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- PDB-5jnb: structure of GLD-2/RNP-8 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jnb
タイトルstructure of GLD-2/RNP-8 complex
要素
  • Poly(A) RNA polymerase gld-2
  • RNP (RRM RNA binding domain) containing
キーワードTRANSFERASE / Translational control / Nucleotidyltransferase Poly(A) / Polymerase / RNA binding / C. elegans Germline development
機能・相同性
機能・相同性情報


polynucleotide adenylyltransferase activator activity / cytosolic mRNA polyadenylation / poly(G) binding / RNA-directed RNA polymerase complex / positive regulation of meiosis I / RNA 3'-end processing / embryo development ending in birth or egg hatching / polynucleotide adenylyltransferase / poly(A) RNA polymerase activity / P granule ...polynucleotide adenylyltransferase activator activity / cytosolic mRNA polyadenylation / poly(G) binding / RNA-directed RNA polymerase complex / positive regulation of meiosis I / RNA 3'-end processing / embryo development ending in birth or egg hatching / polynucleotide adenylyltransferase / poly(A) RNA polymerase activity / P granule / RNA polymerase complex / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / nucleus organization / regulation of cell division / positive regulation of mitotic nuclear division / meiotic cell cycle / mRNA processing / single-stranded RNA binding / enzyme binding / protein-containing complex / nucleoplasm / ATP binding / metal ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Poly(a)-polymerase, middle domain - #10 / PAP/25A-associated / Cid1 family poly A polymerase / : / Poly(A) RNA polymerase, mitochondrial-like, central palm domain / Poly(a)-polymerase, middle domain / Beta Polymerase, domain 2 / Beta Polymerase; domain 2 / Nucleotidyltransferase superfamily ...: / Poly(a)-polymerase, middle domain - #10 / PAP/25A-associated / Cid1 family poly A polymerase / : / Poly(A) RNA polymerase, mitochondrial-like, central palm domain / Poly(a)-polymerase, middle domain / Beta Polymerase, domain 2 / Beta Polymerase; domain 2 / Nucleotidyltransferase superfamily / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Poly(A) RNA polymerase gld-2 / RRM domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.486 Å
データ登録者Nakel, K. / Bonneau, F. / Basquin, C. / Eckmann, C.R. / Conti, E.
資金援助 ドイツ, 9件
組織認可番号国
German Research FoundationSFB646 ドイツ
German Research FoundationSFB1035 ドイツ
German Research FoundationGRK1721 ドイツ
German Research FoundationFOR1680 ドイツ
European CommissionERC Advanced Investigator Grant 294371 ドイツ
European CommissionMarie Curie ITN RNPnet ドイツ
German Research FoundationEC369/3-1 ドイツ
German Research FoundationGRK1591 ドイツ
German Research FoundationBU2451/1-2 ドイツ
引用ジャーナル: Rna / 年: 2016
タイトル: Structural basis for the antagonistic roles of RNP-8 and GLD-3 in GLD-2 poly(A)-polymerase activity.
著者: Nakel, K. / Bonneau, F. / Basquin, C. / Habermann, B. / Eckmann, C.R. / Conti, E.
履歴
登録2016年4月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年6月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年7月6日Group: Data collection
改定 1.22016年7月27日Group: Database references
改定 1.32017年9月6日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Poly(A) RNA polymerase gld-2
B: Poly(A) RNA polymerase gld-2
C: Poly(A) RNA polymerase gld-2
D: Poly(A) RNA polymerase gld-2
E: RNP (RRM RNA binding domain) containing
F: RNP (RRM RNA binding domain) containing
G: RNP (RRM RNA binding domain) containing
H: RNP (RRM RNA binding domain) containing
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)189,73223
ポリマ－188,7418
非ポリマー99115
水2,342130
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area24400 Å2
ΔGint-191 kcal/mol
Surface area54810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.347, 86.435, 91.907
Angle α, β, γ (deg.)89.88, 93.13, 90.22
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

-
タンパク質 , 2種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質
Poly(A) RNA polymerase gld-2 / Defective in germ line development protein 2


分子量: 38746.105 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 546-923 / 変異: D668A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
遺伝子: gld-2, ZC308.1
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: O17087, polynucleotide adenylyltransferase
#2: タンパク質
RNP (RRM RNA binding domain) containing


分子量: 8439.128 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 177-250 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
遺伝子: rnp-8, CELE_R119.7, R119.7
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: O61711

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非ポリマー , 4種, 145分子

#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 130 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.17 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 18 % (v/v) PEG MME 550, 50 mM Potassium Nitrate, 60 mM Magnesium Nitrate, 30 mM Hepes pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.999 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.486→46.26 Å / Num. obs: 135156 / % possible obs: 95.6 % / 冗長度: 2.48 % / CC1/2: 0.993 / Rsym value: 0.088 / Net I/σ(I): 8.8
反射 シェルRsym value: 0.573

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4ZRL

4zrl


解像度: 2.486→46.254 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.16 / 位相誤差: 24.87 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2422 6764 5.01 %
Rwork0.1919 --
obs0.1944 135097 95.58 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.486→46.254 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10588 0 58 130 10776
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00910846
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.19414721
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.8473853
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0441686
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061888
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4856-2.51380.36822140.30674068X-RAY DIFFRACTION90
2.5138-2.54340.33182210.27374226X-RAY DIFFRACTION95
2.5434-2.57440.28052270.24474283X-RAY DIFFRACTION96
2.5744-2.6070.28052260.23414251X-RAY DIFFRACTION96
2.607-2.64130.30742280.24184296X-RAY DIFFRACTION95
2.6413-2.67750.32222200.24314214X-RAY DIFFRACTION95
2.6775-2.71570.27582260.2364301X-RAY DIFFRACTION95
2.7157-2.75620.32442260.23944225X-RAY DIFFRACTION96
2.7562-2.79930.30312300.23544294X-RAY DIFFRACTION95
2.7993-2.84520.30052280.22734332X-RAY DIFFRACTION96
2.8452-2.89420.24872250.22514218X-RAY DIFFRACTION96
2.8942-2.94690.29752250.22254252X-RAY DIFFRACTION96
2.9469-3.00350.27652230.22384335X-RAY DIFFRACTION96
3.0035-3.06480.26412280.22424311X-RAY DIFFRACTION96
3.0648-3.13150.26952290.24298X-RAY DIFFRACTION96
3.1315-3.20430.24762290.20144332X-RAY DIFFRACTION97
3.2043-3.28440.24872290.19974348X-RAY DIFFRACTION97
3.2844-3.37320.24692250.20244292X-RAY DIFFRACTION97
3.3732-3.47240.23062300.20354381X-RAY DIFFRACTION97
3.4724-3.58440.27972300.20244334X-RAY DIFFRACTION97
3.5844-3.71250.22982250.18934320X-RAY DIFFRACTION97
3.7125-3.86110.21082280.18074353X-RAY DIFFRACTION97
3.8611-4.03670.22862230.16984284X-RAY DIFFRACTION96
4.0367-4.24940.19722250.16034290X-RAY DIFFRACTION96
4.2494-4.51540.20232250.15164323X-RAY DIFFRACTION96
4.5154-4.86370.20792210.15844235X-RAY DIFFRACTION95
4.8637-5.35250.25472200.17364200X-RAY DIFFRACTION94
5.3525-6.12550.24832290.19814261X-RAY DIFFRACTION95
6.1255-7.71170.25382250.19564253X-RAY DIFFRACTION95
7.7117-46.26160.19432240.1684223X-RAY DIFFRACTION95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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