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- PDB-4rtd: Escherichia coli alpha-2-macroglobulin activated by porcine elastase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rtd
タイトルEscherichia coli alpha-2-macroglobulin activated by porcine elastase
要素Uncharacterized lipoprotein YfhM
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / thioester domain / macroglobulin
機能・相同性
機能・相同性情報


endopeptidase inhibitor activity / defense response / protein homodimerization activity / extracellular space / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Alpha-2-macroglobulin MG3 domain / Alpha-2-macroglobulin, bacteria / Alpha-2-macroglobulin, MG1 domain / Bacterial Alpha-2-macroglobulin, MG5 domain / Bacterial alpha-2-macroglobulin MG10 domain / Bacterial Alpha-2-macroglobulin, MG6 domain / : / : / : / Bacterial alpha-2-macroglobulin MG3 domain ...Alpha-2-macroglobulin MG3 domain / Alpha-2-macroglobulin, bacteria / Alpha-2-macroglobulin, MG1 domain / Bacterial Alpha-2-macroglobulin, MG5 domain / Bacterial alpha-2-macroglobulin MG10 domain / Bacterial Alpha-2-macroglobulin, MG6 domain / : / : / : / Bacterial alpha-2-macroglobulin MG3 domain / Bacterial macroglobulin domain 6 / Bacterial Alpha-2-macroglobulin MG1 domain / Bacterial Alpha-2-macroglobulin MG5 domain / Bacterial Alpha-2-macroglobulin MG10 domain / Bacterial alpha-2 macroglobulin MG2 domain / A2MG, CUB domain / : / Alpha-macro-globulin thiol-ester bond-forming region / Alpha-2-macroglobulin / Macroglobulin domain / Alpha-2-macroglobulin, bait region domain / Alpha-macroglobulin-like, TED domain / Alpha-2-macroglobulin family / MG2 domain / A-macroglobulin TED domain / Alpha-2-macroglobulin bait region domain / Alpha-2-Macroglobulin / Alpha-2-macroglobulin family / Terpenoid cyclases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Alpha-2-macroglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.65 Å
データ登録者Fyfe, C.D. / Grinter, R. / Roszak, A.W. / Josts, I. / Cogdell, R.J. / Walker, D.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2015
タイトル: Structure of protease-cleaved Escherichia coli alpha-2-macroglobulin reveals a putative mechanism of conformational activation for protease entrapment.
著者: Fyfe, C.D. / Grinter, R. / Josts, I. / Mosbahi, K. / Roszak, A.W. / Cogdell, R.J. / Wall, D.M. / Burchmore, R.J. / Byron, O. / Walker, D.
履歴
登録2014年11月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年7月29日Group: Database references
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized lipoprotein YfhM


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)181,6181
ポリマ－181,6181
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)176.065, 176.065, 161.131
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized lipoprotein YfhM


分子量: 181618.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: b2520, JW2504, yfhM / プラスミド: pet21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P76578
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.52 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M potassium chloride, 25% SOKALAN CP7, 0.1 M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年5月15日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.65→46.87 Å / Num. all: 20753 / Num. obs: 20753 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 2.1 / Observed criterion σ(I): 2.1 / 冗長度: 26.6 % / Rmerge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 13.2
反射 シェル解像度: 3.65→4 Å / 冗長度: 26.7 % / Rmerge(I) obs: 0.744 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
EDNAデータ収集
AutoSol位相決定
REFMAC5.8.0049精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.65→46.87 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 76.202 / SU ML: 0.491 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.588 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23831 1033 5 %RANDOM
Rwork0.17746 ---
all0.18042 20753 --
obs0.18042 19679 99.91 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 144.38 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.46 Å20.23 Å20 Å2
2--0.46 Å20 Å2
3----1.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.65→46.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8699 0 0 0 8699
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0198882
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.028449
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5291.97512081
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.834319429
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.47551117
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.8524.903414
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.308151410
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.8811557
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.21340
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02110228
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021991
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it6.5111.2914483
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other6.50811.2924482
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it10.55216.9275595
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other10.55116.9275596
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.23711.7554399
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other6.23611.7544400
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other10.1917.4626487
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined15.88992.52210186
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other15.88892.52110187
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.65→3.745 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.283 73 -
Rwork0.311 1462 -
obs--99.48 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.80020.3070.20461.9879-0.22670.10270.0268-0.3910.04340.2979-0.1047-0.33150.0508-0.08650.07790.2358-0.03080.02040.3827-0.0210.087-46.647334.2593-18.8426
24.4261-1.8128-1.15692.56140.88581.0922-0.0577-0.3034-0.5074-0.00460.2075-0.0550.23630.3302-0.14980.46360.0111-0.03390.34190.09230.2591-45.2246-3.2228-28.3827
31.83050.1571-0.46831.7705-0.77930.89880.05670.0402-0.1042-0.2949-0.07420.24550.1612-0.17030.01750.1727-0.0620.01070.1372-0.07350.0813-66.865129.179-41.9534
42.5169-1.5513-0.69281.4903-0.06953.87920.00260.0873-0.23790.1323-0.11470.46910.144-0.30590.1120.0826-0.05630.07830.0617-0.03120.3837-34.930735.1078-83.4727
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A379 - 485
2X-RAY DIFFRACTION1A853 - 922
3X-RAY DIFFRACTION1A943 - 1019
4X-RAY DIFFRACTION2A486 - 610
5X-RAY DIFFRACTION2A611 - 622
6X-RAY DIFFRACTION2A637 - 677
7X-RAY DIFFRACTION2A691 - 743
8X-RAY DIFFRACTION3A1020 - 1127
9X-RAY DIFFRACTION3A1128 - 1168
10X-RAY DIFFRACTION3A1440 - 1498
11X-RAY DIFFRACTION3A1499 - 1560
12X-RAY DIFFRACTION3A1566 - 1653
13X-RAY DIFFRACTION4A1169 - 1439

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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