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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4tve | |||||||||
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タイトル | Structure Of the First Two Thioredoxin Domains of Naumovozyma dairenensis Eps1p | |||||||||
![]() | Naumovozyma dairenensis Eps1p | |||||||||
![]() | ISOMERASE / protein disulfide isomerase / thioredoxin / endoplasmic reticulum / oxidoreductase | |||||||||
機能・相同性 | ![]() protein retention in ER lumen / protein-disulfide reductase (glutathione) activity / : / protein disulfide isomerase activity / unfolded protein binding / membrane => GO:0016020 / endoplasmic reticulum membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Deborah, F. / Biran, S. | |||||||||
資金援助 | European Union, ![]()
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![]() | ![]() タイトル: The eps1p protein disulfide isomerase conserves classic thioredoxin superfamily amino Acid motifs but not their functional geometries. 著者: Biran, S. / Gat, Y. / Fass, D. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 77.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 55.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 419.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 420.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 15 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 23 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31554.703 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 32-294 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 株: ATCC 10597 / BCRC 20456 / CBS 421 / NBRC 0211 / NRRL Y-12639 遺伝子: NDAI0B01070, NDAI_0B01070 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.01 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 25% w/v PEG 8,000, 0.1 M MES buffer, pH 6.0, 0.2 M calcium acetate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年12月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9763 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 30298 / % possible obs: 97.79 % / 冗長度: 8.2 % / Net I/σ(I): 9.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 8.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 92.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2B5E, 3T59 解像度: 1.8→40.181 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.65 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→40.181 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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