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- PDB-4rx4: Crystal structure of VH1-46 germline-derived CD4-binding site-dir... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rx4
タイトルCrystal structure of VH1-46 germline-derived CD4-binding site-directed antibody 8ANC134 in complex with HIV-1 clade A Q842.d12 gp120
要素
  • 8ANC134 Heavy chain
  • 8ANC134 Light Chain
  • HIV-1 Clade A Q842.d12 gp120
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / HIV-1 attachment protein / Broadly neutralizing antibody / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane ...positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / membrane
類似検索 - 分子機能
HIV Envelope Protein Gp120; Chain G / Human immunodeficiency virus 1, Gp160, envelope glycoprotein / Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Beta Complex / Immunoglobulins ...HIV Envelope Protein Gp120; Chain G / Human immunodeficiency virus 1, Gp160, envelope glycoprotein / Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Beta Complex / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.45 Å
データ登録者Zhou, T. / Acharya, P. / Moquin, S. / Kwong, P.D.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / : 2015
タイトル: Structural Repertoire of HIV-1-Neutralizing Antibodies Targeting the CD4 Supersite in 14 Donors.
著者: Zhou, T. / Lynch, R.M. / Chen, L. / Acharya, P. / Wu, X. / Doria-Rose, N.A. / Joyce, M.G. / Lingwood, D. / Soto, C. / Bailer, R.T. / Ernandes, M.J. / Kong, R. / Longo, N.S. / Louder, M.K. / ...著者: Zhou, T. / Lynch, R.M. / Chen, L. / Acharya, P. / Wu, X. / Doria-Rose, N.A. / Joyce, M.G. / Lingwood, D. / Soto, C. / Bailer, R.T. / Ernandes, M.J. / Kong, R. / Longo, N.S. / Louder, M.K. / McKee, K. / O'Dell, S. / Schmidt, S.D. / Tran, L. / Yang, Z. / Druz, A. / Luongo, T.S. / Moquin, S. / Srivatsan, S. / Yang, Y. / Zhang, B. / Zheng, A. / Pancera, M. / Kirys, T. / Georgiev, I.S. / Gindin, T. / Peng, H.P. / Yang, A.S. / Mullikin, J.C. / Gray, M.D. / Stamatatos, L. / Burton, D.R. / Koff, W.C. / Cohen, M.S. / Haynes, B.F. / Casazza, J.P. / Connors, M. / Corti, D. / Lanzavecchia, A. / Sattentau, Q.J. / Weiss, R.A. / West, A.P. / Bjorkman, P.J. / Scheid, J.F. / Nussenzweig, M.C. / Shapiro, L. / Mascola, J.R. / Kwong, P.D.
履歴
登録2014年12月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年7月8日Group: Derived calculations
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32021年6月2日Group: Source and taxonomy / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / entity_src_gen
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _entity_src_gen.host_org_common_name ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _entity_src_gen.host_org_common_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain
改定 1.42024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_sheet
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_sheet.number_strands

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
G: HIV-1 Clade A Q842.d12 gp120
H: 8ANC134 Heavy chain
L: 8ANC134 Light Chain
E: HIV-1 Clade A Q842.d12 gp120
A: 8ANC134 Heavy chain
D: 8ANC134 Light Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)178,98134
ポリマ-175,0856
非ポリマー3,89628
00
1
G: HIV-1 Clade A Q842.d12 gp120
H: 8ANC134 Heavy chain
L: 8ANC134 Light Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,69419
ポリマ-87,5433
非ポリマー2,15216
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5580 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area31930 Å2
2
E: HIV-1 Clade A Q842.d12 gp120
A: 8ANC134 Heavy chain
D: 8ANC134 Light Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,28715
ポリマ-87,5433
非ポリマー1,74412
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4050 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area19930 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)220.353, 220.353, 118.493
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

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抗体 , 2種, 4分子 HALD

#2: 抗体 8ANC134 Heavy chain


分子量: 24449.703 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: 8ANC134 heavy chain / プラスミド: pVRC8400 / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 8ANC134 Light Chain


分子量: 23425.020 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: 8ANC134 light chain / プラスミド: pVRC8400 / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
タンパク質 / , 2種, 13分子 GE

#1: タンパク質 HIV-1 Clade A Q842.d12 gp120


分子量: 39667.828 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
: Clade A Q842.d12 / 遺伝子: gp120 / プラスミド: pVRC8400 / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8JDI3*PLUS
#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 組換発現 / : C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 17分子

#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / : SO4
#6: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / : C2H6O2

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.42 %
結晶化温度: 298 K / pH: 6.5
詳細: 8% w/v PEG 8000, 0.2 M sodium acetate and 0.1 m sodium Cacodylate, pH 6.5 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月12日
放射モノクロメーター: SI 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.45→26.896 Å / Num. obs: 28017 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.103 / Rsym value: 0.061 / Net I/σ(I): 16.8
反射 シェル解像度: 3.45→3.51 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.775 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Rsym value: 0.622 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1690)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.45→26.9 Å / SU ML: 0.52 / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 29.06 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.253 1406 5.02 %
Rwork0.208 --
obs0.21 28008 99.7 %
all-28017 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.45→26.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11741 0 234 0 11975
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00812253
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.49916633
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.1454441
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0561891
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0072127
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.454-3.57690.36311190.28412679X-RAY DIFFRACTION99
3.5769-3.71970.32981430.27072653X-RAY DIFFRACTION100
3.7197-3.88860.32071300.2572663X-RAY DIFFRACTION100
3.8886-4.09290.28741220.24162694X-RAY DIFFRACTION100
4.0929-4.34830.28511400.19982669X-RAY DIFFRACTION100
4.3483-4.68250.22711510.18312669X-RAY DIFFRACTION100
4.6825-5.15070.19961580.17462651X-RAY DIFFRACTION100
5.1507-5.88920.26831440.20662645X-RAY DIFFRACTION100
5.8892-7.39410.29771530.23742654X-RAY DIFFRACTION100
7.3941-26.89630.19541460.17422625X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.896-1.0586-1.59893.9071.15742.471-0.0870.1715-0.0412-0.10240.1063-0.0484-0.57130.0873-0.02190.6356-0.0320.00280.64740.01310.75724.789515.789337.3256
22.408-0.0987-0.63543.06380.23655.6182-0.0730.0358-0.1293-0.53710.0678-0.8498-0.15050.5216-0.00910.6113-0.06750.05550.6582-0.02330.881437.81475.182628.5445
35.2652.2055-0.14914.3049-2.44065.0156-1.03550.1639-0.5473-0.98151.0785-0.26470.37770.8865-0.0730.75780.0828-0.12590.9581-0.18860.581225.7223-27.201336.0905
44.05770.6271-0.56884.49071.9293.267-0.11370.1747-0.00330.03010.28640.423-0.11610.0253-0.20260.47920.06890.04230.7369-0.00170.574726.3877-16.146141.5495
52.8042-0.7765-0.02289.0586-0.89994.22910.04361.02230.862-0.4394-0.2833-0.91770.19460.7246-0.16840.67430.1438-0.02481.12490.09150.795735.1684-13.897436.5964
61.73262.1740.83594.234-0.56944.2874-0.00130.03120.4519-0.07180.0291-0.16860.36760.1895-0.09280.56270.08680.0160.6875-0.02810.608726.7246-16.75841.6974
73.3912-0.1474-1.22218.6252-5.65396.1949-0.1372-0.1058-2.4219-0.9959-0.77051.42611.5518-0.15240.82211.00010.17590.21120.7006-0.02361.733228.3671-51.262250.9536
83.1571-3.67790.06656.8234-0.95245.71610.0403-0.3234-2.0770.3487-0.00421.11170.5511-1.115-0.13830.7505-0.09850.0060.64130.15871.538321.5318-52.073854.8629
93.74980.44290.98736.70280.00513.6251-0.1864-0.6166-0.05961.08120.086-0.74340.03520.08340.07510.83570.1931-0.09940.801-0.12720.706231.0101-16.380364.1045
102.34940.5182-3.22126.2007-5.90049.41770.14740.3980.58892.27551.1050.5026-1.3718-2.0999-1.07420.55750.141-0.06821.1071-0.24460.984219.7257-13.317758.7474
113.3238-0.2222-0.40135.31420.06793.0747-0.1703-0.4319-0.48660.9004-0.02610.2920.13510.22840.17420.55340.10720.00170.636-0.03520.593629.3392-27.571762.2875
126.1789-1.5564-1.66274.9526-0.89093.70190.4928-0.4587-0.4440.3917-0.3931-0.45820.19160.1526-0.07880.94410.1046-0.07440.66210.21950.868434.0582-42.638863.6043
134.7201-2.7639-0.27695.81771.53645.87740.2469-0.4055-1.17180.32690.2083-0.49540.82510.8287-0.21590.9330.1437-0.04620.72930.30861.315641.615-51.915963.4583
146.96291.00061.66156.932-0.19797.5710.0523-0.36380.5707-0.15091.1333-0.04530.5809-2.2177-0.65741.2904-0.17490.09970.6155-0.24630.9594.9813-26.4276108.9888
159.28650.3999-2.61632.404-0.50966.388-0.4244-0.8981-0.7653-0.1411-0.1587-0.33921.19980.07940.6091.16910.13320.04760.82970.15071.02138.8897-30.0834104.6114
162.29191.57080.84712.17070.47482.0242-0.6144-1.04890.2247-0.5266-0.54311.4112-0.29081.10961.27020.9721-0.0378-0.0711.015-0.05681.129611.033-17.1999112.304
171.96220.88431.46713.00730.96863.4182-0.1275-0.3660.62510.6144-0.3592-0.38310.3193-0.30150.46971.209-0.2094-0.05570.9835-0.05051.155910.0673-18.7977120.6375
184.08-0.5540.86741.78920.47773.36350.10420.0365-0.2870.35490.0466-0.72110.94190.4928-0.18081.09780.1578-0.08460.6576-0.030.95328.8653-27.7803112.9937
192.95661.81272.13724.06680.10534.7539-0.0663-0.3361-0.15110.640.0195-0.48140.19820.03830.16890.89670.1750.01750.69910.010.796124.3275-20.5601116.2939
209.90362.7878-2.11166.3253-1.53661.31890.5902-0.70550.37891.0078-0.67210.01190.2632-0.11590.1560.857-0.0526-0.06971.0167-0.06940.760233.95518.5105110.0133
213.249-0.66351.60134.6951-0.35344.4806-0.2728-0.6082-0.1962-0.40110.44690.15230.58960.2296-0.12820.5726-0.0475-0.12780.935-0.05190.741229.77970.0107102.4943
226.56372.58853.32037.361-4.89269.3510.53750.5281-1.42880.8465-0.28840.2471-0.19150.5696-0.17280.67650.05460.0860.9286-0.05520.909337.1614-5.4103107.7233
231.5395-0.2584-1.24754.121-0.14051.2744-0.04460.0178-0.67110.38450.0179-0.49210.10170.462-0.00470.6631-0.1776-0.02361.01860.03430.714233.94594.0915104.4075
245.79531.88310.49162.93210.25240.0252-0.27-0.5208-0.15840.4368-0.24780.49970.0361.90520.30650.4371-0.4289-0.02291.2724-0.42451.238653.014934.919686.3619
255.94530.91542.28495.8773-1.98833.7606-0.27770.34810.7922-0.45370.50980.26130.0913-0.7623-0.25240.6193-0.26170.10051.1040.03660.939644.819932.059489.4323
267.8674.97413.37458.6992-1.0533.0636-0.94081.35490.8374-0.75651.12571.20960.4828-1.2768-0.25720.5605-0.250.06090.8302-0.08851.137748.494839.176594.7176
272.925-0.71870.96634.7772-1.41332.6712-0.69420.8885-0.4003-0.41530.4841-0.84090.14450.20590.29840.9527-0.35130.15751.3238-0.40480.997234.6117-1.974181.8038
287.5405-3.33911.34835.0036-3.84936.6516-0.44720.3534-0.2123-0.83831.09390.89310.2733-1.0786-0.62110.7639-0.2783-0.11591.50320.08280.905223.00471.342887.2151
294.39581.92-0.26743.56930.40472.4128-0.961.0855-0.094-1.43390.9116-0.55140.04540.00610.01030.7029-0.32270.00551.1623-0.16250.5340.169410.995183.327
307.17451.6111-0.01773.9467-0.79853.5203-0.05340.1174-0.2836-0.51290.0049-1.08830.6057-0.18570.00360.836-0.31850.24070.9549-0.07980.977855.279720.893881.4086
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'G' and (resid 45 through 283 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'G' and (resid 284 through 492 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'H' and (resid 2 through 17 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'H' and (resid 18 through 51 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'H' and (resid 52 through 72 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'H' and (resid 73 through 109 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'H' and (resid 110 through 145 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'H' and (resid 146 through 213 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'L' and (resid 2 through 38 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'L' and (resid 39 through 61 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'L' and (resid 62 through 128 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'L' and (resid 129 through 174 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'L' and (resid 175 through 214 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'E' and (resid 44 through 64 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'E' and (resid 65 through 98 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'E' and (resid 99 through 115 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'E' and (resid 116 through 222 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'E' and (resid 223 through 413 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'E' and (resid 414 through 492 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'A' and (resid 2 through 25 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'A' and (resid 26 through 45 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'A' and (resid 46 through 72 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'A' and (resid 73 through 119 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'A' and (resid 120 through 135 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'A' and (resid 136 through 194 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'A' and (resid 195 through 218 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resid 1 through 38 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'D' and (resid 39 through 61 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'D' and (resid 62 through 139 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'D' and (resid 140 through 214 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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