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- PDB-4rxh: Crystal Structure of Importin-alpha from Neurospora crassa comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rxh
タイトルCrystal Structure of Importin-alpha from Neurospora crassa complexed with SV40NLS
要素
  • Importin subunit alpha
  • Large T antigen
キーワードTRANSPORT PROTEIN / ARM repeat / NLS / nuclear import / importin-alpha
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of JAK1 activity / bidirectional double-stranded viral DNA replication / viral DNA genome replication / DNA 3'-5' helicase / nuclear import signal receptor activity / DNA unwinding involved in DNA replication / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / DNA replication origin binding / isomerase activity / helicase activity ...symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of JAK1 activity / bidirectional double-stranded viral DNA replication / viral DNA genome replication / DNA 3'-5' helicase / nuclear import signal receptor activity / DNA unwinding involved in DNA replication / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / DNA replication origin binding / isomerase activity / helicase activity / protein import into nucleus / single-stranded DNA binding / double-stranded DNA binding / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / virus-mediated perturbation of host defense response / host cell nucleus / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Large T antigen, polyomaviridae / Large T antigen, polyomavirus, C-terminal / Zinc finger, large T-antigen D1-type / Origin of replication binding protein / Polyomavirus large T antigen C-terminus / Large T-antigen (T-ag) origin-binding domain (OBD) profile. / Zinc finger large T-antigen (T-ag) D1-type profile. / T antigen, Ori-binding / Zinc finger, large T-antigen D1 domain superfamily / Helicase, superfamily 3, DNA virus ...Large T antigen, polyomaviridae / Large T antigen, polyomavirus, C-terminal / Zinc finger, large T-antigen D1-type / Origin of replication binding protein / Polyomavirus large T antigen C-terminus / Large T-antigen (T-ag) origin-binding domain (OBD) profile. / Zinc finger large T-antigen (T-ag) D1-type profile. / T antigen, Ori-binding / Zinc finger, large T-antigen D1 domain superfamily / Helicase, superfamily 3, DNA virus / Superfamily 3 helicase of DNA viruses domain profile. / Importin subunit alpha / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain superfamily / Importin beta binding domain / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain / IBB domain profile. / DnaJ molecular chaperone homology domain / dnaJ domain profile. / Chaperone J-domain superfamily / DnaJ domain / Armadillo/plakoglobin ARM repeat profile. / Armadillo/beta-catenin-like repeat / Leucine-rich Repeat Variant / Armadillo/beta-catenin-like repeats / Armadillo / Leucine-rich Repeat Variant / Armadillo-like helical / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Large T antigen / Importin subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Neurospora crassa (菌類)
Simian virus 40 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7553 Å
データ登録者Bernardes, N.E. / Takeda, A.A.S. / Fontes, M.R.M.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2015
タイトル: Structure of Importin-alpha from a Filamentous Fungus in Complex with a Classical Nuclear Localization Signal.
著者: Bernardes, N.E. / Takeda, A.A. / Dreyer, T.R. / Freitas, F.Z. / Bertolini, M.C. / Fontes, M.R.
履歴
登録2014年12月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Importin subunit alpha
A: Large T antigen
C: Large T antigen


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,5733
ポリマ－55,5733
非ポリマー00
水6,287349
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)45.127, 64.494, 185.650
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Importin subunit alpha


分子量: 53602.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Neurospora crassa (菌類) / 株: FGSC 9718 / 遺伝子: 3H10.030 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3) pLysS / 参照: UniProt: Q9C2K9
#2: タンパク質・ペプチド Large T antigen / LT / LT-AG


分子量: 985.289 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Large T-antigen nuclear localization sequence / 由来: (合成) Simian virus 40 (ウイルス)
参照: UniProt: P03070, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 349 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.4 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 20 Mm Bicine pH 8.5, 20%(w/v) PEG 6000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年5月1日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→36.98 Å / Num. all: 55181 / Num. obs: 54993 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3
反射 シェル解像度: 1.75→1.82 Å / Rmerge(I) obs: 0.843 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 98.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3UL1

3ul1


解像度: 1.7553→36.975 Å / SU ML: 0.19 / σ(F): 0 / 位相誤差: 22.69 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2109 1997 3.64 %RANDOM
Rwork0.183 ---
all0.184 54927 --
obs0.184 54927 99.46 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7553→36.975 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3277 0 0 349 3626
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073332
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0984527
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.8371225
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.039544
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006574
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7553-1.79910.30871330.29633529X-RAY DIFFRACTION94
1.7991-1.84780.29951390.25893701X-RAY DIFFRACTION99
1.8478-1.90220.25031400.22883735X-RAY DIFFRACTION100
1.9022-1.96360.25641420.21263762X-RAY DIFFRACTION100
1.9636-2.03370.23181410.19473722X-RAY DIFFRACTION100
2.0337-2.11510.21841420.18833754X-RAY DIFFRACTION100
2.1151-2.21140.21641420.18023754X-RAY DIFFRACTION100
2.2114-2.3280.20021420.18223779X-RAY DIFFRACTION100
2.328-2.47380.20541440.18383786X-RAY DIFFRACTION100
2.4738-2.66480.22921420.18853803X-RAY DIFFRACTION100
2.6648-2.93280.22121450.19673819X-RAY DIFFRACTION100
2.9328-3.3570.22621440.1963830X-RAY DIFFRACTION100
3.357-4.22840.1861470.16763880X-RAY DIFFRACTION100
4.2284-36.98270.19311540.16034076X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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