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万見
- PDB-4rjd: TFP bound in alternate orientations to calcium-saturated Calmodul... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rjd
タイトルTFP bound in alternate orientations to calcium-saturated Calmodulin C-Domains
要素Calmodulin
キーワードCalcium-Binding Protein / anti-psychotic / antagonist / Ca2+ binding / central nervous system / Trifluoromethyl / promiscuous binding / TFP-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of store-operated calcium channel activity / regulation of high voltage-gated calcium channel activity / : / regulation of response to tumor cell / positive regulation of autophagic cell death / DAPK1-calmodulin complex / : / : / positive regulation of cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / positive regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity ...regulation of store-operated calcium channel activity / regulation of high voltage-gated calcium channel activity / : / regulation of response to tumor cell / positive regulation of autophagic cell death / DAPK1-calmodulin complex / : / : / positive regulation of cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / positive regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / : / establishment of protein localization to mitochondrial membrane / type 3 metabotropic glutamate receptor binding / establishment of protein localization to membrane / positive regulation of DNA binding / negative regulation of high voltage-gated calcium channel activity / negative regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / organelle localization by membrane tethering / mitochondrion-endoplasmic reticulum membrane tethering / autophagosome membrane docking / negative regulation of calcium ion export across plasma membrane / regulation of cardiac muscle cell action potential / presynaptic endocytosis / nitric-oxide synthase binding / regulation of synaptic vesicle exocytosis / calcineurin-mediated signaling / regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / protein phosphatase activator activity / adenylate cyclase binding / catalytic complex / regulation of synaptic vesicle endocytosis / detection of calcium ion / regulation of cardiac muscle contraction / postsynaptic cytosol / activation of adenylate cyclase activity / cellular response to interferon-beta / calcium channel inhibitor activity / phosphatidylinositol 3-kinase binding / presynaptic cytosol / regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol by sarcoplasmic reticulum / positive regulation of nitric-oxide synthase activity / titin binding / enzyme regulator activity / sperm midpiece / regulation of calcium-mediated signaling / voltage-gated potassium channel complex / potassium ion transmembrane transport / calcium channel complex / regulation of heart rate / calyx of Held / adenylate cyclase activator activity / response to amphetamine / sarcomere / regulation of cytokinesis / protein serine/threonine kinase activator activity / nitric-oxide synthase regulator activity / spindle microtubule / calcium channel regulator activity / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / calcium-mediated signaling / response to calcium ion / cellular response to type II interferon / G2/M transition of mitotic cell cycle / Schaffer collateral - CA1 synapse / spindle pole / calcium-dependent protein binding / disordered domain specific binding / myelin sheath / growth cone / protein autophosphorylation / vesicle / transmembrane transporter binding / neuron projection / positive regulation of apoptotic process / protein domain specific binding / calcium ion binding / centrosome / protein kinase binding / protein-containing complex / mitochondrion / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair
類似検索 - ドメイン・相同性
OXALATE ION / THIOCYANATE ION / Chem-TFP / Calmodulin-1 / Calmodulin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Feldkamp, M.D. / Gakhar, L. / Pandey, N. / Shea, M.A.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2015
タイトル: Opposing orientations of the anti-psychotic drug trifluoperazine selected by alternate conformations of M144 in calmodulin.
著者: Feldkamp, M.D. / Gakhar, L. / Pandey, N. / Shea, M.A.
履歴
登録2014年10月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年8月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.22020年1月29日Group: Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Calmodulin
B: Calmodulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,46215
ポリマ－15,2172
非ポリマー2,24613
水1,44180
1
A: Calmodulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,8658
ポリマ－7,6081
非ポリマー1,2577
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Calmodulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,5977
ポリマ－7,6081
非ポリマー9896
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)24.606, 85.637, 35.341
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.00, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Calmodulin / CaM


分子量: 7608.289 Da / 分子数: 2 / 断片: Calmodulin C-Domian, UNP residues 83-148 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ)
遺伝子: Calm1, Calm, Cam, Cam1, Calm2, Cam2, Camb, Calm3, Cam3, Camc
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): E.Coli BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P62161, UniProt: P0DP29*PLUS

-
非ポリマー , 7種, 93分子

#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物
ChemComp-TFP / 10-[3-(4-METHYL-PIPERAZIN-1-YL)-PROPYL]-2-TRIFLUOROMETHYL-10H-PHENOTHIAZINE / トリフルオペラジン


分子量: 407.496 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H24F3N3S / コメント: 抗精神病薬*YM
#4: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-OXL / OXALATE ION / しゅう酸ジアニオン


分子量: 88.019 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2O4
#7: 化合物 ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン


分子量: 58.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 80 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.67 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.6
詳細: 50 mM HEPES, 100 mM KCl, 1mM MgCl2, 5 mM NTA, 50 uM EGTA, with 500 ul of 200 mM potassium thiocyanate, 20% polyethylene glycol 3350, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: NOIR-1 / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月14日 / 詳細: Mirror
放射モノクロメーター: Rosenbaum-Rock Si(111) sagitally focused
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→27.23 Å / Num. obs: 8955 / % possible obs: 90.45 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 21.02 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.029 / Net I/σ(I): 24
反射 シェル解像度: 2→2.1 Å / Rmerge(I) obs: 0.118 / Mean I/σ(I) obs: 8.1 / Num. unique all: 1367 / % possible all: 94.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: dev_1760)精密化
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1LIN

1lin


解像度: 2→27.23 Å / SU ML: 0.21 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 29.61 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.253 426 4.76 %RANDOM
Rwork0.1774 ---
obs0.1809 8955 90.45 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→27.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1060 0 143 80 1283
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.011216
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4521635
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.088474
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.049152
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004208
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.28940.28981290.20222421X-RAY DIFFRACTION78
2.2894-2.88390.25111430.19563077X-RAY DIFFRACTION98
2.8839-27.23640.24321540.16293031X-RAY DIFFRACTION95
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.9901-0.6607-0.61183.2178-0.36231.97330.1130.2196-0.0179-0.5054-0.0660.54180.0303-0.2051-0.06090.23150.0006-0.08760.1376-0.0170.148314.635441.543224.9341
25.3271-1.5858-1.18696.4056-0.09043.4374-0.0377-0.12410.5503-0.25530.2252-0.2620.15810.0541-0.15580.1689-0.0235-0.07720.1607-0.00550.175726.503239.469126.1761
37.1121.6561-3.74196.77090.86637.3184-0.25431.0145-0.1409-1.3794-0.1183-0.9110.47460.36690.27240.38290.03970.10890.27210.05850.248521.573649.70519.618
48.4979-0.3382-1.82427.4120.02988.51860.1773-0.0051-0.32010.2028-0.17140.26320.0989-0.34070.00110.1059-0.0312-0.04090.1128-0.03510.13231.012620.13568.484
59.19540.539-0.33973.5175-0.28354.72340.4658-0.24610.67540.4316-0.15240.542-0.7631-0.1812-0.26550.21190.01260.09860.27030.01690.18686.03333.28263.8821
65.91952.5157-1.59877.0987-0.99293.14590.1282-0.063-0.49080.1607-0.0297-0.41880.08220.0636-0.1060.09070.0061-0.04020.1471-0.01540.133713.086821.10448.0415
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 82 through 112 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 113 through 137 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 138 through 147 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 82 through 101 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 102 through 117 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 118 through 147 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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