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万見
- PDB-4r61: Crystal structure of a rationally designed single-chain protein m... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4r61
タイトルCrystal structure of a rationally designed single-chain protein mimicking a trimeric gp41 N-terminal heptad-repeat region
要素gp41-based construct covNHR3-ABC
キーワードVIRAL PROTEIN / coiled-coil
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Camara-Artigas, A. / Conejero-Lara, F. / Crespillo, S. / Casares, S.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: Single-chain protein mimetics of the N-terminal heptad-repeat region of gp41 with potential as anti-HIV-1 drugs.
著者: Crespillo, S. / Camara-Artigas, A. / Casares, S. / Morel, B. / Cobos, E.S. / Mateo, P.L. / Mouz, N. / Martin, C.E. / Roger, M.G. / El Habib, R. / Su, B. / Moog, C. / Conejero-Lara, F.
履歴
登録2014年8月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年12月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月24日Group: Database references
改定 1.22015年1月14日Group: Database references
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: gp41-based construct covNHR3-ABC


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,2651
ポリマ－20,2651
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.956, 57.956, 257.671
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

#1: タンパク質 gp41-based construct covNHR3-ABC


分子量: 20265.139 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.14 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 2 M sodium chloride, 0.1 M sodium acetate trihydrate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンESRF ID2910.96869
シンクロトロンALBA XALOC20.97926
検出器
タイプID検出器日付詳細
DECTRIS PILATUS 6M1PIXEL2014年2月10日cylindrical grazing incidence mirror
DECTRIS PILATUS 6M2PIXEL2013年10月24日KB focusing mirrors
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1liquid nitrogen-cooled channel-cut Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2channel-cut Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.968691
20.979261
Reflection冗長度: 8.6 % / 数: 28217 / Rmerge(I) obs: 0.09 / D res high: 3.1 Å / D res low: 19.8 Å / Num. obs: 3278 / % possible obs: 99.6 / Rejects: 634
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)IDRmerge(I) obsRedundancy
3.13.3110.3278
8.7719.810.0249.1
反射解像度: 3.1→19.8 Å / Num. all: 5202 / Num. obs: 3278 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.6 % / Biso Wilson estimate: 44.52 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 130.8 / Scaling rejects: 634
反射 シェル

Diffraction-ID: 1,2

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique all% possible all
3.1-3.3180.32741.94637582100
8.77-19.89.10.024357.2143015891.7

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
Aimless0.2.17データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.8.4_1496精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
BsxCuBEデータ収集
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2XRA

2xra


解像度: 3.1→17.803 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.91 / σ(I): 0 / 位相誤差: 30.83 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2893 314 5.54 %RANDOM
Rwork0.2469 ---
all0.2495 ---
obs-3211 96.76 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 198.97 Å2 / Biso mean: 72.45 Å2 / Biso min: 12.99 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→17.803 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1141 0 0 0 1141
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0051147
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5861538
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.027179
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002201
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.109456
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 2

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.1-3.8990.31171520.29222642279495
3.899-17.80290.2731620.21652712287498

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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