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- PDB-4rec: A nuclease-DNA complex form 3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rec
タイトルA nuclease-DNA complex form 3
要素
  • DNA (40-MER)
  • Fanconi-associated nuclease 1
キーワードHydrolase/DNA / HJC / TPR / SAP / structure specific nuclease / FANCID2 / nucleus / Hydrolase-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


flap-structured DNA binding / phosphodiesterase I / 5'-flap endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / ubiquitin-modified protein reader activity / 5'-3' exonuclease activity / phosphodiesterase I activity / interstrand cross-link repair / intercellular bridge / nucleotide-excision repair ...flap-structured DNA binding / phosphodiesterase I / 5'-flap endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / ubiquitin-modified protein reader activity / 5'-3' exonuclease activity / phosphodiesterase I activity / interstrand cross-link repair / intercellular bridge / nucleotide-excision repair / Fanconi Anemia Pathway / double-strand break repair via homologous recombination / cilium / DNA repair / magnesium ion binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / : / : / Fanconi-associated nuclease 1, SAP subdomain / Fanconi-associated nuclease 1, TPR domain / Fanconi-associated nuclease 1-like / : / FAN1, HTH domain / VRR-NUC domain / VRR-NUC domain ...: / : / : / Fanconi-associated nuclease 1, SAP subdomain / Fanconi-associated nuclease 1, TPR domain / Fanconi-associated nuclease 1-like / : / FAN1, HTH domain / VRR-NUC domain / VRR-NUC domain / VRR_NUC / Rad18-like CCHC zinc finger / tRNA endonuclease-like domain superfamily / Rad18, zinc finger UBZ4-type / Zinc finger UBZ4-type profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
IODIDE ION / DNA / DNA (> 10) / Fanconi-associated nuclease 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Zhao, Q. / Xue, X. / Longerich, S. / Sung, P. / Xiong, Y.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2014
タイトル: Structural insights into 5' flap DNA unwinding and incision by the human FAN1 dimer.
著者: Zhao, Q. / Xue, X. / Longerich, S. / Sung, P. / Xiong, Y.
履歴
登録2014年9月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年12月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年1月14日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fanconi-associated nuclease 1
B: DNA (40-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,3515
ポリマ－85,9712
非ポリマー3813
水4,414245
1
A: Fanconi-associated nuclease 1
ヘテロ分子

A: Fanconi-associated nuclease 1
B: DNA (40-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)160,3869
ポリマ－159,6253
非ポリマー7616
水543
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation3_744-x+2,y-1/2,-z-1/21
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)71.910, 109.600, 115.860
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Fanconi-associated nuclease 1 / FANCD2/FANCI-associated nuclease 1 / Myotubularin-related protein 15


分子量: 73653.875 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 373-1017 / 変異: D960A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FAN1, KIAA1018, MTMR15 / プラスミド: pMAT9s / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q9Y2M0, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ, phosphodiesterase I
#2: DNA鎖 DNA (40-MER)


分子量: 12316.866 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 245 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.68 %
結晶化温度: 300 K / 手法: micro-batch under oil
詳細: 0.1M potassium iodide, 0.1mM spermidine, 18% PEG3350, 0.1M BisTris propane, micro-batch under oil, temperature 300K
PH範囲: 7.0-7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→79.6 Å / Num. all: 89742 / Num. obs: 89740 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 55.68 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 9
反射 シェル解像度: 2.2→2.3 Å / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: an initial model phased by a low-resolution iodine-anomalous dataset

解像度: 2.2→79.6 Å / SU ML: 0.46 / σ(F): 1.04 / 位相誤差: 34.3 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2541 2983 3.32 %
Rwork0.2154 --
obs0.2167 89740 99.91 %
all-89742 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 210.44 Å2 / Biso mean: 68.7619 Å2 / Biso min: 28.69 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→79.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4778 814 3 245 5840
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0095801
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1528009
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048895
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006884
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.5522211
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 21 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.2-2.23610.44451410.447541584299
2.2361-2.27460.43351430.424541134256
2.2746-2.3160.44381410.392341394280
2.316-2.36050.39851580.375440684226
2.3605-2.40870.4121440.362841404284
2.4087-2.46110.36471480.332541224270
2.4611-2.51840.35471310.316141374268
2.5184-2.58130.34511440.304741554299
2.5813-2.65110.37271470.294641124259
2.6511-2.72920.35671300.288641404270
2.7292-2.81730.3241540.269141254279
2.8173-2.91790.28951240.238141624286
2.9179-3.03480.27051470.229541024249
3.0348-3.17290.25851470.2341294276
3.1729-3.34020.3431310.22541394270
3.3402-3.54950.28791470.208741524299
3.5495-3.82350.2521450.183741154260
3.8235-4.20830.19581420.178941494291
4.2083-4.81720.19431370.160641304267
4.8172-6.06880.21061400.1941354275
6.0688-79.67220.18981420.177441354277

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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