PDB-5w8m: Crystal structure of Chaetomium thermophilum Vps29

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5w8m

タイトル

Crystal structure of Chaetomium thermophilum Vps29

要素

Vacuolar protein sorting-associated protein 29

キーワード

ENDOCYTOSIS / endosome / retromer / vps29

機能・相同性

機能・相同性情報

retromer complex / retrograde transport, endosome to Golgi / protein transport / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Chaetomium thermophilum (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.52 Å

データ登録者

Collins, B.M. / Leneva, N.

資金援助

オーストラリア, 3件

組織	認可番号	国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)	APP1061574	オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)	APP1058734	オーストラリア
Australian Research Council (ARC)	DP160101743	オーストラリア

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2018
タイトル: Structure of the membrane-assembled retromer coat determined by cryo-electron tomography.
著者: Oleksiy Kovtun / Natalya Leneva / Yury S Bykov / Nicholas Ariotti / Rohan D Teasdale / Miroslava Schaffer / Benjamin D Engel / David J Owen / John A G Briggs / Brett M Collins /

要旨: Eukaryotic cells traffic proteins and lipids between different compartments using protein-coated vesicles and tubules. The retromer complex is required to generate cargo-selective tubulovesicular ...

履歴

登録	2017年6月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年6月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年10月3日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2018年10月10日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2019年2月20日	Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.5	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb5w8m.ent.gz	568.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5w8m.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5w8m_validation.pdf.gz	487.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5w8m_full_validation.pdf.gz	496.9 KB	表示
XML形式データ	5w8m_validation.xml.gz	57.6 KB	表示
CIF形式データ	5w8m_validation.cif.gz	87 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w8/5w8m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w8/5w8m	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	0154C 0155C 0156C 0157C 0158C 0159C 0160C 0161C 0162C 0163C 6h7wC 1w24S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3c0u-2 2v8y-2 6ms8-7 6ojd-4 6yvt-3 1wms-1 6vii-2 3e5h-d 6ff8-1 1ln3-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#225 - 2018年9月フィターゼ (Phytase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Vacuolar protein sorting-associated protein 29

B: Vacuolar protein sorting-associated protein 29

C: Vacuolar protein sorting-associated protein 29

D: Vacuolar protein sorting-associated protein 29

E: Vacuolar protein sorting-associated protein 29

F: Vacuolar protein sorting-associated protein 29

ヘテロ分子

135 kDa, 6 ポリマー
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1

A: Vacuolar protein sorting-associated protein 29

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
22.4 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Vacuolar protein sorting-associated protein 29

ヘテロ分子

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22.5 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Vacuolar protein sorting-associated protein 29

ヘテロ分子

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22.6 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Vacuolar protein sorting-associated protein 29

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22.4 kDa, 1 ポリマー
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5

E: Vacuolar protein sorting-associated protein 29

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
22.4 kDa, 1 ポリマー
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6

F: Vacuolar protein sorting-associated protein 29

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
22.4 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	65.460, 106.740, 88.118
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 95.45, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Vacuolar protein sorting-associated protein 29 分子量: 22387.654 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (菌類) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0RZB5
#2: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL 分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1462 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.09 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8 詳細: 8% PEG20000, 8% PEG550MME, 0.2 M calcium acetate and 0.1 M Tris (pH 8.0)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.52→48.8 Å / Num. obs: 184667 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.5 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.09 / R_pim(I) all: 0.057 / Net I/σ(I): 9.9
反射シェル	解像度: 1.52→1.55 Å / 冗長度: 7.2 % / R_merge(I) obs: 0.707 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 8919 / CC_1/2: 0.681 / R_pim(I) all: 0.431 / % possible all: 97.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1W24

1w24

解像度: 1.52→45.594 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 17.18

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1766	2000	1.08 %
R_work	0.1551	-	-
obs	0.1553	184620	99.85 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.52→45.594 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8895	0	22	1462	10379

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	9119
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.296	12378
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.443	3355
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.052	1448
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1571

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5194-1.5574	0.246	140	0.2287	12809	X-RAY DIFFRACTION	99
1.5574-1.5995	0.2294	143	0.2058	12993	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5995-1.6466	0.2442	142	0.1973	13032	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6466-1.6997	0.2074	142	0.1863	12980	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6997-1.7605	0.216	143	0.1797	13093	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7605-1.831	0.183	143	0.1732	12999	X-RAY DIFFRACTION	100
1.831-1.9143	0.1678	143	0.1575	13041	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9143-2.0152	0.1696	143	0.1455	13047	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0152-2.1415	0.1723	143	0.1444	13066	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1415-2.3068	0.19	143	0.1416	13060	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3068-2.5389	0.1819	143	0.1441	13067	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5389-2.9063	0.1577	144	0.1468	13088	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9063-3.6614	0.1643	143	0.1486	13133	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6614-45.6148	0.1582	145	0.1474	13212	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.1025	-0.7984	0.1278	7.2321	1.1706	2.7828	-0.0287	-0.0553	0.0033	0.1478	-0.0597	0.2089	0.1138	-0.3211	0.1177	0.0852	-0.0257	0.0077	0.1362	-0.0013	0.0398	48.3114	50.0409	57.9016
2	3.0241	-1.8039	0.3815	4.4546	-1.3013	0.5434	0.043	-0.1424	-0.2477	0.191	0.0572	0.4847	0.1983	-0.3218	-0.0553	0.1402	-0.0587	0.0256	0.1754	-0.0007	0.1439	47.0177	45.539	60.4031
3	1.5851	-0.1904	1.8775	3.3351	-3.5517	6.0789	-0.2078	-0.3547	0.2011	0.885	0.2567	0.1576	-0.7149	-0.3916	-0.1157	0.2782	0.0263	0.0154	0.1713	-0.0397	0.1487	55.3841	53.6969	71.6203
4	2.4214	-0.2851	0.0555	1.0879	-0.0686	1.2121	-0.0133	-0.0042	0.2385	0.0278	-0.0889	-0.1055	-0.1844	0.0842	0.0867	0.1161	-0.0342	-0.0081	0.0865	0.0046	0.0894	62.6929	52.8978	55.7453
5	7.3022	-4.0488	2.4853	4.7743	-1.047	3.7638	-0.0529	0.5756	0.2985	-0.1359	-0.2317	-0.033	-0.1948	0.0279	0.2644	0.0993	-0.0297	-0.0086	0.1275	0.0184	0.088	55.0723	49.9199	44.642
6	1.9168	0.148	-0.6003	2.2936	-0.8968	3.0431	-0.0093	0.0665	0.0389	-0.0572	0.0655	0.3795	-0.0872	-0.2359	-0.0453	0.0707	0.0081	-0.0176	0.0835	0.0003	0.1606	25.7786	42.9945	32.953
7	5.4781	3.1188	-3.668	3.1276	-3.0247	3.1906	-0.1156	0.5053	-0.0275	-0.4189	0.29	0.4009	0.2121	-0.3338	-0.1683	0.1922	-0.0325	-0.079	0.1497	-0.0127	0.1823	24.3167	38.1126	25.773
8	3.6877	2.0702	-1.8261	5.03	-2.6711	4.2216	-0.1284	0.1734	-0.2017	-0.3952	0.1286	0.1409	0.3514	-0.064	0.031	0.1094	0.0204	-0.0268	0.0629	-0.0219	0.0947	37.0463	35.2037	27.7747
9	3.4553	0.9225	-0.3269	2.3051	-0.8437	0.5277	0.0072	-0.1543	-0.1099	0.0877	0.0006	0.0143	0.0396	0.0827	-0.0146	0.0909	0.0083	-0.0052	0.0801	-0.003	0.0621	44.3138	38.176	36.1951
10	4.131	0.4608	-1.3237	1.2711	-0.2126	1.5164	-0.0378	-0.1128	-0.0585	0.0688	0.0164	0.0404	-0.0247	0.0977	0.0162	0.0904	0.0059	-0.0041	0.0497	-0.0093	0.0669	38.0896	45.6828	37.5386
11	7.6376	1.116	-6.139	2.6207	-1.8438	5.6438	-0.0259	-0.8339	0.218	0.5912	0.2299	0.3786	-0.1802	0.6001	-0.2179	0.2414	0.0434	0.0484	0.1803	-0.0057	0.1721	29.1983	52.6563	43.3187
12	6.751	0.4457	-5.9174	2.9946	0.0084	5.4793	-0.0626	-0.4718	0.4385	0.0636	0.1309	-0.0093	0.0805	0.3343	-0.1358	0.0783	0.0176	-0.0306	0.1056	0.0166	0.0851	36.8298	54.6044	37.1089
13	1.6489	-0.4434	0.4766	1.9383	-0.2436	2.3829	0.0208	0.0888	0.0778	-0.1243	0.0214	-0.307	0.0088	0.4844	-0.042	0.0883	-0.0132	0.0209	0.1514	-0.0177	0.1342	53.3319	14.2207	48.4229
14	6.2301	-2.4568	3.8212	1.4878	-2.232	5.832	0.0548	0.3192	0.5516	-0.081	-0.127	-0.2971	-0.33	0.6671	0.0789	0.1292	-0.0624	0.0179	0.153	0.0135	0.2106	54.5289	22.7259	47.5692
15	1.6563	0.2112	1.3573	0.9644	0.3962	3.3747	-0.0002	-0.1196	0.1431	0.0135	-0.0567	0.0874	-0.1099	-0.0277	0.0617	0.0798	0.0034	0.0185	0.0511	-0.0166	0.1075	37.1835	19.356	52.9787
16	6.3789	0.271	2.764	0.369	1.1289	5.4979	-0.0622	-0.1874	0.0009	0.1469	0.0356	-0.0102	0.1032	0.0423	-0.076	0.0572	-0.0081	0.0214	0.0396	-0.0093	0.0578	38.2511	11.525	50.9056
17	2.9076	3.1877	0.6606	4.6436	2.3329	3.7485	0.0919	0.1586	-0.2345	0.0195	0.0379	0.2593	0.1642	-0.0438	-0.1196	0.0709	-0.0115	0.0006	0.0545	0.0131	0.0983	32.2219	8.4764	46.2328
18	2.3451	-0.3319	-0.0876	1.0796	1.0932	1.082	-0.0026	-0.2298	-0.1835	0.1705	0.0345	0.0127	0.4094	0.187	-0.0921	0.1244	0.0037	-0.0013	0.0796	0.0077	0.1194	45.827	6.2393	52.8948
19	2.6119	-3.8171	2.5563	5.9813	-3.8091	3.1388	0.0142	-0.0624	-0.3621	0.1524	0.127	0.0513	0.0512	0.2476	-0.1819	0.1514	0.0294	-0.02	0.1698	-0.0162	0.1502	48.5708	3.0104	43.468
20	2.5496	0.4122	2.6396	6.1322	-0.6893	4.3684	0.1239	0.2822	-1.2258	-0.2294	0.0685	0.7399	0.1106	0.0466	-0.1785	0.0596	-0.0184	0.0228	0.0739	-0.0024	0.041	40.2106	4.8346	39.0979
21	4.5999	3.4123	4.0864	6.3845	4.363	6.4521	-0.1855	0.0791	-0.0005	-0.1453	0.1154	-0.4172	-0.3891	0.3845	0.0259	0.1429	-0.0448	-0.0257	0.1806	0.0494	0.1613	81.2772	38.2973	81.3221
22	5.4377	-3.8735	4.5693	2.7363	-3.2628	3.8784	-0.0594	0.672	0.0402	-0.0428	-0.2573	-0.4785	0.3539	1.4319	0.3134	0.2133	0.0266	0.0691	0.3419	0.0827	0.3452	86.0496	29.2538	77.8313
23	3.4744	1.7362	2.4899	5.3009	4.7176	4.7305	-0.069	0.2417	0.0024	-0.1432	0.2164	-0.6121	-0.3637	0.6497	-0.1438	0.1852	-0.0585	-0.0051	0.2517	0.053	0.1842	81.2571	41.0406	73.5828
24	1.4898	-0.3562	0.5034	4.0261	0.5868	7.1714	-0.0688	-0.052	0.3369	0.1293	0.0097	0.0165	-0.8806	0.2287	0.0459	0.3017	-0.0487	-0.0363	0.1787	0.0017	0.1759	74.019	50.5376	76.7635
25	2.4727	0.0998	0.0462	1.7935	0.0441	2.0615	-0.0523	-0.074	0.1101	0.1769	0.0629	0.0417	-0.1295	-0.0758	-0.0033	0.1266	0.0009	-0.0017	0.1084	0.0398	0.0946	62.6299	39.0806	78.3025
26	4.9012	0.4136	2.1265	2.6106	0.7693	2.4973	-0.0685	-0.2474	0.0322	0.2596	0.0619	-0.1421	-0.125	-0.1253	-0.0261	0.1265	-0.0083	0.0047	0.1362	0.0216	0.099	66.7759	36.6009	82.3272
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28	7.6732	3.7455	2.5384	4.9328	4.3667	4.0461	0.0961	-0.532	-0.1799	0.1527	-0.009	-0.0833	0.2318	-0.3492	-0.0358	0.0984	-0.0011	0.0041	0.1314	0.041	0.1298	75.2974	25.556	83.596
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30	4.7157	1.3891	-3.7445	3.0615	-0.9709	3.2842	0.0679	-0.2013	-0.0185	0.1595	-0.0035	-0.093	0.0493	0.4673	0.0268	0.1202	0.0107	-0.0361	0.1326	-0.0213	0.0904	38.8558	14.636	79.3443
31	6.9956	1.3186	-1.4009	4.5087	-5.3638	7.1062	0.1364	-0.677	-0.6043	0.461	-0.373	-0.5862	0.1577	1.1121	0.2442	0.2597	0.039	-0.0754	0.3752	-0.0501	0.2561	43.8523	17.6232	88.3761
32	4.5852	1.3938	-1.1796	2.3949	-2.3988	2.6863	-0.0579	-0.2336	-0.3295	0.2097	-0.0017	-0.2859	0.3407	0.2818	0.0941	0.2355	0.051	-0.0477	0.1577	-0.0175	0.1639	39.6454	6.6583	81.7816
33	3.5292	1.7415	-0.5201	9.1056	-2.0353	6.9543	0.0675	0.2216	-0.2609	-0.0872	0.161	-0.1258	0.1845	-0.0248	-0.1966	0.1725	-0.0005	-0.0464	0.1995	-0.0362	0.1415	32.268	3.892	70.9073
34	3.8173	1.5106	-0.7186	4.0792	-1.8508	2.5149	0.018	-0.4403	-0.2037	0.0962	0.0786	0.2221	0.6653	0.3186	0.137	0.2505	0.022	0.0094	0.1673	0.0569	0.1844	24.2628	3.9231	88.5222
35	5.9166	-0.3406	-2.693	1.0588	0.9288	6.2501	0.0581	0.3306	-0.1473	-0.094	-0.0948	0.2392	0.1303	-0.425	-0.0136	0.1392	-0.0317	-0.0402	0.1304	-0.0076	0.1729	18.1547	10.312	75.4322
36	5.1627	1.8314	-2.9647	2.2568	1.1915	6.1782	-0.0759	0.0463	0.046	-0.0962	0.0816	0.1536	0.171	-0.1413	-0.1384	0.0737	0.0112	-0.0311	0.0924	0.021	0.1049	24.1803	14.3796	80.0753
37	2.264	-1.2998	-0.1385	7.3686	5.1511	4.1301	0.0481	-0.2773	0.0659	0.0433	0.0214	0.3334	-0.0218	-0.0622	-0.1065	0.1088	-0.0127	-0.0047	0.1544	0.0585	0.1142	17.8583	16.4752	84.9245
38	4.1612	-2.7924	-2.4767	6.7612	-0.6987	2.8682	0.3092	0.2203	0.2116	-0.2618	-0.0124	0.1444	-0.3689	-0.0757	-0.2274	0.1446	-0.0135	0.0022	0.136	-0.0002	0.1084	34.3469	22.332	73.4555
39	6.1062	5.9563	-6.246	6.4118	-5.5196	8.2216	0.1903	-0.4308	-0.243	0.4386	-0.023	0.1472	0.0395	0.1218	-0.1329	0.2257	0.0301	0.0277	0.1814	0.0407	0.1657	29.0436	13.8227	92.3676
40	4.3865	4.9322	-4.997	6.4102	-6.3502	7.5146	0.067	0.1565	0.4777	0.2704	0.1848	0.4017	-0.5201	-0.0586	-0.1782	0.2518	0.0068	0.0131	0.2026	0.0163	0.2031	34.7436	26.8038	86.7057
41	4.3453	3.2986	-5.0381	3.0118	-4	5.826	-0.1997	0.0084	0.0175	-0.1492	0.2024	0.1197	0.1152	-0.1901	-0.075	0.1281	0.0104	-0.0045	0.1479	-0.016	0.1282	27.2458	21.3528	91.2042
42	1.3865	-0.4846	-0.2509	3.0189	-0.5307	2.0751	-0.0216	-0.1183	-0.0687	0.025	-0.1457	-0.3827	0.0905	0.5032	0.1162	0.1388	0.0403	0.0118	0.2273	0.0566	0.1672	58.6528	28.0489	103.3283
43	3.1712	-5.3471	1.8463	9.1614	-3.172	1.0946	-0.0954	-0.3185	0.2642	0.6724	-0.22	-0.7069	-0.1358	0.3525	0.2495	0.2396	-0.0364	-0.0645	0.3092	0.0406	0.1761	59.63	32.6811	110.5331
44	3.8322	-2.7164	1.9068	7.1941	-2.9553	4.3761	-0.4077	-0.8042	-0.1859	0.9745	0.1475	-0.0918	0.0384	0.3775	0.2023	0.2831	0.0707	0.0357	0.3142	0.1013	0.1704	49.0973	24.7821	116.1774
45	3.7886	-0.2973	0.6464	2.2958	-0.6219	2.8128	0.0646	-0.0336	-0.1811	-0.1864	-0.083	0.0868	0.1787	-0.07	0.0215	0.1183	0.0267	0.0164	0.0942	-0.0183	0.0502	38.8585	30.3214	105.6402
46	3.9634	-1.4648	0.0447	1.1523	-0.3969	1.8445	0.0239	0.1098	-0.3716	-0.141	-0.0911	0.1164	0.2361	0.0709	0.0335	0.1745	0.021	0.0104	0.0987	-0.0058	0.1128	43.8765	25.496	99.0692
47	1.9633	1.8405	-0.2688	1.8356	-0.286	3.8904	0.0102	-0.1138	0.2746	-0.1695	-0.0943	-0.0904	-0.2154	0.1237	0.1291	0.1534	-0.0011	0.0072	0.1217	0.0055	0.1105	50.264	35.7716	95.6526
48	4.2334	-4.7094	-2.0004	6.2908	1.8313	2.7988	-0.2825	0.1143	-0.2782	0.1036	0.0239	-0.0195	0.2326	0.1892	0.1933	0.1938	0.0099	0.0388	0.1385	0.0167	0.1539	53.4212	28.2064	89.6065

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 0 through 21 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 22 through 60 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 61 through 75 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 76 through 165 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 166 through 195 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid -1 through 44 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 45 through 60 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 61 through 87 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 88 through 122 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 123 through 165 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 166 through 181 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 182 through 194 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 2 through 44 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 45 through 60 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 61 through 108 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 109 through 122 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 123 through 134 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 135 through 165 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 166 through 182 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 183 through 194 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 2 through 21 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 22 through 34 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 35 through 60 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 61 through 75 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 76 through 108 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 109 through 122 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'D' and (resid 123 through 165 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'D' and (resid 166 through 176 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'D' and (resid 177 through 201 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'E' and (resid 2 through 21 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'E' and (resid 22 through 32 )
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'E' and (resid 33 through 60 )
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'E' and (resid 61 through 75 )
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'E' and (resid 76 through 87 )
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'E' and (resid 88 through 108 )
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'E' and (resid 109 through 122 )
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'E' and (resid 123 through 134 )
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'E' and (resid 135 through 155 )
39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'E' and (resid 156 through 165 )
40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain 'E' and (resid 166 through 181 )
41	X-RAY DIFFRACTION	41	chain 'E' and (resid 182 through 194 )
42	X-RAY DIFFRACTION	42	chain 'F' and (resid 2 through 44 )
43	X-RAY DIFFRACTION	43	chain 'F' and (resid 45 through 60 )
44	X-RAY DIFFRACTION	44	chain 'F' and (resid 61 through 75 )
45	X-RAY DIFFRACTION	45	chain 'F' and (resid 76 through 107 )
46	X-RAY DIFFRACTION	46	chain 'F' and (resid 108 through 154 )
47	X-RAY DIFFRACTION	47	chain 'F' and (resid 155 through 165 )
48	X-RAY DIFFRACTION	48	chain 'F' and (resid 166 through 194 )

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