PDB-4tzc: Crystal Structure of Murine Cereblon in Complex with Thalidomide

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4tzc

タイトル

Crystal Structure of Murine Cereblon in Complex with Thalidomide

要素

Protein cereblon

キーワード

LIGASE / Ubiquitin ligase / DCAF

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of large conductance calcium-activated potassium channel activity / negative regulation of monoatomic ion transmembrane transport / Cul4A-RING E3 ubiquitin ligase complex / locomotory exploration behavior / positive regulation of Wnt signaling pathway / negative regulation of protein-containing complex assembly / positive regulation of protein-containing complex assembly / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / transmembrane transporter binding / protein ubiquitination ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.88 Å

データ登録者

Chamberlain, P.P. / Pagarigan, B. / Delker, S. / Leon, B.

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Structural Basis for Responsiveness to Thalidomide-Analog Drugs Defined by the Crystal Structure of the Human Cereblon:DDB1:Lenalidomide Complex
著者: Chamberlain, P.P. / Lopez-Girona, A. / Miller, K. / Carmel, G. / Pagarigan, B. / Leon, B. / Rychak, E. / Corral, L. / Ren, Y. / Wang, M. / Riley, M. / Delker, S. / Ito, T. / Hideki, A. / ...

履歴

登録	2014年7月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年8月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年3月16日	Group: Data collection
改定 1.2	2017年9月27日	Group: Derived calculations / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_oper_list / software / Item: _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.3	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4tzc.cif.gz	176.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4tzc.ent.gz	142.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4tzc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4tzc_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4tzc_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	4tzc_validation.xml.gz	24 KB	表示
CIF形式データ	4tzc_validation.cif.gz	32.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tz/4tzc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tz/4tzc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4tz4C 4tzuC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5yiz-12 5yj0-7 5yj1-9 6e9m-d 2cbm-d 1j5h-d 2w9p-10 2w9p-6 5yiz-14 4neo-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#116 - 2009年8月硫酸転移酵素 (Sulfotransferases) 類似性 (1)

登録構造単位

C: Protein cereblon

A: Protein cereblon

B: Protein cereblon

D: Protein cereblon

ヘテロ分子

50.3 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Protein cereblon

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
12.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Protein cereblon

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
12.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Protein cereblon

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
12.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: Protein cereblon

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
12.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	143.146, 143.146, 143.146
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	197
Space group name H-M	I23

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-617- HOH
2	1	B-618- HOH

詳細

biological unit is the same as asym.

#1: タンパク質	Protein cereblon / Protein PiL 分子量: 12057.911 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Crbn / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8C7D2
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-EF2 / S-Thalidomide / (S)-サリドマイド分子量: 258.229 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₃H₁₀N₂O₄ / コメント: 薬剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 365 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.55 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.83 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 詳細: 100mM Sodium Acetate pH 5, 600-800mM Ammonium Sulfate.

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月24日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.88→50 Å / Num. obs: 76864 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 22.8 % / R_merge(I) obs: 0.089 / Χ²: 1.019 / Net I/av σ(I): 38.415 / Net I/σ(I): 9.7 / Num. measured all: 1750335

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
1.88-1.95	23	0.599	7652	1.049	100
1.95-2.03	23.1	0.367	7739	1.012	100
2.03-2.12	23.2	0.278	7642	1.002	100
2.12-2.23	22.8	0.213	7671	1.042	100
2.23-2.37	20.5	0.174	7747	1.006	100
2.37-2.55	23.4	0.147	7687	1.008	100
2.55-2.81	23.5	0.105	7678	1.009	100
2.81-3.21	23.5	0.077	7684	1.025	100
3.21-4.05	21.5	0.067	7661	1.018	99.5
4.05-50	23.3	0.049	7703	1.018	100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.6.0117	精密化
HKL-2000		データ削減
PDB_EXTRACT	3.14	データ抽出
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

解像度: 1.88→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.943 / SU B: 5.102 / SU ML: 0.085 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.13 / ESU R Free: 0.13 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21973	1983	5 %	RANDOM
R_work	0.17289	-	-	-
obs	0.1752	37584	99.94 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.609 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.88→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3075	0	120	365	3560

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.02	3296
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.644	1.975	4493
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	16.926	5	392
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.89	23.661	112
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.702	15	551
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.263	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.092	0.2	504
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.018	0.021	2376
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.882→1.931 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.349	137	-
R_work	0.261	2673	-
obs	-	-	99.96 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5821	0.3766	0.0563	0.3913	0.1662	0.436	0.0206	0.0632	-0.0443	0.0427	0.0684	-0.0305	0.0075	0.0193	-0.0889	0.0271	-0.0099	0.0038	0.0424	-0.0148	0.0368	17.1956	-28.2482	-62.635
2	0.3542	-0.0091	0.0674	0.8481	-0.3676	0.3563	0.0147	0.0829	0.0166	0.0227	0.0363	0.0218	-0.0563	0.0244	-0.051	0.0406	-0.0326	-0.0128	0.0597	0.0287	0.0374	54.0351	-43.1541	-62.3951
3	0.5696	0.3169	-0.27	0.3438	-0.0023	0.4813	0.0639	-0.0232	0.0094	0.0172	-0.0292	-0.016	-0.0547	0.0396	-0.0347	0.0392	-0.0279	0.0175	0.0347	-0.0083	0.017	28.2151	-9.4812	-54.5747
4	0.1872	-0.0763	0.1407	0.8453	-0.3258	0.3068	-0.0274	-0.0583	-0.0312	-0.0112	0.0328	-0.0238	0.0096	-0.0054	-0.0054	0.0247	0.022	0.0058	0.0383	0.0198	0.0318	53.7868	-26.212	-78.2029

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	321 - 426
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	321 - 427
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	320 - 426
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	321 - 427

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関連情報:EMDBヘッダ

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