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Yorodumi- PDB-5dn1: Crystal structure of Phosphoribosyl isomerase A from Streptomyces... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5dn1 | ||||||
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Title | Crystal structure of Phosphoribosyl isomerase A from Streptomyces coelicolor | ||||||
Components | Phosphoribosyl isomerase A | ||||||
Keywords | ISOMERASE / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / histidine biosynthesis | ||||||
Function / homology | Function and homology information phosphoribosylanthranilate isomerase / 1-(5-phosphoribosyl)-5-[(5-phosphoribosylamino)methylideneamino]imidazole-4-carboxamide isomerase / 1-(5-phosphoribosyl)-5-[(5-phosphoribosylamino)methylideneamino]imidazole-4-carboxamide isomerase activity / phosphoribosylanthranilate isomerase activity / histidine biosynthetic process / tryptophan biosynthetic process / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Streptomyces coelicolor (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 1.953 Å | ||||||
Authors | Chang, C. / Verduzco-Castro, E.A. / Endres, M. / Barona-Gomez, F. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
Citation | Journal: Biochem. J. / Year: 2016 Title: Co-occurrence of analogous enzymes determines evolution of a novel ( beta alpha )8-isomerase sub-family after non-conserved mutations in flexible loop. Authors: Verduzco-Castro, E.A. / Michalska, K. / Endres, M. / Juarez-Vazquez, A.L. / Noda-Garcia, L. / Chang, C. / Henry, C.S. / Babnigg, G. / Joachimiak, A. / Barona-Gomez, F. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5dn1.cif.gz | 109.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5dn1.ent.gz | 82.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5dn1.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dn/5dn1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dn/5dn1 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 4tx9C 4u28C 4w9tC 4wuiC 4x9sC C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 25106.246 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Streptomyces coelicolor (bacteria) / Strain: ATCC BAA-471 / A3(2) / M145 / Gene: priA, hisA, SCO2050, SC4G6.19c / Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: P16250, 1-(5-phosphoribosyl)-5-[(5-phosphoribosylamino)methylideneamino]imidazole-4-carboxamide isomerase, phosphoribosylanthranilate isomerase | ||||||
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#2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-GOL / | #4: Chemical | ChemComp-AMZ / | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.56 Å3/Da / Density % sol: 51.87 % |
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Crystal grow | Temperature: 297 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.2M Sodium Chloride, 0.1M Sodium cacodylate, 2.0M Ammonium sulfate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.97924 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Nov 2, 2013 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97924 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.95→50 Å / Num. obs: 19264 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 20.21 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.148 / Rpim(I) all: 0.06 / Rrim(I) all: 0.16 / Χ2: 0.948 / Net I/av σ(I): 14.844 / Net I/σ(I): 6.8 / Num. measured all: 125201 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 1.953→38.36 Å / SU ML: 0.16 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 17.44 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.953→38.36 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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