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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5aiq | ||||||
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Title | Crystal structure of ligand-free NadR | ||||||
![]() | TRANSCRIPTIONAL REGULATOR, MARR FAMILY | ||||||
![]() | TRANSCRIPTION / CELL ADHESION / VACCINE / MENINGITIS | ||||||
Function / homology | ![]() DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Liguori, A. / Malito, E. / Bottomley, M.J. | ||||||
![]() | ![]() Title: Molecular Basis of Ligand-Dependent Regulation of Nadr, the Transcriptional Repressor of Meningococcal Virulence Factor Nada. Authors: Liguori, A. / Malito, E. / Lo Surdo, P. / Fagnocchi, L. / Cantini, F. / Haag, A.F. / Brier, S. / Pizza, M. / Delany, I. / Bottomley, M.J. | ||||||
History |
| ||||||
Remark 650 | HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED. |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
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PDB format | ![]() | 177.8 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 451.2 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 453.5 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 18.7 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 25 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 5aipSC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS oper:
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Components
#1: Protein | Mass: 16603.125 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: MC58 / Plasmid: PET15B / Production host: ![]() ![]() #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.25 Å3/Da / Density % sol: 45 % / Description: NONE |
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Crystal grow | Details: 50 % PEG 3350, 0.13 M DI-AMMONIUM HYDROGEN CITRATE |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M-F / Detector: PIXEL / Date: Aug 13, 2012 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.7→48.2 Å / Num. obs: 17700 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 12.7 % / Biso Wilson estimate: 49.15 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 22.6 |
Reflection shell | Resolution: 2.72→2.88 Å / Redundancy: 12.8 % / Rmerge(I) obs: 0.74 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / % possible all: 99.7 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 5AIP Resolution: 2.716→48.228 Å / SU ML: 0.37 / σ(F): 2.37 / Phase error: 25.38 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 53.3 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.716→48.228 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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