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- PDB-3jtn: Crystal Structure of the c-terminal domain of YpbH -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3jtn
タイトルCrystal Structure of the c-terminal domain of YpbH
要素Adapter protein mecA 2
キーワードPROTEIN BINDING / YpbH / adaptor protein / Competence / Sporulation
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of establishment of competence for transformation / negative regulation of sporulation resulting in formation of a cellular spore / establishment of competence for transformation / sporulation resulting in formation of a cellular spore / protein-macromolecule adaptor activity
類似検索 - 分子機能
Alpha-Beta Plaits - #1950 / MecA, C-terminal domain superfamily / Negative regulator of genetic competence, MecA / Negative regulator of genetic competence (MecA) / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IODIDE ION / Adapter protein MecA 2
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / PHASER / 解像度: 2.09 Å
データ登録者Wang, F. / Mei, Z. / Qi, Y. / Yan, C. / Wang, J. / Shi, Y.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of the MecA degradation tag
著者: Wang, F. / Mei, Z. / Qi, Y. / Yan, C. / Xiang, S. / Zhou, Z. / Hu, Q. / Wang, J. / Shi, Y.
履歴
登録2009年9月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年9月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Adapter protein mecA 2
B: Adapter protein mecA 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,14116
ポリマ－20,3652
非ポリマー1,77714
水1,08160
1
A: Adapter protein mecA 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,0718
ポリマ－10,1821
非ポリマー8887
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Adapter protein mecA 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,0718
ポリマ－10,1821
非ポリマー8887
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)28.930, 71.660, 39.330
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.35, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Adapter protein mecA 2 / YpbH


分子量: 10182.252 Da / 分子数: 2 / 断片: c-terminal domain, UNP residues 104-194 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: ypbH / プラスミド: pGEX-6p-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P50734
#2: 化合物
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.29 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 20% PEG 3350,0.3M calcium chloride, 0.1M Bis-Tris pH6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS HTC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年7月22日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.09→34.363 Å / Num. all: 17571 / Num. obs: 17571 / % possible obs: 94.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 30.99 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 9.09
反射 シェル解像度: 2.09→2.21 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.732 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 17571 / % possible all: 88

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: PHASER / 解像度: 2.09→34.363 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.21 / FOM work R set: 0.698 / SU ML: 0.35 / σ(F): 0.03 / 位相誤差: 36.01 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: The file contains friedel pairs in the _refln.pdbx_F_plus and _refln.pdbx_F_minus columns.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3035 795 4.88 %
Rwork0.2175 --
obs0.2219 16294 87.5 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 37.434 Å2 / ksol: 0.388 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 226.24 Å2 / Biso mean: 43.401 Å2 / Biso min: 15.09 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.31 Å20 Å2-6.223 Å2
2---4.305 Å2-0 Å2
3---9.615 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.09→34.363 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1422 0 14 60 1496
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081452
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0841972
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.571492
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061223
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004253
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.089-2.220.431640.3081972203665
2.22-2.3910.3681040.2592339244379
2.391-2.6320.3731860.2522631281790
2.632-3.0130.3361680.2542754292295
3.013-3.7950.2871490.1852853300297
3.795-34.3670.2331240.1882950307499
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5898-0.3909-0.92192.53040.46691.9974-0.0401-0.0070.053-0.30850.02040.27230.06570.0214-0.01560.248-0.0063-0.01240.20060.01780.216713.919351.118525.2796
21.2043-1.47980.63321.5059-0.71381.30460.0385-0.1310.1011-0.0650.08960.01070.1451-0.1308-0.10830.161-0.0246-0.00940.18410.01650.205121.683630.538735.3546
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN AA2 - 90
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN BB2 - 91

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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