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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4q9u | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the Rab5, Rabex-5delta and Rabaptin-5C21 complex | ||||||
要素 |
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キーワード | ENDOCYTOSIS (エンドサイトーシス) / Rab5 / Rabex-5 / Rabaptin-5 / GEF activity / early endosomes / VPS9 / coiled-coil (コイルドコイル) / GEF / effector / small GTPases (低分子量GTPアーゼ) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 dendritic transport / negative regulation of Kit signaling pathway / mast cell migration / regulation of endosome size / postsynaptic early endosome / regulation of Fc receptor mediated stimulatory signaling pathway / cytoplasmic side of early endosome membrane / protein localization to ciliary membrane / Kit signaling pathway / negative regulation of mast cell degranulation ...dendritic transport / negative regulation of Kit signaling pathway / mast cell migration / regulation of endosome size / postsynaptic early endosome / regulation of Fc receptor mediated stimulatory signaling pathway / cytoplasmic side of early endosome membrane / protein localization to ciliary membrane / Kit signaling pathway / negative regulation of mast cell degranulation / シナプス小胞 / negative regulation of mast cell activation / amyloid-beta clearance by transcytosis / negative regulation of leukocyte migration / modulation by host of viral process / negative regulation of receptor-mediated endocytosis / regulation of autophagosome assembly / negative regulation of mast cell cytokine production / regulation of filopodium assembly / Golgi to plasma membrane transport / RAB geranylgeranylation / early endosome to late endosome transport / negative regulation of Ras protein signal transduction / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / early phagosome / TBC/RABGAPs / protein targeting to membrane / regulation of synaptic vesicle exocytosis / mast cell degranulation / positive regulation of exocytosis / negative regulation of interleukin-6 production / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / endocytic vesicle / canonical Wnt signaling pathway / 細胞内膜系 / axon terminus / phagocytic vesicle / 食作用 / vesicle-mediated transport / somatodendritic compartment / Prevention of phagosomal-lysosomal fusion / ruffle / GTPase activator activity / receptor-mediated endocytosis / guanyl-nucleotide exchange factor activity / 低分子量GTPアーゼ / G protein activity / negative regulation of protein phosphorylation / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / intracellular protein transport / growth factor activity / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / terminal bouton / receptor internalization / recycling endosome / small GTPase binding / negative regulation of inflammatory response / エンドサイトーシス / phagocytic vesicle membrane / GDP binding / ubiquitin protein ligase activity / メラノソーム / シナプス小胞 / マイクロフィラメント / protein transport / Clathrin-mediated endocytosis / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / early endosome membrane / Ras protein signal transduction / membrane fusion / エンドソーム / endosome membrane / エンドソーム / 脂質ラフト / 神経繊維 / protein domain specific binding / intracellular membrane-bounded organelle / GTPase activity / neuronal cell body / 樹状突起 / apoptotic process / GTP binding / 核小体 / protein homodimerization activity / protein-containing complex / DNA binding / extracellular exosome / zinc ion binding / 核質 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.618 Å | ||||||
データ登録者 | Zhang, Z. / Zhang, T. / Ding, J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2014 タイトル: Molecular mechanism for Rabex-5 GEF activation by Rabaptin-5 著者: Zhang, Z. / Zhang, T. / Wang, S. / Gong, Z. / Tang, C. / Chen, J. / Ding, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4q9u.cif.gz | 503.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4q9u.ent.gz | 424.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4q9u.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q9/4q9u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q9/4q9u | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37320.891 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 132-455 / 変異: 393-407 deletion mutant / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RABGEF1, RABEX5 / プラスミド: pETDuet1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) codon plus / 参照: UniProt: Q9UJ41 #2: タンパク質 | 分子量: 19074.648 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 15-184 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAB5A, RAB5 / プラスミド: pETDuet1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) codon plus / 参照: UniProt: P20339 #3: タンパク質 | 分子量: 10701.068 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 552-642 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RABEP1, RAB5EP, RABPT5, RABPT5A / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) codon plus / 参照: UniProt: Q15276 配列の詳細 | THE REFERENCE SEQUENCE OF CHAIN A, E IS ISOFORM 2 OF Q9UJ41, AND RESIDUES 393-407 HAVE BEEN DELETED. | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.38 % / Mosaicity: 1.181 ° |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 1.0M NaH2PO4/K2HPO4, pH 5.0, hanging drop, temperature 289K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9785 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年1月21日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9785 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 4.6→50 Å / Num. obs: 12699 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 9.8 % / Biso Wilson estimate: 172.68 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.117 / Χ2: 1.181 / Net I/σ(I): 7.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2OT3 解像度: 4.618→40.781 Å / FOM work R set: 0.5655 / SU ML: 0.78 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 45.72 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 501.19 Å2 / Biso mean: 187.29 Å2 / Biso min: 33.68 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 4.618→40.781 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 5
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