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万見
- PDB-4r0r: Ebolavirus GP Prehairpin Intermediate Mimic -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4r0r
タイトルEbolavirus GP Prehairpin Intermediate Mimic
要素eboIZN21
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / coiled-coil / N-trimer / prehairpin intermediate
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Clinton, T.R. / Weinstock, M.T. / Jacobsen, M.T. / Szabo-Fresnais, N. / Pandya, M.J. / Whitby, F.G. / Herbert, A.S. / Prugar, L.I. / McKinnon, R. / Hill, C.P. ...Clinton, T.R. / Weinstock, M.T. / Jacobsen, M.T. / Szabo-Fresnais, N. / Pandya, M.J. / Whitby, F.G. / Herbert, A.S. / Prugar, L.I. / McKinnon, R. / Hill, C.P. / Welch, B.D. / Dye, J.M. / Eckert, D.M. / Kay, M.S.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2015
タイトル: Design and characterization of ebolavirus GP prehairpin intermediate mimics as drug targets.
著者: Clinton, T.R. / Weinstock, M.T. / Jacobsen, M.T. / Szabo-Fresnais, N. / Pandya, M.J. / Whitby, F.G. / Herbert, A.S. / Prugar, L.I. / McKinnon, R. / Hill, C.P. / Welch, B.D. / Dye, J.M. / Eckert, D.M. / Kay, M.S.
履歴
登録2014年8月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年10月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月15日Group: Database references
改定 1.22024年4月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: eboIZN21


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,6221
ポリマ－5,6221
非ポリマー00
水1086
1
A: eboIZN21

A: eboIZN21

A: eboIZN21


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,8653
ポリマ－16,8653
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
Buried area5000 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area9980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.510, 38.510, 72.588
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number150
Space group name H-MP321
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-604-

HOH

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要素

#1: タンパク質・ペプチド eboIZN21


分子量: 5621.546 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.5 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Synthetic peptide (protein) eboIZN21 dissolved in ddH2O at 10 mg/ml mixed in 2:1 protein:well buffer ratio with 30% (v/v) 1,2-propanediol, 100 mM HEPES pH 7.5, 20% (v/v) PEG-400 at 4 degrees ...詳細: Synthetic peptide (protein) eboIZN21 dissolved in ddH2O at 10 mg/ml mixed in 2:1 protein:well buffer ratio with 30% (v/v) 1,2-propanediol, 100 mM HEPES pH 7.5, 20% (v/v) PEG-400 at 4 degrees Celcius (277 K), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年5月18日
放射モノクロメーター: Synchrotron / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→40 Å / Num. obs: 3680 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 25.6 % / Biso Wilson estimate: 47.66 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Χ2: 1.091 / Net I/σ(I): 16.7
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.15-2.2314.90.9143471.172199.7
2.23-2.3216.50.7893421.51199.7
2.32-2.4219.70.4153701.157199.7
2.42-2.55230.4043581.031100
2.55-2.7123.40.2593561.0941100
2.71-2.9224.10.1633641.0381100
2.92-3.21250.113731.0541100
3.21-3.6827.70.0773660.9551100
3.68-4.6337.30.0493811.051100
4.63-4040.50.0364231.0961100

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: CANONICAL HELICAL MODEL OF IZN AND N-TRIMER MODEL

解像度: 2.15→19.585 Å / SU ML: 0.37 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 42.49 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2937 355 9.76 %random
Rwork0.2724 ---
obs0.2742 3636 98.59 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 164.59 Å2 / Biso mean: 69.015 Å2 / Biso min: 40.63 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→19.585 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数396 0 0 6 402
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.002397
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.503528
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.02162
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00166
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.524163
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 3

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.15-2.4610.43191130.31551066117999
2.461-3.09870.32131120.304510861198100
3.0987-19.5850.26631300.25591129125997

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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