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- PDB-4rso: The structure of the neurotropic AAVrh.8 viral vector -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rso
タイトルThe structure of the neurotropic AAVrh.8 viral vector
要素Capsid protein VP1
キーワードVIRUS / beta-barrel / capsid protein / icosahedral virus / adeno-associated virus / parvoviridae / dependoparvovirus / virus capsid protein / single-stranded DNA binding
機能・相同性
機能・相同性情報


T=1 icosahedral viral capsid / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能
Empty Capsid Viral Protein 2 / Parvovirus coat protein VP1/VP2 / Phospholipase A2-like domain / Phospholipase A2-like domain / Parvovirus coat protein VP2 / Parvovirus coat protein VP1/VP2 / Parvovirus coat protein VP2 / Capsid/spike protein, ssDNA virus / Beta Complex / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2'-DEOXYADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / Capsid protein
類似検索 - 構成要素
生物種Non-human primate Adeno-associated virus (アデノ随伴ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Halder, S. / Van Vliet, K. / Smith, J.K. / McKenna, R. / Wilson, J.M. / Agbandje-McKenna, M.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2015
タイトル: Structure of neurotropic adeno-associated virus AAVrh.8.
著者: Halder, S. / Van Vliet, K. / Smith, J.K. / Duong, T.T. / McKenna, R. / Wilson, J.M. / Agbandje-McKenna, M.
履歴
登録2014年11月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年4月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 2.02024年5月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / struct_site
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.type / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_atom.comp_id / _chem_comp_atom.pdbx_aromatic_flag / _chem_comp_atom.pdbx_stereo_config / _chem_comp_atom.type_symbol / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _chem_comp_bond.comp_id / _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag / _chem_comp_bond.value_order / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_comp_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Capsid protein VP1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,8354
ポリマ－81,4461
非ポリマー3903
水1086
1
A: Capsid protein VP1
ヘテロ分子
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,910,119240
ポリマ－4,886,73960
非ポリマー23,380180
水1,08160
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Capsid protein VP1
ヘテロ分子
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 409 kDa, 5 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)409,17720
ポリマ－407,2285
非ポリマー1,94815
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: Capsid protein VP1
ヘテロ分子
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 491 kDa, 6 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)491,01224
ポリマ－488,6746
非ポリマー2,33818
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
6
A: Capsid protein VP1
ヘテロ分子
x 60


  • crystal asymmetric unit, crystal frame
  • 4.91 MDa, 60 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,910,119240
ポリマ－4,886,73960
非ポリマー23,380180
水1,08160
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z2
point symmetry operation59
単位格子
Length a, b, c (Å)355.500, 358.900, 371.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
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54generate(0.88797, -0.44428, 0.11884), (-0.10408, -0.44584, -0.88904), (0.44797, 0.77707, -0.44213)0.45837, -1.57042, -3.76385
55generate(0.49631, 0.36338, 0.78843), (0.86433, -0.12178, -0.48796), (-0.0813, 0.92365, -0.37453)2.85909, -3.37196, -2.20219
56generate(-0.61811, 0.6818, -0.39125), (0.39111, 0.69848, 0.59929), (0.68188, 0.21741, -0.6984)3.69717, 0.023, -4.94212
57generate(-0.91521, -0.39941, -0.05356), (-0.39941, 0.88138, 0.25226), (-0.05355, 0.25226, -0.96618)4.96782, 1.51916, -3.4664
58generate(-0.3675, -0.42637, 0.82653), (0.92043, -0.03944, 0.38891), (-0.13322, 0.90369, 0.40694)5.13042, -1.88547, -0.61783
59generate(-0.07071, -0.99741, 0.01345), (0.08931, -0.01976, -0.99581), (0.99349, -0.06921, 0.09048)2.7503, -2.2264, -4.35297
60generate(-0.61811, 0.39111, 0.68188), (0.6818, 0.69848, 0.21741), (-0.39125, 0.59929, -0.6984)5.64596, -1.46239, -2.0191

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要素

#1: タンパク質 Capsid protein VP1


分子量: 81445.648 Da / 分子数: 1 / 断片: Residues 217-736 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Non-human primate Adeno-associated virus (アデノ随伴ウイルス)
遺伝子: cap, VP1 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q808Y3
#2: 化合物 ChemComp-D5M / 2'-DEOXYADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / dAMP


分子量: 331.222 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O6P
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.3 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: Crystallization drops consisted of virus sample (10 mg/ml) in 1X PBS mixed with reservoir solution (5.5% PEG8000 in 1xPBS) at a 1:1 ratio (v/v) and equilibrated against 1 ml of reservoir ...詳細: Crystallization drops consisted of virus sample (10 mg/ml) in 1X PBS mixed with reservoir solution (5.5% PEG8000 in 1xPBS) at a 1:1 ratio (v/v) and equilibrated against 1 ml of reservoir solution at 298K. pH 7.4; temperature 298K; hanging-drop vapor-diffusion, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.9186 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月4日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: White beam collimating mirror, horizontally focusing monochromator using single bent triangular Si(111) crystal, vertically focusing Rh-coated Si mirror
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9186 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→50 Å / Num. all: 532197 / Num. obs: 487416 / % possible obs: 90 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.8 % / Rsym value: 0.176 / Net I/σ(I): 3.2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Num. unique allRsym valueDiffraction-ID% possible all
3.5-3.632.1505450.371186
3.63-3.772376790.355164.2
3.77-3.942.1389150.339166.1
3.94-4.152.5554490.25194.3
4.15-4.412.7569960.226196.8
4.41-4.752.9579590.209198.2
4.75-5.233.1582460.183198.6
5.23-5.983.2585850.153198.9
5.98-7.533.3588060.113198.9
7.53-503.2590170.078197.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHENIXモデル構築
CNS1.3精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: AAV8 VP1

解像度: 3.5→50 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.219 24216 random
Rwork0.217 --
all0.217 532197 -
obs0.217 487416 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.5→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4124 0 24 6 4154
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.37
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.5-3.630.342321060.3379X-RAY DIFFRACTION73
3.63-3.770.334713620.3366X-RAY DIFFRACTION49.6
3.77-3.940.314415590.3077X-RAY DIFFRACTION54
3.94-4.150.248726220.2482X-RAY DIFFRACTION85.3
4.15-4.410.2126330.2143X-RAY DIFFRACTION89.4
4.41-4.750.204626940.1956X-RAY DIFFRACTION91.4
4.75-5.230.189526630.1854X-RAY DIFFRACTION93.3
5.23-5.980.165728200.17X-RAY DIFFRACTION94.7
5.98-7.530.153328570.1529X-RAY DIFFRACTION96.2
7.53-500.208929000.2041X-RAY DIFFRACTION96.8

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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