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万見
- PDB-5d5z: Structure of Chaetomium thermophilum Skn7 coiled-coil domain, cry... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5d5z
タイトルStructure of Chaetomium thermophilum Skn7 coiled-coil domain, crystal form II
要素Putative transcription factor
キーワードTRANSCRIPTION / coiled-coil
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphorelay signal transduction system / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
HSF-type DNA-binding domain signature. / Heat shock factor (HSF)-type, DNA-binding / HSF-type DNA-binding / heat shock factor / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcription factor SKN7
類似検索 - 構成要素
生物種Chaetomium thermophilum (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Neudegger, T. / Verghese, J. / Hayer-Hartl, M. / Bracher, A. / Hartl, F.U.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2016
タイトル: Structure of human heat-shock transcription factor 1 in complex with DNA.
著者: Neudegger, T. / Verghese, J. / Hayer-Hartl, M. / Hartl, F.U. / Bracher, A.
履歴
登録2015年8月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年12月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年1月13日Group: Database references
改定 1.22016年1月20日Group: Structure summary
改定 1.32016年2月10日Group: Database references
改定 1.42024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative transcription factor
B: Putative transcription factor
C: Putative transcription factor
D: Putative transcription factor
E: Putative transcription factor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,5535
ポリマ－28,5535
非ポリマー00
水2,180121
1
A: Putative transcription factor
B: Putative transcription factor
C: Putative transcription factor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,1323
ポリマ－17,1323
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5540 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area9040 Å2
手法PISA
2
D: Putative transcription factor
E: Putative transcription factor

D: Putative transcription factor
E: Putative transcription factor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,8424
ポリマ－22,8424
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area8680 Å2
ΔGint-85 kcal/mol
Surface area10850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.004, 61.027, 75.794
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-319-

HOH

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要素

#1: タンパク質・ペプチド
Putative transcription factor / CtSkn7


分子量: 5710.513 Da / 分子数: 5 / 断片: UNP residues 160-209 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (菌類) / 遺伝子: CTHT_0048700 / プラスミド: pHUE / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta 2 / 参照: UniProt: G0SB31
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 121 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.39 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 21 % PEG-6000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年2月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→47.53 Å / Num. obs: 24701 / % possible obs: 99.94 % / 冗長度: 8.8 % / Biso Wilson estimate: 23.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.104 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル解像度: 1.7→1.79 Å / 冗長度: 9.1 % / Rmerge(I) obs: 0.808 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 98.3

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation47.53 Å2.8 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimlessデータスケーリング
MOLREP11.0.05位相決定
REFMAC2.7.029精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5D5Y

5d5y


解像度: 1.7→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.906 / WRfactor Rfree: 0.2988 / WRfactor Rwork: 0.2237 / FOM work R set: 0.7969 / SU B: 2.853 / SU ML: 0.096 / SU R Cruickshank DPI: 0.135 / SU Rfree: 0.1474 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.135 / ESU R Free: 0.147 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2853 1259 5.1 %RANDOM
Rwork0.2094 ---
obs0.2131 23400 99.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 94.01 Å2 / Biso mean: 34.714 Å2 / Biso min: 14.75 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.45 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.19 Å20 Å2
3----2.65 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.7→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1967 0 0 121 2088
Biso mean---37.98 -
残基数----249
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.021968
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.021994
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9811.9772644
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9873.0014567
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.9145244
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg42.40428.46998
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.20315422
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.732155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1340.2324
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.022277
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02420
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.378 96 -
Rwork0.308 1696 -
all-1792 -
obs--99.67 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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