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- PDB-4tvh: HIV Protease (PR) dimer in closed form with TL-3 in active site a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4tvh
タイトルHIV Protease (PR) dimer in closed form with TL-3 in active site and fragment AK-2097 in the outside/top of flap
要素Protease
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / HIV protease / allostery / fragment binding / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能
Retropepsin-like catalytic domain / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily ...Retropepsin-like catalytic domain / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N-[(benzyloxy)carbonyl]-L-alanyl-N-[(1R)-1-benzyl-2-oxoethyl]-L-valinamide / Chem-3TL / BETA-MERCAPTOETHANOL / Chem-K97 / Protease
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.195 Å
データ登録者Tiefenbrunn, T. / Kislukhin, A. / Finn, M.G. / Stout, C.D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM103368-02 米国
引用ジャーナル: J.Phys.Chem.B / 年: 2015
タイトル: Distinguishing Binders from False Positives by Free Energy Calculations: Fragment Screening Against the Flap Site of HIV Protease.
著者: Deng, N. / Forli, S. / He, P. / Perryman, A. / Wickstrom, L. / Vijayan, R.S. / Tiefenbrunn, T. / Stout, D. / Gallicchio, E. / Olson, A.J. / Levy, R.M.
履歴
登録2014年6月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年9月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年2月4日Group: Database references
改定 1.22017年9月13日Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.name
改定 1.32017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protease
B: Protease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,9115
ポリマ－21,6642
非ポリマー1,2473
水1,06359
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5460 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area9670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)28.916, 66.295, 92.175
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細biological unit is the same as asym.

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要素

#1: タンパク質 Protease


分子量: 10831.833 Da / 分子数: 2 / 断片: HIV protease / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: pol / プラスミド: PET 21A+ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(DE3) / 参照: UniProt: Q90EA1
#2: 化合物 ChemComp-3TL / benzyl [(1S,4S,7S,8R,9R,10S,13S,16S)-7,10-dibenzyl-8,9-dihydroxy-1,16-dimethyl-4,13-bis(1-methylethyl)-2,5,12,15,18-pentaoxo-20-phenyl-19-oxa-3,6,11,14,17-pentaazaicos-1-yl]carbamate / TL-3, C2 symmetric inhibitor / TL3


タイプ: peptide-like, Peptide-like / クラス: 阻害剤 / 分子量: 909.077 Da / 分子数: 1 / 断片: TL-3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C50H64N6O10
参照: N-[(benzyloxy)carbonyl]-L-alanyl-N-[(1R)-1-benzyl-2-oxoethyl]-L-valinamide
#3: 化合物 ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#4: 化合物 ChemComp-K97 / 3-(morpholin-4-ylmethyl)-1H-indole-6-carboxylic acid


分子量: 260.288 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H16N2O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 59 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 40 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: 2.4M NaFormate, 10% DMSO, pH4.6 NaOAc

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.5418 A
検出器タイプ: APEX II CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年1月5日
放射モノクロメーター: multilayer mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.195→53.82 Å / Num. obs: 9437 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 3.6 % / Net I/σ(I): 10.02
反射 シェル解像度: 2.195→2.24 Å / 冗長度: 1.73 % / Rmerge(I) obs: 0.34 / Mean I/σ(I) obs: 2.29

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 36.25 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.2 Å31.19 Å
Translation2.2 Å31.19 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALAデータスケーリング
REFMAC5.7.0032精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
PHASER位相決定
PROTEUMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3KFR

3kfr


解像度: 2.195→31.19 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.901 / WRfactor Rfree: 0.215 / WRfactor Rwork: 0.1598 / FOM work R set: 0.8491 / SU B: 6.225 / SU ML: 0.161 / SU R Cruickshank DPI: 0.3502 / SU Rfree: 0.2509 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.35 / ESU R Free: 0.251 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2595 451 4.8 %RANDOM
Rwork0.1837 8986 --
obs0.1871 9437 98.36 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 76.24 Å2 / Biso mean: 19.2 Å2 / Biso min: 8.09 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å2-0 Å20 Å2
2--0.04 Å20 Å2
3----0.05 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.195→31.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1516 0 89 59 1664
Biso mean--21.57 20.84 -
残基数----198
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0191640
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021672
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9482.0462218
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.37733839
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2645196
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg43.28524.44454
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.93815288
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.823159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.2256
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0211714
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02318
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4881.778791
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.4891.778790
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.4122.662984
LS精密化 シェル解像度: 2.195→2.251 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.327 28 -
Rwork0.204 554 -
all-582 -
obs--84.35 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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