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- PDB-4q9u: Crystal structure of the Rab5, Rabex-5delta and Rabaptin-5C21 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4q9u
タイトルCrystal structure of the Rab5, Rabex-5delta and Rabaptin-5C21 complex
要素
  • Rab GTPase-binding effector protein 1
  • Rab5 GDP/GTP exchange factor
  • Ras-related protein Rab-5A
キーワードENDOCYTOSIS / Rab5 / Rabex-5 / Rabaptin-5 / GEF activity / early endosomes / VPS9 / coiled-coil / GEF / effector / small GTPases
機能・相同性
機能・相同性情報


dendritic transport / negative regulation of Kit signaling pathway / mast cell migration / regulation of endosome size / regulation of Fc receptor mediated stimulatory signaling pathway / cytoplasmic side of early endosome membrane / protein localization to ciliary membrane / Kit signaling pathway / negative regulation of mast cell degranulation / synaptic vesicle recycling ...dendritic transport / negative regulation of Kit signaling pathway / mast cell migration / regulation of endosome size / regulation of Fc receptor mediated stimulatory signaling pathway / cytoplasmic side of early endosome membrane / protein localization to ciliary membrane / Kit signaling pathway / negative regulation of mast cell degranulation / synaptic vesicle recycling / presynaptic endosome / negative regulation of mast cell activation / amyloid-beta clearance by transcytosis / negative regulation of leukocyte migration / negative regulation of receptor-mediated endocytosis / modulation by host of viral process / regulation of filopodium assembly / Golgi to plasma membrane transport / RAB geranylgeranylation / regulation of autophagosome assembly / early endosome to late endosome transport / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / negative regulation of Ras protein signal transduction / early phagosome / negative regulation of mast cell cytokine production / protein targeting to membrane / TBC/RABGAPs / mast cell degranulation / regulation of synaptic vesicle exocytosis / regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor internalization / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / positive regulation of exocytosis / negative regulation of interleukin-6 production / Respiratory syncytial virus (RSV) attachment and entry / endocytic vesicle / canonical Wnt signaling pathway / phagocytosis / vesicle-mediated transport / phagocytic vesicle / ruffle / somatodendritic compartment / axon terminus / Prevention of phagosomal-lysosomal fusion / endomembrane system / receptor-mediated endocytosis / GTPase activator activity / guanyl-nucleotide exchange factor activity / small monomeric GTPase / intracellular protein transport / growth factor activity / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / terminal bouton / recycling endosome / small GTPase binding / receptor internalization / negative regulation of inflammatory response / synaptic vesicle membrane / phagocytic vesicle membrane / endocytosis / GDP binding / ubiquitin protein ligase activity / synaptic vesicle / melanosome / protein transport / actin cytoskeleton / Clathrin-mediated endocytosis / G protein activity / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / early endosome membrane / Ras protein signal transduction / membrane fusion / early endosome / endosome / endosome membrane / protein domain specific binding / membrane raft / axon / neuronal cell body / GTPase activity / intracellular membrane-bounded organelle / apoptotic process / dendrite / GTP binding / nucleolus / glutamatergic synapse / protein homodimerization activity / protein-containing complex / DNA binding / extracellular exosome / zinc ion binding / nucleoplasm / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Rabaptin / Rabaptin, GTPase-Rab5 binding domain / Rabaptin coiled-coil domain / Rabaptin / Rabaptin-like protein / RABX5, catalytic core helical domain / Domain of unknown function (DUF5601) / Vacuolar protein sorting-associated protein 9-like / VPS9 domain / VPS9 domain superfamily ...Rabaptin / Rabaptin, GTPase-Rab5 binding domain / Rabaptin coiled-coil domain / Rabaptin / Rabaptin-like protein / RABX5, catalytic core helical domain / Domain of unknown function (DUF5601) / Vacuolar protein sorting-associated protein 9-like / VPS9 domain / VPS9 domain superfamily / Vacuolar sorting protein 9 (VPS9) domain / VPS9 domain profile. / Domain present in VPS9 / Zinc finger, A20-type / A20-like zinc finger / Zinc finger A20-type profile. / A20-like zinc fingers / small GTPase Rab1 family profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Ras-related protein Rab-5A / Rab GTPase-binding effector protein 1 / Rab5 GDP/GTP exchange factor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.618 Å
データ登録者Zhang, Z. / Zhang, T. / Ding, J.
引用ジャーナル: Elife / 年: 2014
タイトル: Molecular mechanism for Rabex-5 GEF activation by Rabaptin-5
著者: Zhang, Z. / Zhang, T. / Wang, S. / Gong, Z. / Tang, C. / Chen, J. / Ding, J.
履歴
登録2014年5月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年7月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年12月9日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Rab5 GDP/GTP exchange factor
B: Ras-related protein Rab-5A
C: Rab GTPase-binding effector protein 1
D: Rab GTPase-binding effector protein 1
E: Rab5 GDP/GTP exchange factor
F: Ras-related protein Rab-5A
G: Rab GTPase-binding effector protein 1
H: Rab GTPase-binding effector protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)155,5958
ポリマ－155,5958
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)174.821, 174.821, 148.995
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Rab5 GDP/GTP exchange factor / Rabex-5delta / RAP1 / Rabaptin-5-associated exchange factor for Rab5 / Rabex-5


分子量: 37320.891 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 132-455 / 変異: 393-407 deletion mutant / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RABGEF1, RABEX5 / プラスミド: pETDuet1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) codon plus / 参照: UniProt: Q9UJ41
#2: タンパク質 Ras-related protein Rab-5A / Rabaptin-5C21


分子量: 19074.648 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 15-184 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAB5A, RAB5 / プラスミド: pETDuet1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) codon plus / 参照: UniProt: P20339
#3: タンパク質
Rab GTPase-binding effector protein 1 / Rab5 / Rabaptin-4 / Rabaptin-5 / Rabaptin-5alpha / Renal carcinoma antigen NY-REN-17


分子量: 10701.068 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 552-642 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RABEP1, RAB5EP, RABPT5, RABPT5A / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) codon plus / 参照: UniProt: Q15276
配列の詳細THE REFERENCE SEQUENCE OF CHAIN A, E IS ISOFORM 2 OF Q9UJ41, AND RESIDUES 393-407 HAVE BEEN DELETED.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.38 % / Mosaicity: 1.181 °
結晶化温度: 289 K / 手法: ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 1.0M NaH2PO4/K2HPO4, pH 5.0, hanging drop, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9785 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年1月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.6→50 Å / Num. obs: 12699 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 9.8 % / Biso Wilson estimate: 172.68 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.117 / Χ2: 1.181 / Net I/σ(I): 7.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
4.6-4.7690.94312091.07395.8
4.76-4.959.30.57812271.20595.9
4.95-5.189.40.50812161.12296.1
5.18-5.459.70.7412231.03395.9
5.45-5.799.60.63812340.99396.6
5.79-6.249.60.49912651.00498.4
6.24-6.879.60.25212911.03399.4
6.87-7.869.80.11713021.28999.6
7.86-9.8911.10.0613361.62599.9
9.89-5010.60.04813961.27798.3

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.8.1_1168精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
HKL-2000データ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2OT3

2ot3


解像度: 4.618→40.781 Å / FOM work R set: 0.5655 / SU ML: 0.78 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 45.72 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3427 631 5 %random
Rwork0.2513 ---
obs0.2561 12613 95.88 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 501.19 Å2 / Biso mean: 187.29 Å2 / Biso min: 33.68 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.618→40.781 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9679 0 0 0 9679
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0159797
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.87313145
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1091483
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081699
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.8713829
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
4.6182-4.97420.40161030.29012164226788
4.9742-5.47370.38451130.29672338245195
5.4737-6.26330.47081170.34612399251697
6.2633-7.88170.37031370.3052489262699
7.8817-40.78270.29241610.19542592275399

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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