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- PDB-1yfl: T4Dam in Complex with Sinefungin and 16-mer Oligonucleotide Showi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1yfl
タイトルT4Dam in Complex with Sinefungin and 16-mer Oligonucleotide Showing Semi-specific and Specific Contact and Flipped Base
要素
  • 5'-D(P*TP*CP*AP*CP*AP*GP*GP*AP*TP*CP*CP*TP*GP*TP*GP*A)-3'
  • DNA adenine methylase
キーワードTRANSFERASE/DNA / T4DAM / METHYLTRANSFERASE / DNA / PROTEIN-DNA COMPLEX / BASE-FLIPPING / TRANSFERASE-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated evasion of host restriction-modification system / DNA-methyltransferase activity / site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) / site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) activity / S-adenosyl-L-methionine binding / DNA restriction-modification system / mismatch repair / methylation / sequence-specific DNA binding / DNA replication / symbiont-mediated suppression of host innate immune response
類似検索 - 分子機能
Adenine-specific Methyltransferase; domain 2 / Adenine-specific Methyltransferase, Domain 2 / Adenine modification methylase, M.EcoRV-type / D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase / Adenine-specific methyltransferase, domain 2 / D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase / N-6 Adenine-specific DNA methylases signature. / DNA methylase, N-6 adenine-specific, conserved site / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily ...Adenine-specific Methyltransferase; domain 2 / Adenine-specific Methyltransferase, Domain 2 / Adenine modification methylase, M.EcoRV-type / D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase / Adenine-specific methyltransferase, domain 2 / D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase / N-6 Adenine-specific DNA methylases signature. / DNA methylase, N-6 adenine-specific, conserved site / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
SINEFUNGIN / DNA / DNA (> 10) / DNA adenine methylase
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage T4 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.09 Å
データ登録者Horton, J.R. / Liebert, K. / Hattman, S. / Jeltsch, A. / Cheng, X.
引用
ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2005
タイトル: Transition from Nonspecific to Specific DNA Interactions along the Substrate-Recognition Pathway of Dam Methyltransferase.
著者: Horton, J.R. / Liebert, K. / Hattman, S. / Jeltsch, A. / Cheng, X.
#1: ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2003
タイトル: Structure of the bacteriophage T4 DNA adenine methyltransferase
著者: Yang, Z. / Horton, J.R. / Zhou, L. / Zhang, X.J. / Dong, A. / Zhang, X. / Schlagman, S.L. / Kossykh, V. / Cheng, X.
履歴
登録2005年1月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年5月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42018年1月31日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.52020年7月22日Group: Derived calculations
カテゴリ: ndb_struct_conf_na / ndb_struct_na_base_pair ...ndb_struct_conf_na / ndb_struct_na_base_pair / ndb_struct_na_base_pair_step / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen
Item: _ndb_struct_na_base_pair.buckle / _ndb_struct_na_base_pair.propeller ..._ndb_struct_na_base_pair.buckle / _ndb_struct_na_base_pair.propeller / _ndb_struct_na_base_pair_step.inclination / _ndb_struct_na_base_pair_step.y_displacement
改定 1.62023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999SEQUENCE 1) Author states that Q139R, Y140F and Q209L reflect conflicts between deposited protein ...SEQUENCE 1) Author states that Q139R, Y140F and Q209L reflect conflicts between deposited protein sequence and translated deposited DNA-->protein sequence. From their electron density, it appears the translated DNA sequence is correct ; 2) It is possible residue 119 could be a Tyr rather than Asp based on some electron density evidence.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
F: 5'-D(P*TP*CP*AP*CP*AP*GP*GP*AP*TP*CP*CP*TP*GP*TP*GP*A)-3'
G: 5'-D(P*TP*CP*AP*CP*AP*GP*GP*AP*TP*CP*CP*TP*GP*TP*GP*A)-3'
H: 5'-D(P*TP*CP*AP*CP*AP*GP*GP*AP*TP*CP*CP*TP*GP*TP*GP*A)-3'
I: 5'-D(P*TP*CP*AP*CP*AP*GP*GP*AP*TP*CP*CP*TP*GP*TP*GP*A)-3'
A: DNA adenine methylase
B: DNA adenine methylase
D: DNA adenine methylase
E: DNA adenine methylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)142,96612
ポリマ－141,4408
非ポリマー1,5264
水362
1
F: 5'-D(P*TP*CP*AP*CP*AP*GP*GP*AP*TP*CP*CP*TP*GP*TP*GP*A)-3'
G: 5'-D(P*TP*CP*AP*CP*AP*GP*GP*AP*TP*CP*CP*TP*GP*TP*GP*A)-3'
A: DNA adenine methylase
B: DNA adenine methylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,4836
ポリマ－70,7204
非ポリマー7632
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
H: 5'-D(P*TP*CP*AP*CP*AP*GP*GP*AP*TP*CP*CP*TP*GP*TP*GP*A)-3'
I: 5'-D(P*TP*CP*AP*CP*AP*GP*GP*AP*TP*CP*CP*TP*GP*TP*GP*A)-3'
D: DNA adenine methylase
E: DNA adenine methylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,4836
ポリマ－70,7204
非ポリマー7632
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)87.871, 117.648, 87.865
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.02, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: DNA鎖
5'-D(P*TP*CP*AP*CP*AP*GP*GP*AP*TP*CP*CP*TP*GP*TP*GP*A)-3'


分子量: 4898.192 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthesized by New England Biolabs
#2: タンパク質
DNA adenine methylase / 2.1.1.72 / Deoxyadenosyl-methyltransferase / M.EcoT4Dam


分子量: 30461.898 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ)
属: T4-like viruses / 生物種: Enterobacteria phage T4 sensu lato / 遺伝子: DAM / プラスミド: pJW2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): GM 2971
参照: UniProt: P04392, site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)
#3: 化合物
ChemComp-SFG / SINEFUNGIN / ADENOSYL-ORNITHINE / シネフンギン


分子量: 381.387 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H23N7O5
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.2 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: PEG 6000, MES, ammonium acetate, CaCl2, glycerol, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 600011
2MES11
3ammonium acetate11
4CaCl211
5glycerol11
6H2O11
7PEG 600012
8MES12
9ammonium acetate12
10CaCl212

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データ収集

回折平均測定温度: 173 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 2004年6月6日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.09→30 Å / Num. obs: 33149 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 54.4 Å2 / Rsym value: 0.081 / Net I/σ(I): 18.7
反射 シェル解像度: 3.09→3.2 Å / 冗長度: 5.4 % / Mean I/σ(I) obs: 5.8 / Num. unique all: 3302 / Rsym value: 0.314 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称分類
MAR345データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
GLRF位相決定
CNS精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1Q0S

1q0s


解像度: 3.09→29.4 Å / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: The crystal of T4Dam-sinefungin-16mer DNA can also be indexed in the space group P43, with the same cell dimensions but two protein molecules and two half DNA molecules in the asymmetric unit. ...詳細: The crystal of T4Dam-sinefungin-16mer DNA can also be indexed in the space group P43, with the same cell dimensions but two protein molecules and two half DNA molecules in the asymmetric unit. The DNA axis is in parallel with the crystallographic z-axis (a 4-fold screw axis). To have a complete DNA molecule, we indexed the diffraction data in a lower symmetry space group P21. The two protein molecules along the DNA axis were constrained during the refinement by non-crystallographic 4-fold screw symmetry.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.265 1595 -RANDOM
Rwork0.214 ---
all0.217 32163 --
obs0.217 32163 97.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 57.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-8.84 Å20 Å20 Å2
2---19.47 Å20 Å2
3---10.63 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.5 Å0.38 Å
Luzzati d res low-30 Å
Luzzati sigma a0.36 Å0.32 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.09→29.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7953 1316 108 2 9379
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.09
LS精密化 シェル解像度: 3.09→3.2 Å / Rfactor Rfree error: 0.033
Rfactor反射数%反射
Rfree0.392 141 -
Rwork0.362 --
obs--92 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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