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万見
- PDB-6frr: Structural and immunological properties of the allergen Art v 3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6frr
タイトルStructural and immunological properties of the allergen Art v 3
要素Non-specific lipid-transfer protein
キーワードALLERGEN / Art v 3.0201 lipid binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


lipid transport / lipid binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Plant lipid transfer proteins signature. / Plant non-specific lipid-transfer protein/Par allergen / Plant lipid-transfer and hydrophobic proteins / Hydrophobic Seed Protein / Protease inhibitor/seed storage/LTP family / Plant lipid transfer protein / seed storage protein / trypsin-alpha amylase inhibitor domain family / Bifunctional inhibitor/plant lipid transfer protein/seed storage helical domain / Bifunctional inhibitor/plant lipid transfer protein/seed storage helical domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Non-specific lipid-transfer protein
類似検索 - 構成要素
生物種Artemisia vulgaris (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.948 Å
データ登録者Brandstetter, H. / Soh, W.T. / Magler, I.
資金援助 オーストリア, 1件
組織認可番号国
Austrian Science FundW_1213 オーストリア
引用ジャーナル: Mol.Immunol. / 年: 2019
タイトル: Boiling down the cysteine-stabilized LTP fold - loss of structural and immunological integrity of allergenic Art v 3 and Pru p 3 as a consequence of irreversible lanthionine formation.
著者: Wildner, S. / Griessner, I. / Stemeseder, T. / Regl, C. / Soh, W.T. / Stock, L.G. / Volker, T. / Alessandri, C. / Mari, A. / Huber, C.G. / Stutz, H. / Brandstetter, H. / Gadermaier, G.
履歴
登録2018年2月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年3月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月17日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Non-specific lipid-transfer protein
B: Non-specific lipid-transfer protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,0355
ポリマ－19,7472
非ポリマー2883
水3,495194
1
A: Non-specific lipid-transfer protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,0663
ポリマ－9,8731
非ポリマー1922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Non-specific lipid-transfer protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,9692
ポリマ－9,8731
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)60.398, 60.398, 91.460
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-224-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Non-specific lipid-transfer protein


分子量: 9873.393 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Artemisia vulgaris (植物) / 遺伝子: Art v 3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta gami2 pLysS / 参照: UniProt: C4MGG9
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 194 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.42 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 3.2 M ammonium sulphate, 0.1 M HEPES, pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.8856 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年7月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.948→52.31 Å / Num. obs: 14608 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 25.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 17.2
反射 シェル解像度: 1.95→2.05 Å / 冗長度: 10 % / Rmerge(I) obs: 0.31 / Mean I/σ(I) obs: 6.7 / Num. unique obs: 2087 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
REFMAC位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2ALG

2alg


解像度: 1.948→45.405 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.71
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2494 733 5.03 %
Rwork0.1928 --
obs0.1956 14560 99.48 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.948→45.405 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1366 0 15 194 1575
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071419
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8281916
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.837910
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05220
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005242
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9476-2.09790.29341700.20872693X-RAY DIFFRACTION100
2.0979-2.3090.25521530.18382697X-RAY DIFFRACTION99
2.309-2.64310.23691450.18962735X-RAY DIFFRACTION100
2.6431-3.32990.27531290.20882796X-RAY DIFFRACTION99
3.3299-45.41770.22691360.18422906X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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