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- PDB-4ris: Structural Analysis of the Unmutated Ancestor of the HIV-1 Envelo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ris
タイトルStructural Analysis of the Unmutated Ancestor of the HIV-1 Envelope V2 Region Antibody CH58 Isolated From an RV144 HIV-1 Vaccine Efficacy Trial Vaccinee and Associated with Decreased Transmission Risk
要素
  • CH58-UA Fab heavy chain
  • CH58-UA Fab light chain
  • Envelope glycoprotein
キーワードIMMUNE SYSTEM / antibody / IgG fold / HIV-1 gp120 V2 region
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane fusion involved in viral entry into host cell / viral envelope / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein / Envelope glycoprotein V1V2 region
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Nicely, N.I. / Wiehe, K. / Kepler, T.B. / Jaeger, F.H. / Dennison, S.M. / Liao, H.-X. / Alam, S.M. / Hwang, K.-K. / Bonsignori, M. / Rerks-Ngarm, S. ...Nicely, N.I. / Wiehe, K. / Kepler, T.B. / Jaeger, F.H. / Dennison, S.M. / Liao, H.-X. / Alam, S.M. / Hwang, K.-K. / Bonsignori, M. / Rerks-Ngarm, S. / Nitayaphan, S. / Pitisuttithum, P. / Kaewkungwal, J. / Robb, M.L. / O'Connell, R.J. / Michael, N.L. / Kim, J.H. / Haynes, B.F.
引用ジャーナル: EBioMedicine / 年: 2015
タイトル: Structural analysis of the unmutated ancestor of the HIV-1 envelope V2 region antibody CH58 isolated from an RV144 vaccine efficacy trial vaccinee.
著者: Nicely, N.I. / Wiehe, K. / Kepler, T.B. / Jaeger, F.H. / Dennison, S.M. / Rerks-Ngarm, S. / Nitayaphan, S. / Pitisuttithum, P. / Kaewkungwal, J. / Robb, M.L. / O'Connell, R.J. / Michael, N.L. ...著者: Nicely, N.I. / Wiehe, K. / Kepler, T.B. / Jaeger, F.H. / Dennison, S.M. / Rerks-Ngarm, S. / Nitayaphan, S. / Pitisuttithum, P. / Kaewkungwal, J. / Robb, M.L. / O'Connell, R.J. / Michael, N.L. / Kim, J.H. / Liao, H.X. / Munir Alam, S. / Hwang, K.K. / Bonsignori, M. / Haynes, B.F.
履歴
登録2014年10月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年9月2日Group: Database references
改定 1.22024年11月27日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
P: Envelope glycoprotein
H: CH58-UA Fab heavy chain
L: CH58-UA Fab light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,2573
ポリマ－50,2573
非ポリマー00
水4,197233
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4810 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area20840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.719, 53.908, 73.573
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.92, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Envelope glycoprotein


分子量: 2136.538 Da / 分子数: 1 / 断片: HIV-1 gp120 derived peptide (UNP residues 160-177) / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
参照: UniProt: K7Z4Z0, UniProt: Q70966*PLUS
#2: 抗体 CH58-UA Fab heavy chain


分子量: 24949.910 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell (発現宿主): expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 CH58-UA Fab light chain


分子量: 23170.354 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell (発現宿主): expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 233 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細THE PEPTIDE WAS DERIVED FROM THE GP120 V2 REGION SEQUENCE WITH THE TWO NOTED ALANINE RESIDUES AS ...THE PEPTIDE WAS DERIVED FROM THE GP120 V2 REGION SEQUENCE WITH THE TWO NOTED ALANINE RESIDUES AS SUBSTITUTIONS.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.86 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: A drop composed of 0.2 ul protein and 0.4 ul well. the well contains 60 ul of 0.2 M calcium acetate hydrate, 20% PEG 3350, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月23日
放射モノクロメーター: double crystal - liquid nitrogen cooled
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 18276 / Num. obs: 18258 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 2.3→2.34 Å / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
SERGUIデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→36.918 Å / SU ML: 0.31 / σ(F): 0 / 位相誤差: 25.47 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2462 1850 10.13 %randomized selection
Rwork0.1612 ---
obs0.1698 18258 96.4 %-
all-18276 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→36.918 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3461 0 0 233 3694
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073556
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1364836
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.5231264
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.073533
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006612
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.34590.31361300.19331068X-RAY DIFFRACTION83
2.3459-2.41490.28781380.19211209X-RAY DIFFRACTION94
2.4149-2.49280.33231370.2011212X-RAY DIFFRACTION95
2.4928-2.58190.33041460.19921254X-RAY DIFFRACTION95
2.5819-2.68520.27431410.19231231X-RAY DIFFRACTION96
2.6852-2.80740.27411330.19511279X-RAY DIFFRACTION97
2.8074-2.95540.31541450.20241286X-RAY DIFFRACTION98
2.9554-3.14040.2961460.18191263X-RAY DIFFRACTION98
3.1404-3.38280.2731400.17951318X-RAY DIFFRACTION99
3.3828-3.72290.22341440.17031290X-RAY DIFFRACTION99
3.7229-4.26090.23921440.13721321X-RAY DIFFRACTION100
4.2609-5.36570.19061530.10821316X-RAY DIFFRACTION100
5.3657-36.92250.15351530.12781361X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
19.7659-4.1850.79596.59671.51883.1977-0.07030.80960.8954-0.5801-0.0111-0.3813-0.44780.27520.14160.3111-0.06430.00130.21430.0740.197244.2081-105.274684.9128
24.30982.00731.29741.40751.35282.43180.2257-0.29380.66520.19220.0951-0.3584-0.17110.3493-0.15560.1579-0.06410.02450.432-0.01140.218154.2957-107.893694.6925
32.35720.2778-0.35372.96110.73492.46860.1844-0.43840.35460.2776-0.0834-0.0068-0.20010.1635-0.08610.1928-0.0890.04490.2578-0.02940.242740.3677-107.351897.6664
42.4533-1.3081-0.56163.1470.45521.121-0.1105-0.20320.03730.22310.0015-0.24160.08560.35920.10680.21560.0026-0.0050.2758-0.01290.11147.2147-113.181895.4693
53.70351.1006-0.82463.4853.76465.27660.0006-0.07210.77070.0381-0.2220.5428-0.4349-0.60960.24790.34330.11760.08720.1967-0.0220.376919.5336-104.630394.682
63.8835-2.0923-0.8291.23180.49960.22990.128-0.00010.2583-0.1447-0.0624-0.0954-0.1479-0.0113-0.07280.2326-0.00060.00550.13480.01540.199253.2285-118.818386.3786
71.01720.71132.23622.15030.10026.31370.1946-0.0521-0.36120.17120.1444-0.58620.30820.1488-0.29870.6804-0.2003-0.32870.4739-0.34331.048968.9069-150.678166.9665
80.5612-0.28990.06124.1381.71631.5235-0.15620.14230.1077-0.23090.02370.5046-0.0969-0.01230.08980.2539-0.035-0.03520.20730.03760.238763.9095-130.051573.136
91.39420.94160.72524.62743.41773.3184-0.11960.08640.0678-0.06940.12330.2490.24280.13540.020.16570.0143-0.04190.18720.08320.221165.0235-132.303374.4425
103.7406-1.9697-0.8924.36323.99085.13750.03180.32860.2967-0.32350.0235-0.25970.01840.0921-0.0670.1337-0.05480.00090.16790.02790.137572.6511-128.626573.624
110.39110.1-0.20391.77090.74950.62260.0419-0.20880.02990.4194-0.2291-0.1542-0.02510.19090.0430.5082-0.22430.01220.19490.24840.173431.9601-127.6815102.9644
122.175-0.01290.73722.23710.09744.10050.1236-0.0109-0.0655-0.00830.03580.01090.0457-0.1564-0.13020.110.00920.02670.1277-0.00090.180926.9119-124.817788.7382
132.87510.37281.03473.28622.74993.9573-0.0190.31240.08510.04920.0743-0.2284-0.01480.2162-0.10720.1486-0.01520.04050.14720.0350.16530.401-126.087283.0804
143.9495-3.5658-3.14737.0874.9513.6618-0.0216-0.75320.12371.05890.0091-0.04690.65720.52660.05320.2579-0.0138-0.01010.253-0.01270.191431.8615-117.9434101.7528
154.3196-2.0611-0.78191.7716-0.01170.36630.14270.2689-0.4617-0.3858-0.04220.3352-0.10190.1159-0.16340.2631-0.03920.00640.231-0.06860.240939.9049-136.746978.0348
165.6805-0.23770.12860.8620.31360.3813-0.05-0.1193-0.47580.01560.00690.11060.074-0.16730.01580.2141-0.0345-0.00280.19390.01640.192460.9616-141.635682.9531
179.27497.0211-4.64486.2549-1.64639.22480.2211-0.8356-0.42791.3036-0.50910.1704-0.2686-0.14770.07140.3644-0.05260.07980.48030.13640.305757.6964-141.341793.4102
186.157-0.88031.22684.55980.64762.3455-0.25470.64220.8177-0.2803-0.16780.0655-0.4907-0.19840.42690.1966-0.01650.07620.32460.04170.230952.6464-134.620378.9687
190.33450.11420.27930.2528-0.42741.52210.0383-0.0345-0.1550.2022-0.0766-0.26570.26090.273-0.18410.35930.1676-0.07740.38180.28780.456270.974-146.847791.6985
202.47130.1529-2.52352.50031.34525.02870.14880.087-1.19010.4636-0.0974-0.28420.3776-0.0458-0.070.2989-0.0577-0.03770.19670.03420.556.4493-149.222382.8367
215.55990.5895-4.06495.3991-4.31579.41780.29550.28060.29750.32750.2872.73380.2702-2.5586-0.42150.3555-0.14710.0660.46910.07890.539417.1044-113.4549101.6621
224.3733.37580.47286.1113-0.85733.27640.0323-0.32920.6745-0.0714-0.3281-0.20760.23820.22680.21880.27810.08360.09040.26290.00760.257224.6913-106.3044101.3449
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain H and resid 1:10)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain H and resid 11:24)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain H and resid 25:81)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain H and resid 82:96)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain H and resid 97:100F)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain H and resid 100G:126)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain H and resid 127:132)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain H and resid 133:164)
9X-RAY DIFFRACTION9(chain H and resid 165:200)
10X-RAY DIFFRACTION10(chain H and resid 201:215)
11X-RAY DIFFRACTION11(chain L and resid 1:5)
12X-RAY DIFFRACTION12(chain L and resid 6:71)
13X-RAY DIFFRACTION13(chain L and resid 72:90)
14X-RAY DIFFRACTION14(chain L and resid 91:98)
15X-RAY DIFFRACTION15(chain L and resid 99:115)
16X-RAY DIFFRACTION16(chain L and resid 116:153)
17X-RAY DIFFRACTION17(chain L and resid 154:160)
18X-RAY DIFFRACTION18(chain L and resid 161:180)
19X-RAY DIFFRACTION19(chain L and resid 181:188)
20X-RAY DIFFRACTION20(chain L and resid 189:209)
21X-RAY DIFFRACTION21(chain P and resid 166:170)
22X-RAY DIFFRACTION22(chain P and resid 171:179)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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