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- PDB-2zgd: Asn-hydroxylation stabilises the ankyrin repeat domain fold -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2zgd
タイトルAsn-hydroxylation stabilises the ankyrin repeat domain fold
要素3 repeat synthetic ankyrin
キーワードDE NOVO PROTEIN / ankyrin repeat / hydroxylated
機能・相同性Ankyrin repeat-containing domain / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Mainly Alpha / :
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者McDonough, M.A. / Schofield, C.J.
引用
ジャーナル: Mol Biosyst / 年: 2009
タイトル: Asparagine beta-hydroxylation stabilizes the ankyrin repeat domain fold
著者: Kelly, L. / McDonough, M.A. / Coleman, M.L. / Ratcliffe, P.J. / Schofield, C.J.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: Asparaginyl hydroxylation of the Notch ankyrin repeat domain by factor inhibiting hypoxia-inducible factor
著者: Coleman, M.L. / McDonough, M.A. / Hewitson, K.S. / Coles, C. / Mecinovic, J. / Edelmann, M. / Cook, K.M. / Cockman, M.E. / Lancaster, D.E. / Kessler, B.M. / Oldham, N.J. / Ratcliffe, P.J. / Schofield, C.J.
#2: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2006
タイトル: Posttranslational hydroxylation of ankyrin repeats in IkappaB proteins by the hypoxia-inducible factor (HIF) asparaginyl hydroxylase, factor inhibiting HIF (FIH)
著者: Cockman, M.E. / Lancaster, D.E. / Stolze, I.P. / Hewitson, K.S. / McDonough, M.A. / Coleman, M.L. / Coles, C.H. / Yu, X. / Hay, R.T. / Ley, S.C. / Pugh, C.W. / Oldham, N.J. / Masson, N. / ...著者: Cockman, M.E. / Lancaster, D.E. / Stolze, I.P. / Hewitson, K.S. / McDonough, M.A. / Coleman, M.L. / Coles, C.H. / Yu, X. / Hay, R.T. / Ley, S.C. / Pugh, C.W. / Oldham, N.J. / Masson, N. / Schofield, C.J. / Ratcliffe, P.J.
履歴
登録2008年1月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3 repeat synthetic ankyrin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,2868
ポリマ－11,6531
非ポリマー6337
水1,38777
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: 3 repeat synthetic ankyrin
ヘテロ分子

A: 3 repeat synthetic ankyrin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,57216
ポリマ－23,3062
非ポリマー1,26614
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555-x,-x+y,-z+1/31
Buried area3050 Å2
ΔGint-119 kcal/mol
Surface area8750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.887, 48.887, 67.088
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-412-

CD

21A-1003-

HOH

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要素

#1: タンパク質 3 repeat synthetic ankyrin


分子量: 11652.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetically designed construct
#2: 化合物
ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 77 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.07 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 30% PEG 400, 100mM Na Acetate pH 4.6, 100mM CdCl2, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX14.2 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年10月29日
放射モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 7197 / Num. obs: 7197 / % possible obs: 93.3 % / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.134 / Χ2: 1.007 / Net I/σ(I): 7.4
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.9-1.974.80.3923.757271.08495.8
1.97-2.054.90.3087121.09895.7
2.05-2.144.90.2387220.96995.4
2.14-2.254.90.2037151.0294.8
2.25-2.3950.177140.95794.8
2.39-2.5850.1487310.98993.8
2.58-2.844.90.1227140.98393.6
2.84-3.2550.1087170.9692.6
3.25-4.0950.0917100.96590.9
4.09-504.80.1127351.04686.2

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å26.29 Å
Translation2.5 Å26.29 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
CNS1.1精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1N0Q

1n0q


解像度: 1.9→26.29 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / FOM work R set: 0.876 / Data cutoff high absF: 115538.633 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.224 689 10 %RANDOM
Rwork0.173 ---
obs-6875 89.4 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 70.502 Å2 / ksol: 0.386 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 19.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.89 Å2-1.76 Å20 Å2
2---1.89 Å20 Å2
3---3.79 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.23 Å0.17 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.15 Å0.13 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→26.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数698 0 7 77 782
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d20.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 1.9→2.02 Å / Rfactor Rfree error: 0.026 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.247 90 8.2 %
Rwork0.207 1013 -
all-1103 -
obs--88 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramion.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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