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万見
- PDB-4rk9: CRYSTAL STRUCTURE OF SUGAR TRANSPORTER BL01359 FROM Bacillus lich... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rk9
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF SUGAR TRANSPORTER BL01359 FROM Bacillus licheniformis, TARGET EFI-510856, IN COMPLEX WITH STACHYOSE
要素Carbohydrate ABC transporter substrate-binding protein MsmE
キーワードTRANSPORT PROTEIN / SUGAR TRANSPORTER / ABC-TYPE / ENZYME FUNCTION INITIATIVE / EFI / STRUCTURAL GENOMICS / STACHYOSE
機能・相同性
機能・相同性情報


transmembrane transport
類似検索 - 分子機能
: / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Multiple sugar-binding protein MsmE
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus licheniformis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Patskovsky, Y. / Toro, R. / Bhosle, R. / Al Obaidi, N. / Chamala, S. / Attonito, J.D. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Lafleur, J. / Siedel, R.D. ...Patskovsky, Y. / Toro, R. / Bhosle, R. / Al Obaidi, N. / Chamala, S. / Attonito, J.D. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Lafleur, J. / Siedel, R.D. / Hillerich, B. / Love, J. / Whalen, K.L. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C. / Enzyme Function Initiative (EFI)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: CRYSTAL STRUCTURE OF SUGAR TRANSPORTER BL01359 FROM Bacillus licheniformis, TARGET EFI-510856
著者: Patskovsky, Y. / Toro, R. / Bhosle, R. / Al Obaidi, N. / Chamala, S. / Scott Glenn, A. / Attonito, J.D. / Chowdhury, S. / Lafleur, J. / Siedel, R.D. / Hillerich, B. / Love, J. / Whalen, K.L. ...著者: Patskovsky, Y. / Toro, R. / Bhosle, R. / Al Obaidi, N. / Chamala, S. / Scott Glenn, A. / Attonito, J.D. / Chowdhury, S. / Lafleur, J. / Siedel, R.D. / Hillerich, B. / Love, J. / Whalen, K.L. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C. / Enzyme Function Initiative (EFI)
履歴
登録2014年10月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年11月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carbohydrate ABC transporter substrate-binding protein MsmE
B: Carbohydrate ABC transporter substrate-binding protein MsmE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,3244
ポリマ－90,9902
非ポリマー1,3332
水3,279182
1
A: Carbohydrate ABC transporter substrate-binding protein MsmE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,1622
ポリマ－45,4951
非ポリマー6671
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Carbohydrate ABC transporter substrate-binding protein MsmE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,1622
ポリマ－45,4951
非ポリマー6671
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.332, 85.916, 132.580
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1114A0 - 415
2114B0 - 415

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.878379, -0.448801, -0.164404), (-0.457961, 0.691789, 0.558301), (-0.136833, 0.56569, -0.813186)-18.61191, 32.11844, -52.17369

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要素

#1: タンパク質 Carbohydrate ABC transporter substrate-binding protein MsmE / Multiple sugar-binding protein MsmE


分子量: 45495.191 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus licheniformis (バクテリア)
株: DSM 13 / ATCC 14580 / 遺伝子: msmE, BL01359, BLi01140 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q65LL6
#2: 多糖 alpha-D-galactopyranose-(1-6)-alpha-D-galactopyranose-(1-6)-[beta-D-fructofuranose-(2-1)]alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 666.578 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGalpa1-6DGalpa1-6[DFrufb2-1]DGlcpaGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[ha122h-2b_2-5][a2122h-1a_1-5][a2112h-1a_1-5]/1-2-3-3/a2-b1_b6-c1_c6-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Fruf]{[(2+1)][a-D-Glcp]{[(6+1)][a-D-Galp]{[(6+1)][a-D-Galp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 182 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.13 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: PROTEIN: 10 MM BIS-TRIS, 500 MM NACL, 10% GLYCEROL, 5 MM DTT, TEV PROTEASE (1:100 RATIO, 10 MM STACHYOSE; RESERVOIR: 0.1M MAGNESIUM CHLORIDE, 0.1M SODIUM ACETATE:HCL, PH 4.6, 25% PEG 400; ...詳細: PROTEIN: 10 MM BIS-TRIS, 500 MM NACL, 10% GLYCEROL, 5 MM DTT, TEV PROTEASE (1:100 RATIO, 10 MM STACHYOSE; RESERVOIR: 0.1M MAGNESIUM CHLORIDE, 0.1M SODIUM ACETATE:HCL, PH 4.6, 25% PEG 400; CRYOPROTECTION: RESERVOIR, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.979
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年8月26日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: ROCK CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→50 Å / Num. obs: 47047 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 12 % / Rmerge(I) obs: 0.099 / Rsym value: 0.099 / Net I/σ(I): 27.9
反射 シェル解像度: 2.15→2.19 Å / 冗長度: 11.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
SHELXモデル構築
ARP/wARPモデル構築
REFMAC5.8.0073精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHELX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.15→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / SU B: 14.202 / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.241 / ESU R Free: 0.222 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27161 1404 3 %RANDOM
Rwork0.19432 ---
obs0.19668 45491 99.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 61.926 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.48 Å20 Å2-0 Å2
2--0.79 Å20 Å2
3---1.68 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6160 0 90 182 6432
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.026402
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.025974
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3041.9858678
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.772313871
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1335766
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.20925.623297
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.639151128
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.0921519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.2955
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0217079
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021352
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it10.8975.6723070
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other10.8955.673069
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it11.2728.4713834
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other11.2718.4723835
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it16.2366.9343332
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other16.2346.9353333
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other16.2929.8264845
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined16.04521.177560
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other16.08921.0847506
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 6019 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
MEDIUM POSITIONAL0.410.5
MEDIUM THERMAL6.975
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.206 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.327 85 -
Rwork0.288 3318 -
obs--99.94 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.0469-0.11360.42551.3047-0.21943.9212-0.0837-0.0974-0.04880.0714-0.0186-0.2330.30990.47320.10230.06410.00970.03540.1032-0.03130.0992-25.770513.8567-20.5105
22.5293-0.10570.35882.79190.46884.7646-0.04550.3196-0.0661-0.2109-0.29870.5634-0.1486-0.5520.34420.04370.00340.00670.1762-0.17160.273510.36988.5383-34.7451
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A37 - 415
2X-RAY DIFFRACTION2B37 - 415

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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