+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6tav | |||||||||
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Title | Crystal structure of endopeptidase-induced alpha2-macroglobulin | |||||||||
Components | Alpha-2-macroglobulin | |||||||||
Keywords | HYDROLASE / PEPTIDASE INHIBITOR / PROTEINASE INHIBITOR / ZN-AND CU-BINDING PROTEIN / CYTOKINE BINDING / HORMONE BINDING / PROTEIN BINDING | |||||||||
Function / homology | Function and homology information interleukin-1 binding / negative regulation of complement activation, lectin pathway / brain-derived neurotrophic factor binding / response to prostaglandin E / interleukin-8 binding / embryonic liver development / acute inflammatory response to antigenic stimulus / luteinization / tumor necrosis factor binding / HDL assembly ...interleukin-1 binding / negative regulation of complement activation, lectin pathway / brain-derived neurotrophic factor binding / response to prostaglandin E / interleukin-8 binding / embryonic liver development / acute inflammatory response to antigenic stimulus / luteinization / tumor necrosis factor binding / HDL assembly / response to carbon dioxide / nerve growth factor binding / endopeptidase inhibitor activity / growth factor binding / response to glucocorticoid / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / Degradation of the extracellular matrix / response to nutrient / platelet alpha granule lumen / stem cell differentiation / acute-phase response / serine-type endopeptidase inhibitor activity / calcium-dependent protein binding / Platelet degranulation / collagen-containing extracellular matrix / blood microparticle / protease binding / signaling receptor binding / enzyme binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 4.2 Å | |||||||||
Authors | Gomis-Ruth, F.X. / Duquerroy, S. / Trapani, S. / Marrero, A. / Goulas, T. / Guevara, T. / Andersen, G.A. / Sottrup-Jensen, L. / Navaza, J. | |||||||||
Citation | Journal: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / Year: 2022 Title: Cryo-EM structures shows the mechanistic basis of pan-peptidase inhibition by human alpha2-macroglobulin Authors: Luque, D. / Goulas, T. / Mata, C.P. / Mendes, S.R. / Gomis-Ruth, F.X. / Caston, J.R. #1: Journal: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / Year: 2012 Title: The crystal structure of human alpha 2-macroglobulin reveals a unique molecular cage. Authors: Marrero, A. / Duquerroy, S. / Trapani, S. / Goulas, T. / Guevara, T. / Andersen, G.R. / Navaza, J. / Sottrup-Jensen, L. / Gomis-Ruth, F.X. #2: Journal: Subcell. Biochem. / Year: 2017 Title: alpha2-Macroglobulins: Structure and Function. Authors: Garcia-Ferrer, I. / Marrero, A. / Gomis-Ruth, F.X. / Goulas, T. #3: Journal: Biol.Chem. / Year: 2017 Title: Structural and functional insight into pan-endopeptidase inhibition by alpha 2-macroglobulins. Authors: Goulas, T. / Garcia-Ferrer, I. / Marrero, A. / Marino-Puertas, L. / Duquerroy, S. / Gomis-Ruth, F.X. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6tav.cif.gz | 3.8 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6tav.ent.gz | 3.3 MB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6tav.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ta/6tav ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ta/6tav | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 4acq S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 163465.062 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: Residue GLN975 of the protein according to UniProt P01023 is chemically modified to MEQ975 by reaction with methylamine. Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: A2M, CPAMD5, FWP007 / Production host: Homo sapiens (human) / References: UniProt: P01023 #2: Polysaccharide | alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose Source method: isolated from a genetically manipulated source #3: Polysaccharide | beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose Source method: isolated from a genetically manipulated source #4: Polysaccharide | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose Source method: isolated from a genetically manipulated source #5: Sugar | ChemComp-NAG / Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.67 Å3/Da / Density % sol: 66.47 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: Equivolumetric drops consisting of 0.2M tribasic ammonium citrate, pH6.4, 15% (w/v) polyethylene glycol 3350, plus 0.05M sodium fluoride as an additive, and protein solution at 4.9 ...Details: Equivolumetric drops consisting of 0.2M tribasic ammonium citrate, pH6.4, 15% (w/v) polyethylene glycol 3350, plus 0.05M sodium fluoride as an additive, and protein solution at 4.9 absorption units at lambda=280nm yielded a single large well-shaped monocrystal after several months. This crystal could not be reproduced despite extensive trials. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID23-1 / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Jul 18, 2008 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 4.2→34.24 Å / Num. obs: 70358 / % possible obs: 99.1 % / Redundancy: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 198.6 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Rrim(I) all: 0.107 / Net I/σ(I): 10 |
Reflection shell | Resolution: 4.2→4.45 Å / Rmerge(I) obs: 1.62 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 10760 / CC1/2: 0.446 / Rrim(I) all: 1.865 / % possible all: 96.8 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4ACQ 4acq Resolution: 4.2→34.24 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.884
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Displacement parameters | Biso max: 300 Å2 / Biso mean: 256.78 Å2 / Biso min: 171.12 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.72 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 4.2→34.24 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 4.2→4.24 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 41
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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