PDB-4r83: Crystal structure of Sialyltransferase from Photobacterium damsela

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4r83

タイトル

Crystal structure of Sialyltransferase from Photobacterium damsela

要素

Sialyltransferase 0160

キーワード

TRANSFERASE / Rossmann Fold / glycosyltransferase GT-B structural group

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of phosphate metabolic process / phosphate ion transport / intracellular phosphate ion homeostasis / glycosyltransferase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Photobacterium damselae (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.93 Å

データ登録者

Fisher, A.J. / Chen, X. / Li, Y. / Huynh, N.

引用

ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2014
タイトル: Crystal structures of sialyltransferase from Photobacterium damselae.
著者: Huynh, N. / Li, Y. / Yu, H. / Huang, S. / Lau, K. / Chen, X. / Fisher, A.J.

履歴

登録	2014年8月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年12月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年12月17日	Group: Database references
改定 1.2	2015年1月14日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4r83.cif.gz	791.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4r83.ent.gz	658 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4r83.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4r83_validation.pdf.gz	465.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4r83_full_validation.pdf.gz	479.8 KB	表示
XML形式データ	4r83_validation.xml.gz	78.3 KB	表示
CIF形式データ	4r83_validation.cif.gz	113.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r8/4r83 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r8/4r83	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4r84C 4r9vC 2z4tS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4r84-4 4r84-1 4r84-2 6xj7-d 5xf7-d 4qaw-3 4g3e-d 5sy5-1 6m4w-1 2182 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Sialyltransferase 0160

B: Sialyltransferase 0160

C: Sialyltransferase 0160

D: Sialyltransferase 0160

ヘテロ分子

227 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Sialyltransferase 0160

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
56.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Sialyltransferase 0160

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
56.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Sialyltransferase 0160

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
56.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: Sialyltransferase 0160

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
56.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.670, 81.340, 111.840
Angle α, β, γ (deg.)	98.60, 92.76, 100.85
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Sialyltransferase 0160 分子量: 56832.145 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 16-497 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Photobacterium damselae (バクテリア) 遺伝子: bst / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: O66375, beta-galactoside alpha-(2,6)-sialyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1395 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.9 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 20% PEG 6000, 0.2M sodium chloride, 0.1M HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2011年5月23日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.93→50 Å / Num. all: 156324 / Num. obs: 156324 / % possible obs: 94.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2 % / B_iso Wilson estimate: 31.9 Å² / R_merge(I) obs: 0.029 / Net I/σ(I): 18.42
反射シェル	解像度: 1.93→1.98 Å / 冗長度: 2 % / R_merge(I) obs: 0.397 / Mean I/σ(I) obs: 2.16 / Num. unique all: 11570 / % possible all: 94

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.9_1692)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 2Z4T

2z4t

解像度: 1.93→34.839 Å / SU ML: 0.22 / σ(F): 0 / 位相誤差: 24.47 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2192	7869	5.04 %	Random
R_work	0.1787	-	-	-
obs	0.1807	156282	94.19 %	-
all	-	156282	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

Refine analyze

Luzzati sigma a obs: 0.22 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.93→34.839 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15155	0	4	1395	16554

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	15666
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.076	21389
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.487	5703
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.046	2381
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	2783

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.93-1.9519	0.3165	279	0.2775	4938	X-RAY DIFFRACTION	94
1.9519-1.9749	0.3048	268	0.2723	4884	X-RAY DIFFRACTION	94
1.9749-1.999	0.2922	261	0.263	5014	X-RAY DIFFRACTION	95
1.999-2.0243	0.3193	248	0.2566	4999	X-RAY DIFFRACTION	94
2.0243-2.0509	0.2737	262	0.2449	4898	X-RAY DIFFRACTION	94
2.0509-2.079	0.2848	271	0.2343	4962	X-RAY DIFFRACTION	94
2.079-2.1087	0.2825	269	0.2329	4944	X-RAY DIFFRACTION	95
2.1087-2.1401	0.2627	258	0.2287	4997	X-RAY DIFFRACTION	95
2.1401-2.1736	0.2705	250	0.2157	4999	X-RAY DIFFRACTION	95
2.1736-2.2092	0.2728	242	0.2096	4971	X-RAY DIFFRACTION	95
2.2092-2.2473	0.2524	273	0.2067	4979	X-RAY DIFFRACTION	94
2.2473-2.2882	0.2552	271	0.2154	4920	X-RAY DIFFRACTION	94
2.2882-2.3322	0.2528	273	0.2028	4990	X-RAY DIFFRACTION	95
2.3322-2.3798	0.2448	268	0.1963	5022	X-RAY DIFFRACTION	95
2.3798-2.4315	0.2546	273	0.2008	4960	X-RAY DIFFRACTION	95
2.4315-2.488	0.2408	248	0.1944	5041	X-RAY DIFFRACTION	95
2.488-2.5502	0.2505	279	0.1983	4931	X-RAY DIFFRACTION	95
2.5502-2.6192	0.2412	284	0.1948	4998	X-RAY DIFFRACTION	95
2.6192-2.6962	0.2653	277	0.1967	5015	X-RAY DIFFRACTION	95
2.6962-2.7832	0.2477	254	0.1916	4962	X-RAY DIFFRACTION	95
2.7832-2.8826	0.2344	259	0.1941	4983	X-RAY DIFFRACTION	95
2.8826-2.998	0.224	266	0.1922	4994	X-RAY DIFFRACTION	95
2.998-3.1343	0.2427	261	0.1918	4995	X-RAY DIFFRACTION	95
3.1343-3.2995	0.2335	262	0.1817	4955	X-RAY DIFFRACTION	95
3.2995-3.506	0.2097	239	0.1724	4983	X-RAY DIFFRACTION	94
3.506-3.7764	0.1883	253	0.1593	4965	X-RAY DIFFRACTION	94
3.7764-4.1559	0.1803	268	0.1474	4849	X-RAY DIFFRACTION	93
4.1559-4.756	0.1528	266	0.1256	4828	X-RAY DIFFRACTION	92
4.756-5.9871	0.1674	265	0.1389	4820	X-RAY DIFFRACTION	92
5.9871-34.8449	0.1902	222	0.1517	4617	X-RAY DIFFRACTION	87

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2206	0.147	-0.1136	0.8778	-0.1135	0.6988	0.0493	0.3912	0.0702	-0.372	-0.3938	-0.4012	0.2423	0.5437	0.2184	0.395	0.2417	0.1534	0.7249	0.1609	0.3641	45.0893	15.9156	71.2911
2	2.0711	-0.1878	-0.6816	0.941	-0.3169	0.9553	0.0251	-0.0534	-0.0569	0.0263	-0.1188	0.0142	0.0857	0.0937	0.1076	0.2549	0.036	0.0041	0.2314	-0.0188	0.1894	24.9144	11.312	97.3332
3	2.7036	0.2782	0.1156	0.9147	-0.1135	0.5719	0.0592	0.1826	0.0948	0.0181	-0.0378	0.1874	0.0905	-0.0615	-0.0066	0.2852	0.0376	0.0002	0.1937	-0.0416	0.2207	9.5697	13.8118	97.8816
4	1.8877	-0.4172	-0.4438	1.5496	-0.4185	0.6443	-0.4978	-0.1842	-0.1178	0.6555	0.4071	-0.1202	0.2009	0.0103	0.0494	0.6523	0.0988	-0.111	0.5237	-0.2084	0.6556	-12.9249	-4.5319	99.5316
5	1.0002	0.0616	-0.9662	0.7902	-0.3882	1.0366	-0.2819	0.218	-0.5781	0.0236	0.281	-0.1385	0.4551	-0.1181	-0.0042	0.509	0.0134	-0.0363	0.4391	-0.1925	0.6398	-2.153	-4.9083	95.321
6	1.5738	0.5224	0.4525	2.1216	0.1578	3.2758	0.1874	-0.124	-0.0258	0.373	0.2514	-0.0265	0.3778	0.0701	-0.4078	0.3236	0.0466	-0.0191	0.3336	-0.0134	0.4619	-8.9068	10.1153	103.8664
7	0.9033	-0.2836	0.1392	0.7625	0.2261	2.8043	-0.4709	-0.2343	-0.2602	0.4414	0.1318	0.1988	0.5318	0.0863	0.2305	0.493	0.0511	0.1093	0.5534	0.1339	0.4173	28.7078	16.0707	48.6889
8	2.2588	-0.0372	-0.9388	0.9422	0.2312	1.1215	-0.1138	0.1413	-0.1319	0.0742	0.1255	0.2031	0.0816	-0.3442	-0.0297	0.2361	-0.0399	-0.0181	0.4298	0.1157	0.3253	36.2757	20.8654	29.6862
9	2.1964	-1.0854	-0.3785	1.2137	-0.3341	0.9456	0.0179	-0.1687	0.0667	-0.0813	0.1281	0.0132	0.0129	-0.074	-0.1346	0.2409	-0.0437	-0.0173	0.2631	-0.0039	0.2489	60.1716	26.8677	21.7441
10	1.4084	0.3425	-0.2181	2.5005	0.1005	2.0331	-0.1616	0.2128	0.0971	-0.5065	0.1349	0.249	0.1316	0.264	0.0301	0.4444	-0.034	-0.0112	0.3392	0.1015	0.3808	77.6594	8.2031	16.7722
11	1.2989	-0.1529	-0.4469	2.0671	0.1465	2.4544	0.0239	-0.1753	0.1439	-0.1407	0.1082	0.1985	0.1686	-0.1762	-0.1122	0.2047	-0.0593	0.0097	0.3198	0.0341	0.2847	78.8758	24.381	15.5991
12	0.8146	-0.0044	-0.0457	0.6644	-0.0334	1.2798	-0.0457	-0.2577	-0.1316	0.3267	-0.0688	0.2563	0.114	-0.2621	0.0627	0.3786	-0.0813	0.0884	0.3578	0.0105	0.3317	71.129	-11.9064	-8.7849
13	1.4476	-0.039	0.1584	1.3068	-0.0455	1.1293	-0.0237	0.0184	0.015	-0.0922	0.0956	0.0111	-0.0214	-0.0238	-0.067	0.1876	-0.0006	-0.0093	0.2081	-0.0112	0.1761	92.9051	-3.4274	-34.3164
14	1.8225	0.2178	-0.0684	1.6025	-0.0232	0.8376	-0.1956	0.0459	-0.1771	-0.1346	0.0299	-0.1425	0.0156	0.227	0.1361	0.3355	-0.0192	-0.0454	0.2882	0.0703	0.3011	116.6058	-23.6535	-35.1324
15	1.4825	0.4718	-1.0009	1.3788	-0.906	1.1204	-0.0483	-0.0742	-0.0479	-0.2289	0.0453	0.2032	0.0929	0.0674	-0.0207	0.2952	-0.0279	-0.0618	0.2481	0.0577	0.287	117.4237	-20.2414	-38.3842
16	2.708	-0.5829	-0.7615	1.4547	0.2937	3.4121	0.0646	-0.3687	0.3496	-0.0418	0.0422	-0.1677	-0.3994	-0.0754	-0.0882	0.2266	-0.0218	0.0197	0.282	-0.0585	0.2922	123.9615	-4.9671	-38.7297
17	1.199	0.2386	-0.7653	0.7674	-0.1934	1.1643	-0.0629	0.1605	-0.2602	-0.3201	-0.1154	-0.3297	0.1565	0.1833	0.144	0.3738	0.0615	0.1078	0.4174	0.0472	0.3916	85.7835	-13.1396	20.457
18	2.4703	-0.2985	0.1193	1.1137	0.351	1.3738	-0.2782	0.415	-0.3896	-0.2559	0.0489	-0.0569	0.2235	-0.1445	0.1759	0.3164	-0.0456	0.0639	0.2983	-0.002	0.2788	65.3456	-23.9991	38.0611
19	1.4292	0.3478	-0.1421	1.4719	-0.5218	1.3431	-0.1681	0.0041	-0.3891	-0.0021	-0.2128	-0.3742	0.256	0.4428	0.3431	0.3071	0.0419	0.0684	0.3586	0.106	0.3554	73.1151	-23.0248	45.8355
20	1.7146	-0.3978	0.1263	1.4105	-0.2511	2.2403	-0.1589	-0.2655	0.0055	0.1615	0.0421	0.0967	-0.2296	-0.1391	0.0525	0.2497	0.03	-0.0188	0.2232	0.0094	0.2002	61.4278	-11.0405	51.747
21	2.1551	0.1185	0.0275	1.0718	-0.6364	1.442	-0.2354	-0.1459	0.4285	0.1218	0.1124	0.2095	-0.496	-0.3052	0.1012	0.3469	0.0779	-0.0531	0.2835	-0.0109	0.3269	57.3884	-4.2939	50.7087
22	1.2937	-0.322	0.5039	1.6518	-0.0069	0.2557	0.115	0.3088	-0.5469	-0.7449	0.1566	0.4574	0.2874	-0.3292	-0.1952	0.601	-0.0646	-0.2128	0.508	-0.0731	0.5403	47.8874	-30.3978	32.7793
23	0.5669	0.0504	0.209	0.2121	0.214	0.2765	-0.0077	0.1589	-0.0824	0.9398	0.3768	-0.336	0.6021	-0.7558	-0.0903	1.1422	-0.1592	-0.3858	0.8872	0.1096	0.8358	28.1735	-34.2866	46.2488
24	0.4769	0.4557	-0.4338	0.5058	-0.3017	0.4364	0.7464	-0.1194	-0.3226	-0.0381	0.3106	0.6682	1.0391	-0.0209	-0.494	0.8003	-0.1761	-0.4516	0.5769	-0.0272	0.9677	41.9612	-35.0576	39.3262
25	0.9223	0.3622	0.4466	1.2901	0.4273	0.894	0.2635	-0.0931	-0.3015	0.7283	0.7049	-0.2955	0.466	-0.3395	-0.6304	0.7158	-0.0012	-0.2247	0.6072	0.0969	0.8507	36.2706	-23.4519	47.4314
26	1.9613	0.0585	0.2914	1.8504	-0.5386	2.4006	0.0293	-0.3112	-0.1119	0.3793	0.4147	0.5487	0.6255	-0.9338	-0.2603	0.3909	-0.0568	0.0117	0.8115	0.2492	0.656	32.3992	-17.2837	50.7076

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 24 through 98 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 99 through 245 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 246 through 366 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 367 through 404 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 405 through 443 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 444 through 497 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 25 through 52 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 53 through 218 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 219 through 366 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 367 through 443 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 444 through 497 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 24 through 122 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 123 through 313 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 314 through 393 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 394 through 469 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 470 through 497 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 24 through 122 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 123 through 154 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 155 through 198 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 199 through 245 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 246 through 313 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 314 through 363 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 364 through 394 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 395 through 438 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 439 through 469 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 470 through 497 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)