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- PDB-4r90: Anti CD70 Llama glama Fab 27B3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4r90
タイトルAnti CD70 Llama glama Fab 27B3
要素
  • Anti CD70 Llama glama Fab 27B3 Heavy chain
  • Anti CD70 Llama glama Fab 27B3 Light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / immunoglobulin fold / human CD70
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Llama glama (ラマ)
Llama Glama (ラマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.746 Å
データ登録者Klarenbeek, A. / El Mazouari, K. / Desmyter, A. / Blanchetot, C. / Hultberg, A. / Roovers, R.C. / Cambillau, C. / Spinelli, S. / Del-Favero, J. / Verrips, T. ...Klarenbeek, A. / El Mazouari, K. / Desmyter, A. / Blanchetot, C. / Hultberg, A. / Roovers, R.C. / Cambillau, C. / Spinelli, S. / Del-Favero, J. / Verrips, T. / de Haard, H. / Achour, I.
引用ジャーナル: MAbs / 年: 2015
タイトル: Camelid Ig V genes reveal significant human homology not seen in therapeutic target genes, providing for a powerful therapeutic antibody platform.
著者: Klarenbeek, A. / Mazouari, K.E. / Desmyter, A. / Blanchetot, C. / Hultberg, A. / de Jonge, N. / Roovers, R.C. / Cambillau, C. / Spinelli, S. / Del-Favero, J. / Verrips, T. / de Haard, H.J. / Achour, I.
履歴
登録2014年9月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年6月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年7月15日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: Anti CD70 Llama glama Fab 27B3 Light chain
H: Anti CD70 Llama glama Fab 27B3 Heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,3814
ポリマ－47,2492
非ポリマー1322
水10,215567
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3850 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area19030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.570, 66.880, 125.420
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: 抗体 Anti CD70 Llama glama Fab 27B3 Light chain


分子量: 22905.357 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Llama glama (ラマ) / Cell (発現宿主): Ovary
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#2: 抗体 Anti CD70 Llama glama Fab 27B3 Heavy chain


分子量: 24343.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Llama Glama (ラマ) / Cell (発現宿主): Ovary
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 567 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.4 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 2M Ammonium sulphate (Sigma-Aldrich, A4418) and 0.15 M Na citrate pH 5.5 (Sigma-Aldrich, PHR1416). , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.931 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年7月4日
放射モノクロメーター: Kirkpatrick-Baez pair of bi-morph mirrors plus channel cut cryogenically cooled monochromator crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.746→65 Å / Num. all: 55037 / Num. obs: 55037 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 16.4
反射 シェル解像度: 1.746→1.85 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.6 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 8761 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOLREP位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2VXS

2vxs


解像度: 1.746→62.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 3.335 / SU ML: 0.057 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.095 / ESU R Free: 0.091 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18499 2753 5 %RANDOM
Rwork0.16278 ---
all0.16391 52290 --
obs0.16391 52290 99.91 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.206 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.14 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.6 Å20 Å2
3----0.53 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.09 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.746→62.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3235 0 7 567 3809
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.023502
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022274
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2741.9544821
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.79735624
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6065474
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.79124.882127
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.78815532
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.7961510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.2550
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0214034
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02676
LS精密化 シェル解像度: 1.746→1.791 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.22 190 -
Rwork0.217 3535 -
obs--99.84 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.7087-0.1443-1.25681.69090.53385.6164-0.2467-0.19030.14060.02090.1605-0.3182-0.51240.59260.08620.1649-0.0625-0.0720.1023-0.00370.116-7.42512.252-59.533
21.5788-0.12080.48842.24511.28782.9648-0.1068-0.11380.06240.1353-0.03560.1159-0.1309-0.0670.14240.0444-0.0093-0.0220.02370.01280.0372-16.8314.773-63.576
34.7299-0.3133-0.01542.26670.20533.9227-0.1930.00340.2422-0.21030.04830.0088-0.5777-0.14620.14480.1694-0.003-0.06760.01850.01420.0495-17.17613.3-67.381
41.0616-1.1071-0.89422.34052.23824.7116-0.2044-0.0895-0.0310.00950.06910.0307-0.20310.07710.13520.0975-0.0003-0.02490.04680.01870.0725-13.4396.897-59.928
51.9867-2.13860.54453.1339-0.90170.8432-0.091-0.119-0.02530.02340.0638-0.0006-0.0308-0.07680.02720.02660.0095-0.00520.0315-0.01350.0405-0.34-0.046-36.017
61.7609-0.89390.05493.06780.04120.6344-0.02510.06550.0503-0.1434-0.0537-0.1909-0.05820.00130.07880.03670.00950.01070.02170.0040.0263.9790.615-40.698
72.2632-0.3050.57670.6836-0.17150.4441-0.0389-0.1262-0.12660.02320.06040.0640.0422-0.0793-0.02150.0196-0.00620.00920.05020.00030.0428-20.706-17.176-60.875
81.84630.12010.30551.8847-0.71041.1146-0.0516-0.03950.02410.08430.0142-0.16-0.09670.05690.03740.0364-0.0073-0.00760.0504-0.00510.0531-13.212-8.107-63.813
93.34390.44121.50630.70620.01621.3228-0.05950.1592-0.0903-0.07690.0272-0.0190.02470.1250.03230.0223-0.01210.01340.069-0.01740.0406-12.997-16.481-71.998
100.9959-0.25210.40250.5896-0.08380.6788-0.0912-0.05270.023-0.04920.0564-0.0101-0.0428-0.00270.03480.0222-0.0082-0.00370.0421-0.0040.0358-15.994-10.524-64.277
110.3560.17090.18270.70120.8461.49710.0840.0070.0189-0.0236-0.0112-0.05140.0147-0.0447-0.07280.0573-0.00420.01190.0253-0.01280.041-3.464-10.303-32.574
120.60740.36360.05950.98710.51111.53990.0759-0.0259-0.0160.0966-0.08020.04740.0344-0.03220.00430.0321-0.00190.01370.0233-0.01930.0352-6.032-9.641-26.542
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1L2 - 30
2X-RAY DIFFRACTION2L31 - 50
3X-RAY DIFFRACTION3L51 - 75
4X-RAY DIFFRACTION4L76 - 110
5X-RAY DIFFRACTION5L111 - 150
6X-RAY DIFFRACTION6L151 - 212
7X-RAY DIFFRACTION7H1 - 30
8X-RAY DIFFRACTION8H31 - 50
9X-RAY DIFFRACTION9H51 - 75
10X-RAY DIFFRACTION10H76 - 118
11X-RAY DIFFRACTION11H119 - 160
12X-RAY DIFFRACTION12H161 - 224

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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