PDB-5v8d: Structure of Bacillus cereus PatB1 with sulfonyl adduct

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5v8d

タイトル

Structure of Bacillus cereus PatB1 with sulfonyl adduct

要素

(Bacillus cereus PatB1) x 2

キーワード

TRANSFERASE / acetyltransferase / cell wall / SGNH hydrolase-like

機能・相同性

DHHW protein / DHHW protein / membrane / AlgX/AlgJ SGNH hydrolase-like domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Bacillus cereus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.001 Å

データ登録者

Sychantha, D. / Little, D.J. / Chapman, R.N. / Boons, G.J. / Robinson, H. / Howell, P.L. / Clarke, A.J.

資金援助

カナダ, 2件

引用

ジャーナル: Nat. Chem. Biol. / 年: 2018
タイトル: PatB1 is an O-acetyltransferase that decorates secondary cell wall polysaccharides.
著者: Sychantha, D. / Little, D.J. / Chapman, R.N. / Boons, G.J. / Robinson, H. / Howell, P.L. / Clarke, A.J.

履歴

登録	2017年3月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年10月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年12月6日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2017年12月20日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.3	2020年1月8日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5v8d.cif.gz	498.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5v8d.ent.gz	407.9 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v8/5v8d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v8/5v8d	HTTPS FTP

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関連構造データ

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類似構造データ	1h51-d 1gvo-d 1snz-2 1qns-d 2p9w-d 2ciw-d 1gvq-d 4uzl-1 5v8e-2 3wh9-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Bacillus cereus PatB1

B: Bacillus cereus PatB1

C: Bacillus cereus PatB1

D: Bacillus cereus PatB1

ヘテロ分子

169 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Bacillus cereus PatB1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
42.3 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Bacillus cereus PatB1

ヘテロ分子

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42.3 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Bacillus cereus PatB1

ヘテロ分子

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42.3 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Bacillus cereus PatB1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
42.2 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	125.467, 110.475, 99.156
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 108.15, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-597- HOH
2	1	C-582- HOH
3	1	D-603- HOH

#1: タンパク質	Bacillus cereus PatB1 / Uncharacterized protein 分子量: 42057.078 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 33-396 / 変異: K232A, K233A, E234A, K300A, Q301A, K302A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacillus cereus (strain ATCC 10987 / NRS 248) (バクテリア) 株: ATCC 10987 / NRS 248 / 遺伝子: BCE_0974 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): T7 Shuffle / 参照: UniProt: Q73CU0
#2: タンパク質	Bacillus cereus PatB1 分子量: 41977.016 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 33-396 / 変異: K232A, K233A, E234A, K300A, Q301A, K302A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacillus cereus (strain ATCC 10987 / NRS 248) (バクテリア) 株: ATCC 10987 / NRS 248 / 遺伝子: BCE_0974 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): T7 Shuffle / 参照: UniProt: Q73CU0
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 694 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.94 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.69 % / 解説: Cubes
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 1.8-1.9 M ammonium sulfate and 0.1 M BIS-TRIS pH 5.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.08 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年8月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.08 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→50 Å / Num. obs: 86279 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.8 % / R_merge(I) obs: 0.137 / Net I/σ(I): 15.7
反射シェル	解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 7.1 % / R_merge(I) obs: 0.78 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 8342 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-2000		データスケーリング
HKL-2000		データ削減
PHASER		モデル構築
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.001→47.653 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2718	3946	2.32 %
R_work	0.2211	-	-
obs	0.2223	86245	99.57 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.001→47.653 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9488	0	55	694	10237

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	9776
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.117	13296
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.714	3430
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.042	1436
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1712

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.0007-2.0251	0.3192	127	0.2854	5389	X-RAY DIFFRACTION	90
2.0251-2.0507	0.3126	142	0.2689	5974	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0507-2.0777	0.2823	140	0.2685	5932	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0777-2.1061	0.2924	142	0.2584	5989	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1061-2.1362	0.295	142	0.2518	5915	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1362-2.1681	0.2931	142	0.2489	5921	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1681-2.202	0.2845	144	0.2447	6055	X-RAY DIFFRACTION	100
2.202-2.2381	0.2722	139	0.2406	5848	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2381-2.2767	0.3227	142	0.2418	6015	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2767-2.3181	0.2543	142	0.2398	5985	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3181-2.3627	0.3208	144	0.2292	5940	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3627-2.4109	0.2818	141	0.223	5914	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4109-2.4633	0.2267	144	0.2278	6039	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4633-2.5206	0.2442	141	0.2289	5947	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5206-2.5836	0.2718	141	0.2151	5911	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5836-2.6535	0.2712	144	0.226	5976	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6535-2.7316	0.2412	137	0.2205	5930	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7316-2.8197	0.2621	139	0.2297	5941	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8197-2.9205	0.3057	144	0.2296	6009	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9205-3.0374	0.2989	138	0.214	5923	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0374-3.1756	0.2558	140	0.2288	5956	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1756-3.343	0.2823	144	0.2156	6033	X-RAY DIFFRACTION	100
3.343-3.5524	0.3047	143	0.2087	5860	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5524-3.8265	0.2621	143	0.1978	5958	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8265-4.2114	0.2238	140	0.1909	5960	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2114-4.8203	0.233	142	0.1783	5947	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8203-6.0711	0.2679	141	0.2212	5942	X-RAY DIFFRACTION	100
6.0711-47.6661	0.3194	144	0.2576	5940	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.5478	-0.6903	0.1576	1.6513	-0.4523	2.1883	0.0352	-0.2561	-0.1891	0.143	-0.0083	0.1604	0.1136	-0.0741	-0.0467	0.183	-0.0578	-0.0007	0.1756	0.0221	0.2452	231.5373	-11.2198	120.7088
2	4.1206	-1.9728	-1.3753	4.6359	0.3794	0.6903	0.0301	0.1244	-0.4707	0.1433	0.0789	-0.364	0.2019	0.3669	-0.0713	0.2239	0.0121	0.0023	0.1782	0.0799	0.2726	246.7232	-17.0605	109.8519
3	1.9766	-0.4087	0.3782	3.2579	-0.3701	3.2174	-0.0431	0.0534	0.0275	-0.0088	-0.0345	-0.1341	-0.037	0.2084	0.0517	0.1033	-0.0026	0.0081	0.2071	0.0011	0.2392	245.8921	-3.6993	106.5625
4	1.9114	-0.0281	0.3779	1.4545	0.2238	5.355	0.0744	0.1411	0.4277	-0.0263	0.0337	0.0692	-0.4399	-0.1462	-0.0764	0.1357	-0.0006	0.0308	0.142	0.02	0.289	232.648	2.5344	109.2901
5	4.0902	-5.0219	2.7742	6.236	-3.3363	3.3969	-0.4463	-0.4903	-0.2286	0.6173	0.6505	0.3165	-0.115	-0.3501	-0.1988	0.4173	-0.0686	-0.0221	0.5694	0.036	0.3028	232.5366	46.221	135.3064
6	2.5698	-0.72	-0.3243	2.0935	0.4469	1.7926	0.0176	-0.1629	0.0577	0.1855	-0.0388	-0.0947	-0.0274	0.1144	-0.003	0.1805	-0.052	-0.0198	0.1933	-0.0088	0.2789	242.4378	47.4616	120.664
7	9.5767	-4.0052	-0.5009	3.1788	0.7222	0.4801	0.2361	0.3838	0.6229	-0.3145	-0.0513	-0.2346	-0.0588	0.1201	-0.1696	0.2834	-0.0246	0.0187	0.2053	0.0114	0.3128	233.9125	54.7339	105.8874
8	7.2035	-0.6368	-2.2616	5.9153	-2.9311	2.704	0.0495	-0.75	0.0929	0.7173	0.4668	0.4539	-0.1898	-0.8407	-0.4068	0.2682	0.0011	0.0254	0.4444	0.0127	0.4475	218.2175	52.1174	117.6975
9	4.8561	2.8579	-2.2179	6.5587	0.7682	3.0706	-0.1847	0.2218	-0.3872	-0.7767	0.1045	0.5241	0.0015	-0.4961	0.0802	0.1939	0.0015	-0.0381	0.3356	0.0274	0.2801	222.4559	37.4208	102.4778
10	4.9536	-1.9365	-1.9389	2.7786	1.7252	3.7938	-0.0728	0.1669	-0.0574	0.0326	0.0125	0.0524	0.1142	-0.1498	0.0394	0.1711	-0.0554	-0.0314	0.1782	0.0136	0.2699	227.742	42.0209	108.0252
11	2.2446	0.5637	-0.0224	1.8757	0.1185	5.9926	0.0474	0.1391	-0.3887	-0.0607	-0.0339	-0.3176	0.4146	0.1508	-0.0048	0.1589	0.0144	0.001	0.1483	0.007	0.3105	239.619	34.4225	109.3038
12	6.1785	4.662	0.9403	6.6539	0.5202	3.473	0.0116	-0.5904	0.0064	0.2511	-0.0747	0.5025	0.5549	0.2695	0.0958	0.4345	-0.0369	0.0061	0.4686	-0.0468	0.3063	267.3367	17.6264	134.6752
13	4.5168	2.3605	-3.4629	4.0837	-3.3634	5.9833	0.0752	-0.4158	0.4182	0.2273	-0.2304	-0.2408	-0.7749	0.6931	0.1466	0.2698	-0.0741	-0.0046	0.2478	-0.052	0.4975	277.7885	37.3714	117.3011
14	2.1106	0.669	0.169	2.1351	-0.0467	2.9637	0.0476	-0.2007	0.3101	0.205	0.02	0.1943	-0.1611	-0.2671	-0.0705	0.1649	0.0219	0.0298	0.2161	-0.0264	0.2974	261.9992	25.1204	119.8156
15	4.4328	2.1441	-0.5181	2.5512	0.8074	1.445	-0.0127	-0.0781	-0.0768	0.2653	0.2855	0.6884	0.2422	-0.5063	-0.2271	0.2418	-0.0244	0.1002	0.1771	-0.0574	0.276	260.0329	10.9346	112.9994
16	7.9255	0.8524	-1.238	0.6137	-0.6706	0.6102	-0.1651	0.6465	-0.556	-0.1011	0.049	-0.0753	0.2035	-0.0989	0.0825	0.2804	-0.0718	-0.0242	0.2541	-0.0797	0.3733	272.267	8.5753	104.1571
17	2.1215	0.4131	-0.6129	2.9897	-0.2545	2.7532	0.0049	0.0921	-0.142	-0.1228	0.0528	-0.1665	0.0332	0.2127	-0.0585	0.1345	-0.0124	-0.0212	0.1829	-0.01	0.2558	275.0924	19.5289	108.937
18	1.918	-2.0856	-0.054	9.852	0.4814	0.5466	-0.1178	0.3287	-0.0804	-0.1859	0.2265	0.3183	-0.2743	0.4339	0.0095	0.4266	0.0741	0.0494	0.5478	-0.0299	0.2089	235.8828	19.0434	53.6581
19	2.2242	-1.2487	-0.3414	2.3468	0.3583	2.6624	0.0328	0.1692	-0.307	-0.1443	-0.0262	0.1226	0.1508	-0.1477	-0.0479	0.1549	-0.0371	-0.02	0.1693	-0.0104	0.2483	232.7952	9.5425	69.2323
20	3.0649	-3.4118	1.1799	6.4064	-1.8784	3.1475	-0.4239	-0.4446	-0.367	0.5118	0.5488	0.5599	0.0371	-0.5363	-0.1595	0.2504	0.0779	0.0339	0.2477	0.0527	0.3019	225.9127	18.822	84.8314
21	5.2156	-1.4881	0.8029	3.0218	-0.5842	1.5089	-0.1521	0.0467	0.5485	-0.0467	-0.0615	-0.1211	-0.2294	-0.0047	0.2059	0.2932	-0.002	0.0119	0.1667	-0.0259	0.2695	238.7155	29.6585	77.3436
22	2.2275	-0.3023	0.6381	2.7697	-0.0324	3.7995	-0.0739	-0.1912	0.0567	0.2225	0.0722	-0.1675	0.1397	0.2241	-0.0236	0.1319	0.0222	-0.0007	0.1476	-0.0123	0.237	243.8852	13.2444	80.6145

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 93 through 222 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 223 through 270 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 271 through 349 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 350 through 396 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 80 through 110 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 111 through 204 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 205 through 241 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 242 through 270 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 271 through 294 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 295 through 349 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 350 through 396 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 83 through 110 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 111 through 130 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 131 through 222 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 223 through 264 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 265 through 294 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 295 through 396 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 84 through 110 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 111 through 222 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 223 through 241 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 242 through 321 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 322 through 396 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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