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基本情報
| 登録情報 | データベース: PDB / ID: 5w8m | ||||||||||||
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| タイトル | Crystal structure of Chaetomium thermophilum Vps29 | ||||||||||||
要素 | Vacuolar protein sorting-associated protein 29 | ||||||||||||
キーワード | ENDOCYTOSIS / endosome / retromer / vps29 | ||||||||||||
| 機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||||||||
| 生物種 | Chaetomium thermophilum (菌類) | ||||||||||||
| 手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.52 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Collins, B.M. / Leneva, N. | ||||||||||||
| 資金援助 | オーストラリア, 3件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2018タイトル: Structure of the membrane-assembled retromer coat determined by cryo-electron tomography. 著者: Oleksiy Kovtun / Natalya Leneva / Yury S Bykov / Nicholas Ariotti / Rohan D Teasdale / Miroslava Schaffer / Benjamin D Engel / David J Owen / John A G Briggs / Brett M Collins / ![]() 要旨: Eukaryotic cells traffic proteins and lipids between different compartments using protein-coated vesicles and tubules. The retromer complex is required to generate cargo-selective tubulovesicular ...Eukaryotic cells traffic proteins and lipids between different compartments using protein-coated vesicles and tubules. The retromer complex is required to generate cargo-selective tubulovesicular carriers from endosomal membranes. Conserved in eukaryotes, retromer controls the cellular localization and homeostasis of hundreds of transmembrane proteins, and its disruption is associated with major neurodegenerative disorders. How retromer is assembled and how it is recruited to form coated tubules is not known. Here we describe the structure of the retromer complex (Vps26-Vps29-Vps35) assembled on membrane tubules with the bin/amphiphysin/rvs-domain-containing sorting nexin protein Vps5, using cryo-electron tomography and subtomogram averaging. This reveals a membrane-associated Vps5 array, from which arches of retromer extend away from the membrane surface. Vps35 forms the 'legs' of these arches, and Vps29 resides at the apex where it is free to interact with regulatory factors. The bases of the arches connect to each other and to Vps5 through Vps26, and the presence of the same arches on coated tubules within cells confirms their functional importance. Vps5 binds to Vps26 at a position analogous to the previously described cargo- and Snx3-binding site, which suggests the existence of distinct retromer-sorting nexin assemblies. The structure provides insight into the architecture of the coat and its mechanism of assembly, and suggests that retromer promotes tubule formation by directing the distribution of sorting nexin proteins on the membrane surface while providing a scaffold for regulatory-protein interactions. | ||||||||||||
| 履歴 |
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構造の表示
| 構造ビューア | 分子: Molmil Jmol/JSmol |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
| PDBx/mmCIF形式 | 5w8m.cif.gz | 672 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
|---|---|---|---|---|
| PDB形式 | pdb5w8m.ent.gz | 568.8 KB | 表示 | PDB形式 |
| PDBx/mmJSON形式 | 5w8m.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
| その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
| 文書・要旨 | 5w8m_validation.pdf.gz | 487.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
|---|---|---|---|---|
| 文書・詳細版 | 5w8m_full_validation.pdf.gz | 496.9 KB | 表示 | |
| XML形式データ | 5w8m_validation.xml.gz | 57.6 KB | 表示 | |
| CIF形式データ | 5w8m_validation.cif.gz | 87 KB | 表示 | |
| アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w8/5w8m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w8/5w8m | HTTPS FTP |
-関連構造データ
| 関連構造データ | ![]() 0154C ![]() 0155C ![]() 0156C ![]() 0157C ![]() 0158C ![]() 0159C ![]() 0160C ![]() 0161C ![]() 0162C ![]() 0163C ![]() 6h7wC ![]() 1w24S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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| 類似構造データ |
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リンク
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集合体
| 登録構造単位 | ![]()
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| 単位格子 |
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要素
| #1: タンパク質 | 分子量: 22387.654 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (菌類) / 発現宿主: ![]() #2: 化合物 | ChemComp-PGE / | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
| 実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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試料調製
| 結晶 | マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.09 % |
|---|---|
| 結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8 詳細: 8% PEG20000, 8% PEG550MME, 0.2 M calcium acetate and 0.1 M Tris (pH 8.0) |
-データ収集
| 回折 | 平均測定温度: 100 K |
|---|---|
| 放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 1 Å |
| 検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月1日 |
| 放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
| 放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
| 反射 | 解像度: 1.52→48.8 Å / Num. obs: 184667 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.5 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Rpim(I) all: 0.057 / Net I/σ(I): 9.9 |
| 反射 シェル | 解像度: 1.52→1.55 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.707 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 8919 / CC1/2: 0.681 / Rpim(I) all: 0.431 / % possible all: 97.7 |
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解析
| ソフトウェア |
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| 精密化 | 構造決定の手法: 分子置換開始モデル: 1W24 解像度: 1.52→45.594 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 17.18
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| 溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.52→45.594 Å
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| 拘束条件 |
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| LS精密化 シェル |
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| 精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| 精密化 TLSグループ |
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