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万見
- PDB-4qq6: Crystal Structure of tudor domain of SMN1 in complex with a small... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4qq6
タイトルCrystal Structure of tudor domain of SMN1 in complex with a small organic molecule
要素Survival motor neuron protein
キーワードRNA BINDING PROTEIN / structural genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


Gemini of coiled bodies / SMN complex / SMN-Sm protein complex / spliceosomal complex assembly / spliceosomal snRNP assembly / Cajal body / DNA-templated transcription termination / Z disc / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / nervous system development ...Gemini of coiled bodies / SMN complex / SMN-Sm protein complex / spliceosomal complex assembly / spliceosomal snRNP assembly / Cajal body / DNA-templated transcription termination / Z disc / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / nervous system development / snRNP Assembly / SARS-CoV-2 modulates host translation machinery / perikaryon / nuclear body / neuron projection / axon / RNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
SMN complex subunit Smn1 / : / Survival Motor Neuron, YG-box / Survival Motor Neuron, Gemin2-binding domain / : / Survival motor neuron, Tudor domain / Survival motor neuron protein (SMN), Tudor domain / Tudor domain profile. / Tudor domain / Tudor domain ...SMN complex subunit Smn1 / : / Survival Motor Neuron, YG-box / Survival Motor Neuron, Gemin2-binding domain / : / Survival motor neuron, Tudor domain / Survival motor neuron protein (SMN), Tudor domain / Tudor domain profile. / Tudor domain / Tudor domain / SH3 type barrels. - #140 / SH3 type barrels. / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-36X / Survival motor neuron protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Liu, Y. / Tempel, W. / Iqbal, A. / Walker, J.R. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Brown, P.J. / Min, J. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: A small molecule antagonist of SMN disrupts the interaction between SMN and RNAP II.
著者: Liu, Y. / Iqbal, A. / Li, W. / Ni, Z. / Wang, Y. / Ramprasad, J. / Abraham, K.J. / Zhang, M. / Zhao, D.Y. / Qin, S. / Loppnau, P. / Jiang, H. / Guo, X. / Brown, P.J. / Zhen, X. / Xu, G. / ...著者: Liu, Y. / Iqbal, A. / Li, W. / Ni, Z. / Wang, Y. / Ramprasad, J. / Abraham, K.J. / Zhang, M. / Zhao, D.Y. / Qin, S. / Loppnau, P. / Jiang, H. / Guo, X. / Brown, P.J. / Zhen, X. / Xu, G. / Mekhail, K. / Ji, X. / Bedford, M.T. / Greenblatt, J.F. / Min, J.
履歴
登録2014年6月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年8月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年10月5日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / diffrn_source / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.type / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Survival motor neuron protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,5985
ポリマ－7,4091
非ポリマー1884
水46826
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)27.789, 27.789, 112.817
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number170
Space group name H-MP65
詳細THE BIOLOGICAL UNIT IS UNKNOWN

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要素

#1: タンパク質 Survival motor neuron protein / Component of gems 1 / Gemin-1


分子量: 7409.304 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 82-147 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SMN1, SMN, SMNT, SMN2, SMNC / プラスミド: pET28-MHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-V2R-pRARE2 / 参照: UniProt: Q16637
#2: 化合物 ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 3 / 由来タイプ: 合成
#3: 化合物 ChemComp-36X / 4-methyl-2,3,4,5,6,7-hexahydrodicyclopenta[b,e]pyridin-8(1H)-imine


分子量: 188.269 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H16N2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 27.53 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 2M ammonium sulfate, 0.2M potassium/sodium tartrate, 0.1M sodium citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN A200 / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→37.61 Å / Num. obs: 5006 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.5 % / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 19.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique all% possible all
1.75-1.7910.30.8062.92917283100
8.75-37.619.20.03253.94244699.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
Aimless0.3.3データスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1MHN

1mhn


解像度: 1.75→24.07 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / WRfactor Rfree: 0.2294 / WRfactor Rwork: 0.1496 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.7967 / SU B: 3.803 / SU ML: 0.115 / SU R Cruickshank DPI: 0.1368 / SU Rfree: 0.1482 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.137 / ESU R Free: 0.148 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: Model is based on initial rigid body refinement of protein coordinates from PDB entry 1MHN. SMILES(CN1C2=C(CCC2)C(=N)C2=C1CCC2) represents the uncharged form of the ligand. Geometry ...詳細: Model is based on initial rigid body refinement of protein coordinates from PDB entry 1MHN. SMILES(CN1C2=C(CCC2)C(=N)C2=C1CCC2) represents the uncharged form of the ligand. Geometry restraints for the inhibitor were prepared on the GRADE server with SMILES(C[n+]1c2CCCc2c(N)c2CCCc12). We note that mogul (CSD) inferred the type of the C1-C2 bond in refined ligand coordinates as double, which would be inconsistent with any traditional hybridization state of C1. COOT and MOLPROBITY were also used during refinement.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2417 508 10.3 %RANDOM
Rwork0.1646 ---
obs0.1727 4942 99.64 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 72.38 Å2 / Biso mean: 26.6793 Å2 / Biso min: 14.92 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.67 Å20.33 Å20 Å2
2--0.67 Å2-0 Å2
3----2.17 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→24.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数454 0 17 26 497
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.02489
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02443
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6531.965671
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.87431027
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.883561
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.26125.45522
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.881578
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.7152
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1140.272
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02599
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02107
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.2132.43236
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.2072.433237
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.473.601293
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.795 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.306 33 -
Rwork0.246 319 -
all-352 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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