PDB-6lbj: Structure of mouse GLD-2 (Terminal nucleotidyltransferase 2, TENT2)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6lbj

タイトル

Structure of mouse GLD-2 (Terminal nucleotidyltransferase 2, TENT2)

要素

Poly(A) RNA polymerase GLD2

キーワード

TRANSFERASE / mRNA processing / 5'-3' RNA polymerase activity / DNA polymerase type-B-like family / Terminal nucleotidyltransferase 2

機能・相同性

機能・相同性情報

RNA polyadenylation at postsynapse / negative regulation of miRNA catabolic process / perforant pathway to dendrate granule cell synapse / regulation of translation at postsynapse / histone mRNA catabolic process / target-directed miRNA degradation / polynucleotide adenylyltransferase / poly(A) RNA polymerase activity / mRNA 3'-end processing / positive regulation of protein targeting to membrane ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.70444053571 Å

データ登録者

Ma, X.Y. / Gao, S.

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2020
タイトル: Structures of mammalian GLD-2 proteins reveal molecular basis of their functional diversity in mRNA and microRNA processing.
著者: Ma, X.Y. / Zhang, H. / Feng, J.X. / Hu, J.L. / Yu, B. / Luo, L. / Cao, Y.L. / Liao, S. / Wang, J. / Gao, S.

履歴

登録	2019年11月14日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年7月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年9月16日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6lbj.cif.gz	319.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6lbj.ent.gz	233.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6lbj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lb/6lbj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lb/6lbj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6lbkC 5jnbS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3x2u-d 1cec-d 4dh7-d 1a5v-1 3hpa-1 4xae-2 1mos-d 1sr0-d 4koa-d 5e8t-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#106 - 2008年10月ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Poly(A) RNA polymerase GLD2

B: Poly(A) RNA polymerase GLD2

84.7 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Poly(A) RNA polymerase GLD2

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
42.4 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Poly(A) RNA polymerase GLD2

登録者が定義した集合体
42.4 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	42.277, 47.144, 105.446
Angle α, β, γ (deg.)	87.381, 88.056, 63.806
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1
Space group name Hall	P1
Symmetry operation	#1: x,y,z

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	GLU	GLU	LYS	LYS	chain 'A'	A	A	146 - 221	30 - 105
1	2	THR	THR	ALA	ALA	chain 'A'	A	A	233 - 479	117 - 363
2	3	GLU	GLU	LYS	LYS	(chain 'B' and (resid 146 through 221 or resid 233 through 480))	B	B	146 - 221	30 - 105
2	4	THR	THR	ALA	ALA	(chain 'B' and (resid 146 through 221 or resid 233 through 480))	B	B	233 - 479	117 - 363

#1: タンパク質	Poly(A) RNA polymerase GLD2 / Terminal nucleotidyltransferase 2 / mGLD-2 / PAP-associated domain-containing protein 4 分子量: 42372.859 Da / 分子数: 2 / 変異: D213A, D279A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Tent2, Gld2, Papd4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q91YI6, polynucleotide adenylyltransferase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Poly(A) RNA polymerase GLD2 / Terminal nucleotidyltransferase 2 / mGLD-2 / PAP-associated domain-containing protein 4

分子量: 42372.859 Da / 分子数: 2 / 変異: D213A, D279A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Tent2, Gld2, Papd4 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q91YI6, polynucleotide adenylyltransferase

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.66 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 / 詳細: 23.6% PEG 3350, 80mM HEPEs pH 7.4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.918003 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.918003 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→42.28 Å / Num. obs: 17614 / % possible obs: 88.3 % / 冗長度: 2.6 % / B_iso Wilson estimate: 67.3048882299 Å² / CC_1/2: 0.977 / R_merge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 11.2
反射シェル	解像度: 2.7→2.8 Å / Num. unique obs: 1695 / CC_1/2: 0.835 / % possible all: 83.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.12_2829	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
MrBUMP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5JNB

5jnb

解像度: 2.70444053571→35.5139056296 Å / SU ML: 0.504284643462 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.95855275381 / 位相誤差: 37.2259755908

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.270837041836	925	5.77223088924 %
R_work	0.252858949368	-	-
obs	0.253956762327	16025	80.3378954229 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 91.2178284413 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.70444053571→35.5139056296 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5292	0	0	30	5322

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.00827865376677	5404
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.16217278923	7309
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0816148036006	829
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.00613584896334	928
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.8660414836	2055

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.70444053571-2.847	0.413019090092	144	0.388874702096	2239	X-RAY DIFFRACTION	83.2634521314
2.847-3.0252	0.427242756242	132	0.363057303591	2548	X-RAY DIFFRACTION	93.7718684395
3.0252-3.2587	0.368179907161	150	0.348569686724	2443	X-RAY DIFFRACTION	91.399365527
3.2587-3.5863	0.38812500933	101	0.348906454837	1840	X-RAY DIFFRACTION	68.3691440648
3.5863-4.1046	0.283231545513	79	0.277299163163	1341	X-RAY DIFFRACTION	50.1235439463
4.1046-5.1688	0.224335186456	127	0.193816183994	2321	X-RAY DIFFRACTION	85.1182197497
5.1688-35.513	0.213308397444	192	0.192210043066	2368	X-RAY DIFFRACTION	90.1408450704

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.31068725952	-2.20183880155	-0.177501573087	5.34457332213	3.03219550615	9.82669426782	-0.200321698845	0.153513875763	0.356382510102	0.858547191077	0.149968021702	0.171493665601	-1.55110920833	0.279957436652	0.0976674322724	1.08209664116	-0.0623715230225	0.175656065667	0.492854939016	0.0724461486563	0.589943798616	9.33365568945	68.5637024987	-78.0998793455
2	5.68620355304	-2.11019895363	-1.59713079759	6.27510293263	-0.432954838008	8.8607956383	0.0802392197474	-0.00721336640861	-0.342376588241	-0.497151959644	-0.144824745667	-0.591505440252	1.24229757406	1.06757259527	-0.000800201862177	0.590576171421	0.181883751892	0.00328347693134	0.765436175366	0.0479064257451	0.457950585434	17.3072390742	51.1974646332	-85.4309913913
3	2.22159487292	-1.44404568342	-0.929623875326	7.9584199388	-0.389495243846	6.87201253175	0.473295412688	0.13063983654	0.097647609077	0.421620527243	-0.734364120608	-0.505668257801	0.881822105538	1.63223806206	0.231241479103	0.569867776047	0.0690764468226	-0.133887057077	0.930604356331	-0.0414692343173	0.452331299193	19.5717485181	56.4944123991	-83.9497402663
4	0.843643168523	1.3686106821	0.771410365701	9.27711382496	-0.55227805348	5.95003565751	-0.153282311226	0.22624624361	-0.0651198565738	0.0584517257947	0.51093091758	0.625917417102	-1.00684808148	-0.0878330182104	-0.37739859897	0.423598764133	-0.00151243013665	0.140049049083	0.490214726606	0.019757778126	0.38433931575	8.03015271322	60.1112653909	-67.1439908106
5	5.93615579533	-1.85151190878	-5.33420810173	6.13834695275	0.779934835637	4.97444977158	-0.0422889822681	1.37156957849	-0.515251058609	-0.630553466704	-0.346755954706	2.31771952659	0.104086610312	-3.28050027579	1.73851078808	0.359823943475	0.253800719552	0.110993080217	0.945697474763	0.10591696903	1.07653628635	-5.91611979883	54.3370610369	-72.3975634079
6	7.30587847613	-1.93253723638	1.52182571179	5.64252135629	0.276076241883	5.21615068549	0.439285619488	-0.38368757432	-0.682163344725	1.17075252133	0.262402605038	1.1415210177	-0.888560594198	-1.01294839044	-0.361134737108	0.805215088463	0.33263296521	0.388664888874	0.647221759826	0.11344384932	0.554748808542	3.0671551499	54.6120025002	-58.3432781098
7	4.85084336134	-0.667889577464	0.137234255694	6.42967239424	-1.51125054459	5.93675658833	-0.341854193924	-0.28426418581	0.14443795523	1.05530233968	0.635564931523	-0.228494118178	-1.06183560369	1.90342326957	-0.226771187089	0.957138297816	-0.110349400848	0.0567975265018	0.907526589704	-0.0153324302823	0.381608411279	15.3278945328	60.2258496037	-57.5841126202
8	6.04812934015	-0.443525514212	-0.255154055049	7.70664257622	3.31352545114	8.77431179323	-0.908689723413	-0.308100195705	-1.15841582721	-1.16761464642	0.216161814442	0.802897090251	2.399636881	-0.718281438339	0.458051238878	1.6151742904	-0.361503143152	-0.193480083189	0.88190088627	0.219165353016	0.802135771144	2.14405921913	44.8283863192	-125.838418451
9	6.68444130071	0.80926192933	0.945460917583	7.35071856388	-1.4698996529	9.04983649987	0.0252991051088	-0.10735952768	0.325275458065	0.553424308505	0.208348700527	0.190820570804	-1.44845623001	0.913577334179	-0.230089241213	0.672717354271	-0.0904499427505	0.0914436940799	0.574757659604	0.0269142513712	0.354487725495	10.4139045508	67.8162141665	-106.413423646
10	7.26585054292	-5.1869697525	6.77224061535	4.77465175839	-4.45122664582	6.46146859187	0.703644979378	1.12387742682	0.608336851464	-0.115923423324	-1.70360553216	-0.824778045956	-0.826039053476	3.29940332278	1.20974109257	0.801115290257	-0.34208148504	-0.103853873938	1.64213446436	0.198663122105	0.654983938815	20.8694653189	69.4767517738	-108.316076462
11	0.140644568072	-0.0742399622245	0.615267560049	1.65089618211	-2.68698222964	9.28284144676	0.0532598674923	0.0910674055693	0.0445632763969	-0.347759947816	0.301863107148	0.370055610831	0.772041481739	0.068982760305	-0.353077752615	0.487436266972	-0.0688522586111	-0.0530065547429	0.470378768213	-0.0019496572864	0.490922287118	6.82209179953	60.8992847427	-118.696107527
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13	8.39502593274	2.62220896143	3.99329446347	3.10366148492	1.81618660205	2.11272795315	-0.385451226559	-0.929226355112	0.421943936386	0.575690802885	-0.182743731716	1.99394409615	1.01621502926	-2.60258647312	1.61286087709	0.634116980382	-0.602304330884	0.041442411395	1.11914196905	0.676125628986	1.49827119102	-10.8029743554	57.3595103873	-122.977794568
14	4.33381362081	2.2907813329	-0.516067683003	5.12515146821	-0.889694353929	0.297559160856	-0.236093864104	0.494283294134	0.430887515342	-0.89452165786	0.760084668757	0.490233295783	1.91795061328	-1.21219344953	-0.167675262596	1.44900193968	-0.333099410261	-0.304351257013	0.71369238276	0.211467272232	0.583704078511	1.6616313106	63.5097760209	-138.695766236
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16	6.51660244317	3.76807310717	-2.51871793436	7.32171986201	-2.87109441543	2.13667772085	-0.542764873565	0.847947248659	-0.502354030898	-0.693115603586	0.935524397539	0.492565299536	1.48301190259	0.906898806754	-0.325331224551	1.59236806891	0.264917821337	0.0301301014738	0.906443752874	-0.082413309565	0.577174315986	14.1949490481	54.3668694484	-139.164743765

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 146 through 191 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 192 through 265 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 266 through 284 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 285 through 342 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 343 through 371 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 372 through 431 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 432 through 480 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 145 through 170 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 171 through 248 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 249 through 265 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 266 through 317 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 318 through 368 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 369 through 386 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 387 through 414 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 415 through 447 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 448 through 481 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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