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- PDB-3f2e: Crystal structure of Yellowstone SIRV coat protein C-terminus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3f2e
タイトルCrystal structure of Yellowstone SIRV coat protein C-terminus
要素SIRV coat protein
キーワードVIRAL PROTEIN / four helix bundle / virus coat protein
機能・相同性Sulfolobus virus, coat protein, C-terminal / Sulfolobus virus coat protein C terminal / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #800 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Up-down Bundle / Mainly Alpha / CITRIC ACID / SIRV coat protein
機能・相同性情報
生物種Sulfolobus islandicus rudivirus 1 variant YNP (ウイルス)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.668 Å
データ登録者Taurog, R.E. / Szymczyna, B.R. / Williamson, J.R. / Johnson, J.E.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2009
タイトル: Synergy of NMR, computation, and X-ray crystallography for structural biology.
著者: Szymczyna, B.R. / Taurog, R.E. / Young, M.J. / Snyder, J.C. / Johnson, J.E. / Williamson, J.R.
履歴
登録2008年10月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年4月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年3月21日Group: Database references
改定 1.32020年2月26日Group: Data collection / カテゴリ: reflns / reflns_shell
Item: _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs / _reflns.pdbx_Rsym_value ..._reflns.pdbx_Rmerge_I_obs / _reflns.pdbx_Rsym_value / _reflns_shell.Rmerge_I_obs / _reflns_shell.pdbx_Rsym_value
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SIRV coat protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,6912
ポリマ－10,4991
非ポリマー1921
水1,44180
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.410, 54.410, 77.790
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 SIRV coat protein


分子量: 10498.848 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal domain / 由来タイプ: 組換発現
詳細: pET31a tags were removed from the vector, a C-terminal hexahistidine tag was cloned in
由来: (組換発現) Sulfolobus islandicus rudivirus 1 variant YNP (ウイルス)
プラスミド: pET31a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLySs / 参照: UniProt: D0VX05*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 80 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.14 %
結晶化温度: 299 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: SIRV CP (residues 46-134) at 19 or 30 mg/ml in 20 mM Na MES pH 6.0 was mixed 1:1 with 25% PEG 20,000, 0.1 M Na Citrate pH 3.6, 4-9% sucrose. Crystals were frozen in of 14% PEG 20,000, 50 mM ...詳細: SIRV CP (residues 46-134) at 19 or 30 mg/ml in 20 mM Na MES pH 6.0 was mixed 1:1 with 25% PEG 20,000, 0.1 M Na Citrate pH 3.6, 4-9% sucrose. Crystals were frozen in of 14% PEG 20,000, 50 mM sodium citrate pH 3.6, 15-25% sucrose, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 299K

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データ収集

回折平均測定温度: 173 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-D / 波長: 1.542 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年8月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.542 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.668→44.588 Å / Num. obs: 14062 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 16.8 % / Biso Wilson estimate: 24.675 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.034 / Rsym value: 0.062 / Net I/σ(I): 33.4
反射 シェル解像度: 1.668→1.7 Å / 冗長度: 14.5 % / Rmerge(I) obs: 0.203 / Mean I/σ(I) obs: 8.27 / Num. unique all: 965 / Rsym value: 0.371 / % possible all: 94.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: CS-Rosetta model

解像度: 1.668→31.642 Å / SU ML: 0.14 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2018 703 5 %random
Rwork0.1837 ---
obs0.1846 14055 99.04 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 49.566 Å2 / ksol: 0.39 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 20.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.2583 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.2583 Å20 Å2
3----5.774 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.177 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.668→31.642 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数600 0 13 80 693
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_deg0.833
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.532
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs% reflection obs (%)
1.668-1.79710.23131340.1832541254197
1.7971-1.97790.19541380.17532623262399
1.9779-2.26410.17781400.163926572657100
2.2641-2.85220.17711420.179226912691100
2.8522-31.64740.21841490.18728402840100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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