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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4rnj | ||||||
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タイトル | PaMorA phosphodiesterase domain, apo form | ||||||
![]() | Motility regulator | ||||||
![]() | HYDROLASE / EAL domain / Phosphodiesterase / c-di-GMP | ||||||
機能・相同性 | ![]() nucleotide binding / regulation of DNA-templated transcription / identical protein binding / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Phippen, C.W. / Tews, I. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Formation and dimerization of the phosphodiesterase active site of the Pseudomonas aeruginosa MorA, a bi-functional c-di-GMP regulator. 著者: Phippen, C.W. / Mikolajek, H. / Schlaefli, H.G. / Keevil, C.W. / Webb, J.S. / Tews, I. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 113.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 86.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 431.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 434.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 20 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 28.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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3 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | Active diguanylate cyclase |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31727.320 Da / 分子数: 2 / 断片: EAL domain, UNP residues 1145-1409 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: PA01 / 遺伝子: morA, PA4601 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q9HVI8, cyclic-guanylate-specific phosphodiesterase #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.82 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1M Imidazole; MES, 0.09M NaN03; Na2HPO4; (NH4)2SO4, 30% Ethylene glycol; PEG 8000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2012年9月14日 |
放射 | モノクロメーター: Diamond (001) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.934 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.32→100 Å / Num. all: 25794 / Num. obs: 25720 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.28 % / Biso Wilson estimate: 42.67 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 13.87 |
反射 シェル | 解像度: 2.32→2.4 Å / 冗長度: 3.69 % / Rmerge(I) obs: 0.678 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 98.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 3N3T 解像度: 2.32→48.741 Å / FOM work R set: 0.8062 / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.77 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 119.79 Å2 / Biso mean: 47.68 Å2 / Biso min: 25.23 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.32→48.741 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9
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