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- PDB-4reb: Structural Insights into 5' Flap DNA Unwinding and Incision by th... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4reb
タイトルStructural Insights into 5' Flap DNA Unwinding and Incision by the Human FAN1 Dimer
要素
  • DNA (5'-D(P*CP*GP*TP*GP*GP*CP*GP*AP*GP*CP*GP*CP*TP*CP*GP*CP*CP*AP*CP*G)-3')
  • DNA (5'-D(P*GP*CP*TP*CP*GP*CP*CP*AP*CP*G)-3')
  • DNA (5'-D(P*GP*TP*GP*GP*CP*GP*AP*GP*C)-3')
  • Fanconi-associated nuclease 1
キーワードHydrolase/DNA / HJC / TPR / SAP / structure specific nuclease / FANCID2 / nucleus / Hydrolase-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


flap-structured DNA binding / phosphodiesterase I / 5'-flap endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / ubiquitin-modified protein reader activity / 5'-3' exonuclease activity / phosphodiesterase I activity / interstrand cross-link repair / intercellular bridge / Fanconi Anemia Pathway ...flap-structured DNA binding / phosphodiesterase I / 5'-flap endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / ubiquitin-modified protein reader activity / 5'-3' exonuclease activity / phosphodiesterase I activity / interstrand cross-link repair / intercellular bridge / Fanconi Anemia Pathway / double-strand break repair via homologous recombination / nucleotide-excision repair / cilium / DNA repair / magnesium ion binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / : / : / Fanconi-associated nuclease 1, SAP subdomain / Fanconi-associated nuclease 1, TPR domain / Fanconi-associated nuclease 1-like / : / FAN1, HTH domain / VRR-NUC domain / VRR-NUC domain ...: / : / : / Fanconi-associated nuclease 1, SAP subdomain / Fanconi-associated nuclease 1, TPR domain / Fanconi-associated nuclease 1-like / : / FAN1, HTH domain / VRR-NUC domain / VRR-NUC domain / VRR_NUC / Rad18-like CCHC zinc finger / tRNA endonuclease-like domain superfamily / Rad18, zinc finger UBZ4-type / Zinc finger UBZ4-type profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
SAMARIUM (III) ION / DNA / DNA (> 10) / Fanconi-associated nuclease 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.2 Å
データ登録者Zhao, Q. / Xue, X. / Longerich, S. / Sung, P. / Xiong, Y.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2014
タイトル: Structural insights into 5' flap DNA unwinding and incision by the human FAN1 dimer.
著者: Zhao, Q. / Xue, X. / Longerich, S. / Sung, P. / Xiong, Y.
履歴
登録2014年9月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年12月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年1月14日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: DNA (5'-D(P*GP*TP*GP*GP*CP*GP*AP*GP*C)-3')
E: DNA (5'-D(P*CP*GP*TP*GP*GP*CP*GP*AP*GP*CP*GP*CP*TP*CP*GP*CP*CP*AP*CP*G)-3')
F: DNA (5'-D(P*GP*CP*TP*CP*GP*CP*CP*AP*CP*G)-3')
A: Fanconi-associated nuclease 1
H: Fanconi-associated nuclease 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)159,5487
ポリマ－159,2475
非ポリマー3012
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)104.770, 104.770, 127.550
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number144
Space group name H-MP31
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21H

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLU / Beg label comp-ID: GLU / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Refine code: _ / Auth seq-ID: 371 - 1008 / Label seq-ID: 1 - 638

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AD
2HE

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(P*GP*TP*GP*GP*CP*GP*AP*GP*C)-3')


分子量: 2796.835 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*CP*GP*TP*GP*GP*CP*GP*AP*GP*CP*GP*CP*TP*CP*GP*CP*CP*AP*CP*G)-3')


分子量: 6136.942 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(P*GP*CP*TP*CP*GP*CP*CP*AP*CP*G)-3')


分子量: 3005.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: タンパク質 Fanconi-associated nuclease 1 / FANCD2/FANCI-associated nuclease 1 / Myotubularin-related protein 15


分子量: 73653.875 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 373-1017 / Mutation: D960A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FAN1, KIAA1018, MTMR15 / プラスミド: pMAT9s / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q9Y2M0, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ, phosphodiesterase I
#5: 化合物 ChemComp-SM / SAMARIUM (III) ION


分子量: 150.360 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Sm

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.54 %
結晶化温度: 300 K / 手法: micro-batch under oil
詳細: 0.1mM spermidine, 1% 1,6-Hexanediol, 22-24% PEG 3350, 0.1M BisTris Propane, micro-batch under oil, temperature 300K
PH範囲: 7.5-8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年8月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.495
11K, H, -L20.505
反射解像度: 4.2→90.7 Å / Num. all: 10865 / Num. obs: 10793 / % possible obs: 99.345 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 7.8
反射 シェル解像度: 4.2→4.31 Å / % possible all: 99.88

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.7.0029精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
CBASSデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 4.2→90.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.905 / SU B: 40.899 / SU ML: 0.578 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.23 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2621 566 5 %RANDOM
Rwork0.2304 ---
obs0.2321 10793 99.34 %-
all-10865 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 460.28 Å2 / Biso mean: 297.363 Å2 / Biso min: 211.23 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--33.93 Å20 Å20 Å2
2---33.93 Å20 Å2
3---67.85 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.2→90.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9295 801 2 0 10098
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.01910413
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5111.88114245
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.91351145
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.0523.084454
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.912151706
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.1291585
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1070.21553
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0217546
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 5563 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.22 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2H
LS精密化 シェル解像度: 4.2→4.309 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.515 44 -
Rwork0.469 802 -
all-846 -
obs--99.88 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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