PDB-6lbk: Structure of rat GLD-2 (Terminal nucleotidyltransferase 2, TENT2)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6lbk

タイトル

Structure of rat GLD-2 (Terminal nucleotidyltransferase 2, TENT2)

要素

Poly(A) RNA polymerase GLD2

キーワード

TRANSFERASE / mRNA processing / 5'-3' RNA polymerase activity / DNA polymerase type-B-like family / Terminal nucleotidyltransferase 2

機能・相同性

機能・相同性情報

RNA polyadenylation at postsynapse / negative regulation of miRNA catabolic process / perforant pathway to dendrate granule cell synapse / regulation of translation at postsynapse / dark adaptation / histone mRNA catabolic process / polynucleotide adenylyltransferase / poly(A) RNA polymerase activity / mRNA 3'-end processing / positive regulation of protein targeting to membrane ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4956881144 Å

データ登録者

Ma, X.Y. / Gao, S.

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2020
タイトル: Structures of mammalian GLD-2 proteins reveal molecular basis of their functional diversity in mRNA and microRNA processing.
著者: Ma, X.Y. / Zhang, H. / Feng, J.X. / Hu, J.L. / Yu, B. / Luo, L. / Cao, Y.L. / Liao, S. / Wang, J. / Gao, S.

履歴

登録	2019年11月14日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年7月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年9月16日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6lbk.cif.gz	315.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6lbk.ent.gz	230.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6lbk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lb/6lbk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lb/6lbk	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6lbjC 5jnbS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6ds2-2 6mjw-d 2pwv-d 1cdk-1 2o9o-d 7apl-d 4v0z-d 1ydt-d 1xk4-2 4lkv-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#106 - 2008年10月ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Poly(A) RNA polymerase GLD2

B: Poly(A) RNA polymerase GLD2

87.6 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Poly(A) RNA polymerase GLD2

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
43.8 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Poly(A) RNA polymerase GLD2

登録者が定義した集合体
43.8 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	79.960, 40.720, 105.000
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 100.204, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	THR	THR	LYS	LYS	(chain 'A' and (resid 148 through 221 or resid 234 through 477))	A	A	148 - 221	44 - 117
1	2	GLU	GLU	LEU	LEU	(chain 'A' and (resid 148 through 221 or resid 234 through 477))	A	A	234 - 477	130 - 373
2	3	THR	THR	LYS	LYS	(chain 'B' and resid 148 through 477)	B	B	148 - 221	44 - 117
2	4	GLU	GLU	LEU	LEU	(chain 'B' and resid 148 through 477)	B	B	234 - 477	130 - 373

#1: タンパク質	Poly(A) RNA polymerase GLD2 / Terminal nucleotidyltransferase 2 / PAP-associated domain-containing protein 4 分子量: 43820.637 Da / 分子数: 2 / 変異: D279A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Tent2, Gld2, Palp4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5U315, polynucleotide adenylyltransferase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Poly(A) RNA polymerase GLD2 / Terminal nucleotidyltransferase 2 / PAP-associated domain-containing protein 4

分子量: 43820.637 Da / 分子数: 2 / 変異: D279A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Tent2, Gld2, Palp4 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5U315, polynucleotide adenylyltransferase

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 22.4% PEG 3350, 100 mM Tris-HCl pH 8.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97776 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97776 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.49→47.2 Å / Num. obs: 44966 / % possible obs: 99.11 % / 冗長度: 6.5 % / B_iso Wilson estimate: 60.3345537444 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 21.5
反射シェル	解像度: 2.4956881144→2.58 Å / R_merge(I) obs: 0.524 / Num. unique obs: 23510 / CC_1/2: 0.914

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.12_2829	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
MrBUMP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5JNB

5jnb

解像度: 2.4956881144→47.1978941949 Å / SU ML: 0.338747606488 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37375040396 / 位相誤差: 28.4211434675
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.242530638455	2320	5.15945380954 %
R_work	0.204826722881	42646	-
obs	0.206856945188	44966	99.1598121155 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 82.5432496443 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4956881144→47.1978941949 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5235	0	0	39	5274

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0102089982048	5347
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.21293040556	7232
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0706822640005	819
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.00808731702822	918
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	20.2492974018	2034

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4957-2.5466	0.377094314522	137	0.296578560966	2523	X-RAY DIFFRACTION	97.328942554
2.5466-2.602	0.320754254014	119	0.279327841242	2475	X-RAY DIFFRACTION	99.8076183147
2.602-2.6625	0.333118011591	141	0.293561485976	2483	X-RAY DIFFRACTION	98.5725018783
2.6625-2.7291	0.324022578697	131	0.28385288042	2548	X-RAY DIFFRACTION	98.6013986014
2.7291-2.8029	0.359960544922	131	0.277233638417	2492	X-RAY DIFFRACTION	99.3937097385
2.8029-2.8853	0.365437614018	121	0.267790502197	2575	X-RAY DIFFRACTION	99.8888477214
2.8853-2.9785	0.348867837686	116	0.260844062916	2492	X-RAY DIFFRACTION	99.5040061045
2.9785-3.0849	0.28637687	137	0.246878455093	2561	X-RAY DIFFRACTION	99.4471065241
3.0849-3.2084	0.286639405734	140	0.234143859324	2470	X-RAY DIFFRACTION	99.5423340961
3.2084-3.3544	0.315325941406	146	0.242755780574	2521	X-RAY DIFFRACTION	99.6264475159
3.3544-3.5312	0.291722200933	134	0.223777791631	2506	X-RAY DIFFRACTION	99.0990990991
3.5312-3.7523	0.288120123382	153	0.206633630667	2537	X-RAY DIFFRACTION	99.6296296296
3.7523-4.0419	0.203120066602	136	0.176234792148	2506	X-RAY DIFFRACTION	99.8111069135
4.0419-4.4484	0.144545860502	139	0.162289916087	2503	X-RAY DIFFRACTION	99.6981132075
4.4484-5.0914	0.18273572728	151	0.149019418688	2511	X-RAY DIFFRACTION	99.3654348638
5.0914-6.4121	0.272244053986	137	0.188560039171	2483	X-RAY DIFFRACTION	98.830629951
6.4121-47.19	0.197112257175	151	0.195272383231	2460	X-RAY DIFFRACTION	97.6439790576

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.75785568122	-0.143844883596	-4.77271129638	1.79155624912	-0.274881610353	4.04732026646	-0.547023289798	0.734216394732	-0.339888084348	0.285652737826	0.132446216556	-0.49989571982	0.258491098783	-0.234034612728	0.266983811349	0.533128420435	0.0233077715266	-0.068309840412	0.706434244399	0.0406187787978	0.472274271588	51.7826747434	22.1675251688	86.9378135823
2	6.68244807024	-3.44421560864	-0.593894624394	4.73625270128	4.03420675838	8.13774193654	-0.119647751334	0.284594328876	-0.196882389913	0.505544786988	-0.312397531516	0.139602539115	0.203195851605	-0.299317360002	0.251343721346	0.543875944881	-0.00723258126952	0.0824111192295	0.673699499079	0.164492296065	0.408272323264	37.4333493738	20.489320998	89.8966729267
3	9.37832344143	0.0272361031475	-2.11789295285	6.86483094804	1.92486443715	7.68082684763	-0.228113417991	0.654628357574	0.715136739117	-0.0670400835727	0.0119929967339	0.823443532938	-1.76009467141	-0.328220557911	0.370295787953	0.91159293006	0.258797073496	-0.0416942864982	0.703133599054	0.0800678757944	0.455390379587	31.8901539938	31.1310306697	91.173442451
4	8.21533256119	1.13513818454	-2.29428409615	5.03617442859	-0.553845607035	6.54102492942	-0.497332831712	-0.220431776628	-0.616951900594	0.192159445121	0.115595659261	-0.109031618229	0.588913114014	0.35091737355	0.387528945185	0.365104959297	-0.0436063515543	0.128397082835	0.515738272727	-0.0198616649654	0.453990529422	46.1812675881	17.0706169898	73.7551115113
5	7.79479075511	-0.806974160517	-5.31340249572	6.88263732858	-0.307456989613	7.43016993908	-1.16126100412	-0.70636143831	-2.44530687846	0.871672718897	-0.21745662351	0.583790387205	2.18165266712	0.769218284847	1.36249090718	1.41659021323	0.192220919007	0.36922910911	0.895481113164	0.150692163181	0.977866328193	44.3517583515	3.70426007228	81.2814709257
6	4.54305474538	0.619782825402	2.35984146468	5.34241964218	-2.60840563131	3.41813281716	-0.365778526044	1.44144439953	-0.628424053942	-0.824447704968	-0.326911029332	0.537569690066	1.05554102916	-1.18297144216	0.358007594758	0.64212069732	-0.238472232645	0.0700426579021	1.40392296798	-0.471569047779	0.656165538906	39.5373167196	14.5932331239	62.3310877698
7	7.18161649711	0.915666983154	-1.33358958139	5.94045438876	1.7285429311	3.94572794886	0.407905863247	2.06233098597	-0.185687931349	-0.348086282289	-0.748758597142	1.84900825889	0.319413055183	-2.02428333704	-0.0804390742242	0.407274331481	-0.226664673299	0.110080630953	1.52228520482	-0.384374700782	0.981921434846	32.6018535856	19.3497008446	68.7689356278
8	4.71099252443	-1.80262342724	2.95018187964	7.13696851322	1.23401548859	5.65361469547	0.133068051519	1.11587438593	1.91227483078	-1.48927956822	0.0243812707624	-0.791948403609	-2.16010088842	0.456077676866	-0.116545080264	0.775514307195	-0.174424785778	0.0761381400649	1.14785104915	0.304070617705	0.687000002508	52.3637529264	28.6983669659	62.5829941505
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12	8.84817659127	-2.61585565955	-0.941476284898	6.63561584988	1.18114620069	8.80106213953	-0.169956866519	-1.4157410255	0.0856831005517	0.690001465885	-0.0567809477536	-0.0340819613031	-0.32708380673	0.314024703775	0.178562302346	0.519021041642	-0.0450094611648	0.0159763532758	0.543086227038	0.0554391730452	0.359638818254	40.6350529906	20.0749809544	145.193011237

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 148 through 191 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 192 through 231 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 232 through 284 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 285 through 351 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 352 through 386 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 387 through 427 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 428 through 447 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 448 through 481 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 147 through 234 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 235 through 284 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 285 through 386 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 387 through 477 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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