[日本語] English
万見
- PDB-4rv8: Co-Crystal Structure of the Catalytic Domain of the Inosine Monop... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rv8
タイトルCo-Crystal Structure of the Catalytic Domain of the Inosine Monophosphate Dehydrogenase from Cryptosporidium parvum and the inhibitor p131
要素Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / alpha-beta fold / TIM barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


IMP dehydrogenase activity / IMP dehydrogenase / GMP biosynthetic process / GTP biosynthetic process / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase / IMP dehydrogenase / GMP reductase, conserved site / IMP dehydrogenase / GMP reductase signature. / IMP dehydrogenase/GMP reductase / IMP dehydrogenase / GMP reductase domain / IMP dehydrogenase / GMP reductase domain / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-I13 / INOSINIC ACID / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Cryptosporidium parvum (小形クリプトスポリジウム)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.053 Å
データ登録者Kim, Y. / Makowska-Grzyska, M. / Gu, M. / Kavitha, M. / Hedstrom, L. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2015
タイトル: Structure of Cryptosporidium IMP dehydrogenase bound to an inhibitor with in vivo antiparasitic activity.
著者: Kim, Y. / Makowska-Grzyska, M. / Gorla, S.K. / Gollapalli, D.R. / Cuny, G.D. / Joachimiak, A. / Hedstrom, L.
履歴
登録2014年11月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年12月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年12月16日Group: Database references
改定 1.22017年2月8日Group: Structure summary
改定 1.32017年7月26日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.42023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
B: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
C: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
D: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)157,92718
ポリマ－154,2184
非ポリマー3,70914
水6,107339
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area20040 Å2
ΔGint-115 kcal/mol
Surface area46230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.188, 91.832, 92.021
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.75, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細one tetramer in the asymmetric unit

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase / IMP dehydrogenase / IMPD / IMPDH


分子量: 38554.422 Da / 分子数: 4 / 断片: Catalytic domain of IMPDH / 変異: delta 93-134, 90-92 are mutated to SGG / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cryptosporidium parvum (小形クリプトスポリジウム)
遺伝子: 56k.02, cgd6_20 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) gold / 参照: UniProt: Q8T6T2, IMP dehydrogenase

-
非ポリマー , 5種, 353分子

#2: 化合物
ChemComp-IMP / INOSINIC ACID / IMP


分子量: 348.206 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H13N4O8P
#3: 化合物
ChemComp-I13 / 1-(2-{3-[(1E)-N-(2-aminoethoxy)ethanimidoyl]phenyl}propan-2-yl)-3-(4-chloro-3-nitrophenyl)urea


分子量: 433.889 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H24ClN5O4
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 339 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.17 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9
詳細: 0.1 M Bicine pH 9.0, 20%(w/v) PEG 6000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 16K, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97931 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月2日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→50 Å / Num. all: 89862 / Num. obs: 89862 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 27.54 Å2 / Rsym value: 0.14 / Net I/σ(I): 12.66
反射 シェル解像度: 2.05→2.09 Å / 冗長度: 3.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.02 / Num. unique all: 4514 / Rsym value: 0.695 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ収集
HKL-3000位相決定
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine: dev_1745)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3FFS

3ffs


解像度: 2.053→40.842 Å / SU ML: 0.24 / Isotropic thermal model: mixed / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 24.27 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.229 4499 5.01 %RANDOM
Rwork0.187 ---
all0.189 89795 --
obs0.189 89795 99.61 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 36.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.053→40.842 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9650 0 250 339 10239
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00410188
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.86413746
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.0663862
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0311623
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031718
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs% reflection obs (%)
2.0526-2.07590.33091390.27752661280093
2.0759-2.10040.30891530.256828352988100
2.1004-2.1260.30541400.254228743014100
2.126-2.15290.3151360.233227962932100
2.1529-2.18120.29621710.230928132984100
2.1812-2.21110.25781650.22528132978100
2.2111-2.24270.28691680.211328683036100
2.2427-2.27620.25241430.213728162959100
2.2762-2.31170.25431320.195828652997100
2.3117-2.34960.27751480.198928452993100
2.3496-2.39010.26461350.199828382973100
2.3901-2.43360.24511460.196128512997100
2.4336-2.48040.22271760.189428263002100
2.4804-2.5310.24811470.185428452992100
2.531-2.5860.23341550.199128412996100
2.586-2.64620.25841320.185728672999100
2.6462-2.71230.24831480.192328653013100
2.7123-2.78570.24971540.182928693023100
2.7857-2.86760.25031540.189128092963100
2.8676-2.96010.24111370.189128743011100
2.9601-3.06590.23971500.191228462996100
3.0659-3.18860.23191510.186128533004100
3.1886-3.33370.22361710.191628112982100
3.3337-3.50930.21571450.179228633008100
3.5093-3.72910.21541520.177228793031100
3.7291-4.01680.2141490.158428623011100
4.0168-4.42050.17151520.150828603012100
4.4205-5.05920.1831640.146928593023100
5.0592-6.37020.21091620.191628783040100
6.3702-40.85050.21051240.19712914303898
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8666-0.62641.01358.0906-4.54243.1458-0.082-0.0020.08480.71160.0855-0.0154-0.2701-0.0048-0.00260.1954-0.010.08340.1573-0.01770.1386-12.414810.262896.6696
23.17770.7624-0.93381.7307-0.07262.8441-0.03210.2051-0.3074-0.03620.036-0.18550.23620.19410.00370.29080.03990.04350.1991-0.06340.19034.534-0.333780.5478
34.6081-2.3474-0.79752.80920.96513.18690.12490.5059-0.0932-0.4934-0.0786-0.12520.14140.2564-0.04930.4057-0.00810.04820.3121-0.02490.18621.18069.188268.5385
40.9946-0.1117-0.72123.1668-0.79730.67770.0010.0888-0.1005-0.0073-0.0518-0.0388-0.00490.0360.05360.24330.01020.0310.1739-0.02780.1482-5.144211.823385.3208
54.9142-3.59791.58255.9837-0.21723.27520.02750.14120.5004-0.0804-0.0838-0.44860.08110.6260.09630.2333-0.01360.05520.3339-0.04530.283416.740513.380787.2675
65.0852-0.36570.72151.4448-0.88812.11140.22060.0557-0.20050.014-0.1041-0.14320.2103-0.0267-0.1080.30910.00480.0320.1021-0.00020.1733-4.2507-0.047296.754
71.61940.0435-0.4293.10472.95863.76380.0946-0.029-0.007-0.1716-0.00790.0371-0.6190.1635-0.0420.2830.0320.02590.11020.0080.1921-17.157415.0895115.9399
82.2727-1.3059-0.2553.27860.01381.15040.0387-0.1879-0.2520.2317-0.0377-0.01140.0938-0.0040.00870.4193-0.03580.00160.21680.0630.2157-7.699-4.6809129.1517
92.7473-0.7031.70083.2193-1.50793.44870.1599-0.1214-0.53790.2074-0.0823-0.07270.3692-0.026-0.07690.3826-0.0273-0.01130.16770.03980.337-11.1501-15.4937118.3505
100.6137-0.6561-0.26660.76990.63381.77040.1042-0.067-0.14030.0611-0.0213-0.0136-0.0889-0.0208-0.09490.3664-0.02960.01070.20140.01570.2182-12.57752.3061115.4097
113.60911.17273.5942.76391.13017.29180.25260.1705-0.21750.09340.0197-0.50110.08140.5803-0.24830.33310.0092-0.01860.24340.06190.31788.9404-1.0823119.3369
124.0854-0.60351.63012.19320.632.5420.1353-0.297-0.09920.0849-0.0704-0.1243-0.0171-0.0283-0.05930.3154-0.01640.03570.16240.01270.1203-11.794212.8715127.8405
131.3160.84110.26951.3953-0.57212.11490.0428-0.16220.13970.1603-0.06120.0578-0.4014-0.14910.04530.25920.04940.02860.1986-0.01960.1603-15.236542.1171118.8319
142.3373-0.04340.01451.4181-0.17994.4832-0.0739-0.48320.1350.48340.0242-0.26780.07180.05390.08660.42260.0044-0.01180.3295-0.03930.1809-4.147341.3518142.0739
153.66251.19051.32012.37651.82124.4302-0.0464-0.42740.12660.40750.05910.1530.0043-0.1520.010.47760.00220.0820.3206-0.02270.1884-19.107134.5867141.3151
160.22320.51340.03952.1349-0.39550.2221-0.0466-0.18870.00790.0097-0.0035-0.03690.002-0.04150.04590.37950.00490.02220.2492-0.02050.1601-14.762233.1979124.7443
173.01590.88230.55752.35970.18162.31410.0847-0.2967-0.14790.1110.0689-0.50050.1940.3813-0.11150.38740.0341-0.00620.3558-0.07280.23045.75332.1302132.7402
182.75040.09610.88491.8552-0.00232.19330.09-0.04040.27290.0842-0.09010.0051-0.11650.04520.02450.3363-0.00820.02230.1703-0.00940.1695-8.64345.0665115.0016
193.0708-2.183-2.23743.38963.16864.2738-0.2012-0.1049-0.03530.195-0.00910.14660.5602-0.04660.19670.2464-0.05050.00890.10970.00550.1823-11.229230.067692.0498
202.16930.85160.4432.85741.28122.3609-0.05380.15340.2051-0.15870.0035-0.0944-0.1910.10370.07320.2918-0.02420.02880.17750.05840.21173.515449.583984.6419
214.64291.1991-0.70372.9505-0.5871.51990.07510.10270.59310.0223-0.0964-0.1215-0.36610.0607-0.01160.38660.0091-0.00720.15730.02940.3056-4.600560.552492.7219
220.79440.1638-0.3270.62850.85721.5759-0.10190.00690.12870.1880.02320.01890.02970.01670.0740.27770.00010.01330.16350.01980.2169-7.345842.775394.5864
236.0244-0.646-3.1212.29880.19465.28720.0805-0.53090.22930.1473-0.0489-0.5241-0.18840.5866-0.11970.2288-0.0488-0.03180.21880.03630.306213.353246.0373101.4177
244.7374-0.12630.86542.19120.67941.62070.05570.29250.1073-0.1988-0.0338-0.0628-0.0170.1238-0.02010.302-0.02250.06450.1362-0.01640.135-1.000131.888483.9231
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 25 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 26 through 76 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 77 through 203 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 204 through 274 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 275 through 340 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 341 through 392 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 1 through 25 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 26 through 76 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 77 through 203 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 204 through 274 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 275 through 340 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 341 through 392 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 0 through 47 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 48 through 88 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 89 through 203 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 204 through 274 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 275 through 340 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 341 through 392 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 1 through 25 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 26 through 76 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 77 through 203 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 204 through 274 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 275 through 340 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 341 through 392 )

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る