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- PDB-4zze: Raffinose and panose binding protein from Bifidobacterium animali... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4zze | |||||||||
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Title | Raffinose and panose binding protein from Bifidobacterium animalis subsp. lactis Bl-04, bound with panose | |||||||||
![]() | Sugar binding protein of ABC transporter system | |||||||||
![]() | TRANSPORT PROTEIN / Panose / ABC transporter / complex | |||||||||
Function / homology | ![]() | |||||||||
Biological species | ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Fredslund, F. / Ejby, M. / Andersen, J.M. / Slotboom, D.J. / Hachem, M.A. | |||||||||
![]() | ![]() Title: An ATP Binding Cassette Transporter Mediates the Uptake of alpha-(1,6)-Linked Dietary Oligosaccharides in Bifidobacterium and Correlates with Competitive Growth on These Substrates. Authors: Ejby, M. / Fredslund, F. / Andersen, J.M. / Vujicic Zagar, A. / Henriksen, J.R. / Andersen, T.L. / Svensson, B. / Slotboom, D.J. / Abou Hachem, M. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
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PDB format | ![]() | 254.6 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 1.2 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 38.2 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 60 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4zs9C ![]() 4zzaSC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 44214.480 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP residues 46-437 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: Bl-04 / DGCC2908 / RB 4825 / SD5219 / Gene: Balac_1599 / Production host: ![]() ![]() #2: Polysaccharide | Source method: isolated from a genetically manipulated source #3: Chemical | ChemComp-MG / #4: Chemical | ChemComp-CL / #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.01 Å3/Da / Density % sol: 38.89 % |
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Crystal grow | Temperature: 278 K / Method: vapor diffusion / pH: 8.5 Details: 0.1 M Tris pH 8.5, 25% PEG 4000, 0.8M magnesium chloride |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: PSI PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Oct 13, 2011 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97734 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.76→23.2 Å / Num. obs: 71009 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 16.58 Å2 / Rmerge F obs: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Rrim(I) all: 0.098 / Χ2: 0.921 / Net I/σ(I): 10.64 / Num. measured all: 241213 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4ZZA Resolution: 1.76→23.113 Å / SU ML: 0.18 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / Phase error: 20 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 81.29 Å2 / Biso mean: 21.2313 Å2 / Biso min: 4.52 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.76→23.113 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 25
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