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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1yfl | ||||||
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タイトル | T4Dam in Complex with Sinefungin and 16-mer Oligonucleotide Showing Semi-specific and Specific Contact and Flipped Base | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSFERASE/DNA / T4DAM / METHYLTRANSFERASE (メチルトランスフェラーゼ) / DNA (デオキシリボ核酸) / PROTEIN-DNA COMPLEX (デオキシリボ核酸) / BASE-FLIPPING / TRANSFERASE-DNA COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 symbiont-mediated evasion of host restriction-modification system / DNA-methyltransferase activity / Damメチラーゼ / site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) activity / メチル化 / DNA複製 / DNA binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Enterobacteria phage T4 (ファージ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.09 Å | ||||||
データ登録者 | Horton, J.R. / Liebert, K. / Hattman, S. / Jeltsch, A. / Cheng, X. | ||||||
引用 | ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2005 タイトル: Transition from Nonspecific to Specific DNA Interactions along the Substrate-Recognition Pathway of Dam Methyltransferase. 著者: Horton, J.R. / Liebert, K. / Hattman, S. / Jeltsch, A. / Cheng, X. #1: ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2003 タイトル: Structure of the bacteriophage T4 DNA adenine methyltransferase 著者: Yang, Z. / Horton, J.R. / Zhou, L. / Zhang, X.J. / Dong, A. / Zhang, X. / Schlagman, S.L. / Kossykh, V. / Cheng, X. | ||||||
履歴 |
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Remark 999 | SEQUENCE 1) Author states that Q139R, Y140F and Q209L reflect conflicts between deposited protein ...SEQUENCE 1) Author states that Q139R, Y140F and Q209L reflect conflicts between deposited protein sequence and translated deposited DNA-->protein sequence. From their electron density, it appears the translated DNA sequence is correct ; 2) It is possible residue 119 could be a Tyr rather than Asp based on some electron density evidence. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1yfl.cif.gz | 246 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1yfl.ent.gz | 193.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1yfl.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yf/1yfl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yf/1yfl | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 4898.192 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthesized by New England Biolabs #2: タンパク質 | 分子量: 30461.898 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ) 属: T4-like viruses / 生物種: Enterobacteria phage T4 sensu lato / 遺伝子: DAM / プラスミド: pJW2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): GM 2971 / 参照: UniProt: P04392, Damメチラーゼ #3: 化合物 | ChemComp-SFG / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.2 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: PEG 6000, MES, ammonium acetate, CaCl2, glycerol, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 173 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 2004年6月6日 |
放射 | モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.09→30 Å / Num. obs: 33149 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 54.4 Å2 / Rsym value: 0.081 / Net I/σ(I): 18.7 |
反射 シェル | 解像度: 3.09→3.2 Å / 冗長度: 5.4 % / Mean I/σ(I) obs: 5.8 / Num. unique all: 3302 / Rsym value: 0.314 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1Q0S 解像度: 3.09→29.4 Å / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: The crystal of T4Dam-sinefungin-16mer DNA can also be indexed in the space group P43, with the same cell dimensions but two protein molecules and two half DNA molecules in the asymmetric unit. ...詳細: The crystal of T4Dam-sinefungin-16mer DNA can also be indexed in the space group P43, with the same cell dimensions but two protein molecules and two half DNA molecules in the asymmetric unit. The DNA axis is in parallel with the crystallographic z-axis (a 4-fold screw axis). To have a complete DNA molecule, we indexed the diffraction data in a lower symmetry space group P21. The two protein molecules along the DNA axis were constrained during the refinement by non-crystallographic 4-fold screw symmetry.
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原子変位パラメータ | Biso mean: 57.7 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.09→29.4 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.09→3.2 Å / Rfactor Rfree error: 0.033
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