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Yorodumi- PDB-6lbj: Structure of mouse GLD-2 (Terminal nucleotidyltransferase 2, TENT2) -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6lbj | ||||||
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Title | Structure of mouse GLD-2 (Terminal nucleotidyltransferase 2, TENT2) | ||||||
Components | Poly(A) RNA polymerase GLD2 | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / mRNA processing / 5'-3' RNA polymerase activity / DNA polymerase type-B-like family / Terminal nucleotidyltransferase 2 | ||||||
Function / homology | Function and homology information negative regulation of miRNA catabolic process / 5'-3' RNA polymerase activity / : / adenylyltransferase activity / : / : / RNA stabilization / dark adaptation / histone mRNA catabolic process / polynucleotide adenylyltransferase ...negative regulation of miRNA catabolic process / 5'-3' RNA polymerase activity / : / adenylyltransferase activity / : / : / RNA stabilization / dark adaptation / histone mRNA catabolic process / polynucleotide adenylyltransferase / hematopoietic progenitor cell differentiation / nucleotidyltransferase activity / hippocampus development / neuron differentiation / mRNA processing / retina development in camera-type eye / ATP binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Mus musculus (house mouse) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.70444053571 Å | ||||||
Authors | Ma, X.Y. / Gao, S. | ||||||
Citation | Journal: Nucleic Acids Res. / Year: 2020 Title: Structures of mammalian GLD-2 proteins reveal molecular basis of their functional diversity in mRNA and microRNA processing. Authors: Ma, X.Y. / Zhang, H. / Feng, J.X. / Hu, J.L. / Yu, B. / Luo, L. / Cao, Y.L. / Liao, S. / Wang, J. / Gao, S. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6lbj.cif.gz | 319.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6lbj.ent.gz | 233.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6lbj.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6lbj_validation.pdf.gz | 444.1 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6lbj_full_validation.pdf.gz | 457.6 KB | Display | |
Data in XML | 6lbj_validation.xml.gz | 25.8 KB | Display | |
Data in CIF | 6lbj_validation.cif.gz | 34.5 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lb/6lbj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lb/6lbj | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6lbkC 5jnbS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Ens-ID: 1
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-Components
#1: Protein | Mass: 42372.859 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: D213A, D279A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mus musculus (house mouse) / Gene: Tent2, Gld2, Papd4 / Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: Q91YI6, polynucleotide adenylyltransferase #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.22 Å3/Da / Density % sol: 44.66 % |
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Crystal grow | Temperature: 291.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.4 / Details: 23.6% PEG 3350, 80mM HEPEs pH 7.4 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL17U1 / Wavelength: 0.918003 Å |
Detector | Type: RAYONIX MX-225 / Detector: CCD / Date: Jul 9, 2015 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.918003 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.7→42.28 Å / Num. obs: 17614 / % possible obs: 88.3 % / Redundancy: 2.6 % / Biso Wilson estimate: 67.3048882299 Å2 / CC1/2: 0.977 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 11.2 |
Reflection shell | Resolution: 2.7→2.8 Å / Num. unique obs: 1695 / CC1/2: 0.835 / % possible all: 83.5 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5JNB Resolution: 2.70444053571→35.5139056296 Å / SU ML: 0.504284643462 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.95855275381 / Phase error: 37.2259755908
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 91.2178284413 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.70444053571→35.5139056296 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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