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- PDB-4qdj: Crystal structure of magnesium protoporphyrin IX methyltransferas... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4qdj
タイトルCrystal structure of magnesium protoporphyrin IX methyltransferase (ChlM) from Synechocystis PCC 6803 with bound SAM
要素Magnesium-protoporphyrin O-methyltransferase
キーワードTRANSFERASE / Methyltransferase / Magnesium protoporphyrin IX / S-adenosyl methionine
機能・相同性
機能・相同性情報


magnesium protoporphyrin IX methyltransferase / magnesium protoporphyrin IX methyltransferase activity / light-independent chlorophyll biosynthetic process / photosynthesis / methyltransferase activity / methylation
類似検索 - 分子機能
Magnesium-protoporphyrin IX methyltransferase / Magnesium-protoporphyrin IX methyltransferase, C-terminal / Magnesium-protoporphyrin IX methyltransferase C-terminus / Magnesium protoporphyrin IX methyltransferase (EC 2.1.1.11) family profile. / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYLMETHIONINE / Magnesium-protoporphyrin O-methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Synechocystis sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Chen, X. / Wang, X. / Liu, L.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Structural insights into the catalytic mechanism of Synechocystis magnesium protoporphyrin IX O-methyltransferase (ChlM).
著者: Chen, X. / Wang, X. / Feng, J. / Chen, Y. / Fang, Y. / Zhao, S. / Zhao, A. / Zhang, M. / Liu, L.
履歴
登録2014年5月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年8月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年8月19日Group: Database references
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Magnesium-protoporphyrin O-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,6703
ポリマ－26,1801
非ポリマー4912
水3,189177
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.319, 61.026, 68.892
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Magnesium-protoporphyrin O-methyltransferase / Magnesium-protoporphyrin IX methyltransferase


分子量: 26179.801 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Synechocystis sp. (バクテリア) / 株: PCC 6803 / 遺伝子: chlM, slr0525 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q55467, magnesium protoporphyrin IX methyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE


分子量: 398.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H22N6O5S
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 177 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.88 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.7
詳細: 0.1M MES pH 6.7, 10% PEG 3350, 200mM NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSSRF BL17U10.9793
シンクロトロンSSRF BL17U20.9793
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 315r1CCD2013年4月10日
ADSC QUANTUM 315r2CCD2013年6月28日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1double crystalSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2double crystalSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 27515 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 1.6→1.66 Å / % possible all: 84.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)モデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.8.1_1168位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.6→33.514 Å / SU ML: 0.13 / σ(F): 1.41 / 位相誤差: 16.41 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1797 1383 5.04 %RANDOM
Rwork0.1415 ---
all0.1434 28069 --
obs0.1434 27466 97.85 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→33.514 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1598 0 33 177 1808
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0031708
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.842329
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.513635
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055266
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003300
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.6002-1.65740.20891090.1176218784
1.6574-1.72380.17731240.1218253497
1.7238-1.80220.1941340.11782660100
1.8022-1.89730.17091410.12162623100
1.8973-2.01610.17631520.1252620100
2.0161-2.17170.16041610.11892638100
2.1717-2.39020.17451470.12722638100
2.3902-2.7360.17911430.14372684100
2.736-3.44650.20091300.15332721100
3.4465-33.52110.17581420.1653277898

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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