28-30% PEG 6000, 0.1 M Tris, pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 22-ID / Wavelength: 0.92309 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Apr 12, 2008 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si-111 / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.92309 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.15→50 Å / Num. all: 43654 / Num. obs: 43654 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 40.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Χ2: 1.461 / Net I/σ(I): 11.3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: FOURIER SYNTHESIS / Resolution: 2.15→25.348 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.45 / FOM work R set: 0.7643 / SU ML: 0.68 / σ(F): 1.34 / Phase error: 29.95 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 1.06 Å / VDW probe radii: 1.3 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 43.789 Å2 / ksol: 0.305 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 149.12 Å2 / Biso mean: 56.0103 Å2 / Biso min: 18.92 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.15→25.348 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 16
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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